Open thierryjanssens opened 2 years ago
Hi Thierry,
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Best regards, Robert
Hi Robert,
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CGATGTACTTCGTTCAATCAGATGGGTGTTTATGATTGCATCGCCTACCGTGACGGAGTCTTGTGTCCCAGTTACCAGGTTTCTGTTGAAGATTTGATATTGCCTATGCATGTCTAAGTATAAGCAACTATACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTTACTACATGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGTGTATTTATTAGATAAAAACCAATGCCCTTCAGGGCTCCTTGGTGAATCCATAATAACAACGAATCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATGACTACCATGGTATCAACAGGTAACAGGGAGTGGGTTCGACTCCGGAGAGGGCCTGAGAAACGGCTGCCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAATTACCCAATCCCGACACGGTAGTGACAATAAATACTGATACGGGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAGGAACAATTGGAGGGCAAAGTCTGGTGCCAGCAGCCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGGATTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGATTTGGCCGGGTCGCCTCACCGCGTGCTGCACTGGTCGACCGGGTCTTTCCTTCTGGAGCCGCATGCCCTTCACTGGGTGTCGAACCAGGACTTTACTTTGAAAAATTAGAGTGTTCAAAAGCAGGCTATGCTCGAATACATTGTATGGAATAATAGAGATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATGAGTCCGGGGCATCGGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAAGCATTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCCAGTGAACGAAAGTTAGGGGGATCGAAGATGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGCCTTTTGTTGGCCCACTCCGGCACCTTACGAAATCAGTTTTTGGGTTCTGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGCGGAGCCTGCACGGCTTAATTTGACTCAACTTGAAACTCACCAGGTCAGACACAATAG rl:i:0 2aac9029-9145-4e8f-a30d-bf160ae4c5d3 4 0 0 0 0 CAATTGTGCTTCGTTCAGTTATCTGGAAATTTGGGTGTTTGTGATTGTCGCCTACCGTGACGAGTCTTGTGTCCCAGTTACCAGGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCCCATATATGTCTAAGCATAAGCAACTATACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTACTACGCATGAGATAACCGTATTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCTCGACTTCGGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCTTGGTGAATCATAACGCTTAACGAATCGCATGGCCTTGCATGACGATGGATTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATAGTATCAACGGGTAACGGGAATTAGGGTTCGACTCGGAGGGAGCCTGAGAGCAGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCGACACGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCCTTGTGGTCCAGCTCCAATATAGCGTATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCAGCCAGACGCTTTCCTTCTGGGGAACCTCGTATTACCCTTCACTGGGCGTGTTGGGAACCAGGACTTTTACTGAAAAATTAGAGTGTTCAGCAGGCCTTTGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGCATCGGTATTCAATCGTCAGAGAGGTGAAATTCTTGGATTGATTGTAGAAGACTAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTCATTAATCAGTAGACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATCCAGATACCGTCGTAGTCGCAACGCAAACCTGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTAGTATTTTGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTTTTTGGGT rl:i:0 0fe3e058-af74-41a3-a6ff-3dafc6d73f8c 0 0fe3e058-af74-41a3-a6ff-3dafc6d73f8c 1 60 775M 0 0 CGATGCTGCTTCGTTCAGTTATAAACTGGATCGAGGGCTGCGTCTTTTGACTAGGATGCTGGCGTAATGATCTAATGCCGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACGTCTATGCTGGTGTTTGGGGTGTAAAACCCGTACGCACGCGTAAATGAACGTAGGTTGGGGCCTTCGGGTGCACAATCGACCGACTAACGATGTTTTCGGATAGGTTTGAGTAGAGCATAGCTGTTGGGACCCGAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCCGTCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAAACTCGTATCAGTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGCGGTACCGGGGATGAAATGTCGCGCTGACCGATTTACAAAACTTTAAATGTATGAAAGTCCTTGTTGGCAATTGAACGTGGACATATGGATGAAGGGTTTCTAGTGGGCCATTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGACGAACCGAACGTGGAGTTAAGGTGCCGGAATGTGTACTACGCTCATCAGACACCACAAAAGGTGTTAGTTGTCTAGACAGCCGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAATGTGTAACAACTCACCTGCCGAGAAGATAGAGCGACAGGCAAGTCCTGGTAACTGGGACACAAGACTCG NM:i:0 ms:i:1550 AS:i:1550 nn:i:0 tp:A:P cm:i:140 s1:i:766 s2:i:0 de:f:0 rl:i:0
The problem is that only the second and last read have an alignment with the backbone. The last read has the same name as the backbone so it is not used in consensus mode. This leaves only one read and Racon needs at least 2 to call consensus.
Hi,
I am running racon on a set of smal input files (fasta after minimap2).
$ racon -m 8 -x -6 -g -8 -w 500 -t 8 11-3901.fa align_11-3901.fa.sam ref_11-3901.fa.fasta > polished_11-3901.fa.fasta [racon::Polisher::initialize] loaded target sequences 0.000091 s [racon::Polisher::initialize] loaded sequences 0.000269 s [racon::Polisher::initialize] loaded overlaps 0.000127 s [racon::Polisher::initialize] aligned overlaps 0.000444 s [racon::Polisher::initialize] transformed data into windows 0.000014 s [racon::Polisher::polish] generated consensus 0.000069 s [racon::Polisher::] total = 0.001162 s
However the output is empty.
$ ls -lshrt 3901 20K -rw-rw-r-- 1 minion minion 20K dec 13 08:23 11-3901.fa 4,0K -rw-rw-r-- 1 minion minion 814 dec 13 21:40 ref_11-3901.fa.fasta 20K -rw-rw-r-- 1 minion minion 20K dec 13 21:40 align_11-3901.fa.sam 0 -rw-rw-r-- 1 minion minion 0 dec 14 10:47 polished_11-3901.fa.fasta
I have encountered two related issues, but their cause was insufficient memory. at this time nothing is running on the background of the 64 GB RAM computer.
with kind regards,
Thierry