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issp-center-dev / PHYSBO

PHYSBO -- optimization tools for PHYsics based on Bayesian Optimization
https://www.pasums.issp.u-tokyo.ac.jp/physbo/en
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`numpy==1.19`使用時の`import physbo`実行失敗 #48

Closed tyszw closed 1 year ago

tyszw commented 1 year ago

numpyのバージョン1.19を使用してphysboを使用したいのですが、import physboでnumpyが原因のValueErrorが出てしまいます。 numpy 1.19でも動かせるように対応していただくことは可能でしょうか？ また、回避策などご存じでしたら、ご教示いただけますと幸いです。

エラーの再現方法

  1. python環境の作成
  2. physbo, numpyのインストール 
            pip3 install physbo==1.1.0 numpy==1.19.5
  3. pythonスクリプト、或いはnotebookでimport physboを実行

想定される挙動

以下、1行目にimport physboがあるpythonスクリプトを実行した際のエラーメッセージです。

Traceback (most recent call last):
  File "test.py", line 1, in <module>
    import physbo
  File "/home/yoshizawa/.pyenv/versions/miniconda3-4.2.12/envs/physbo_test/lib/python3.7/site-packages/physbo/__init__.py", line 1, in <module>
    from . import gp
  File "/home/yoshizawa/.pyenv/versions/miniconda3-4.2.12/envs/physbo_test/lib/python3.7/site-packages/physbo/gp/__init__.py", line 1, in <module>
    from . import cov
  File "/home/yoshizawa/.pyenv/versions/miniconda3-4.2.12/envs/physbo_test/lib/python3.7/site-packages/physbo/gp/cov/__init__.py", line 1, in <module>
    from .gauss import gauss
  File "/home/yoshizawa/.pyenv/versions/miniconda3-4.2.12/envs/physbo_test/lib/python3.7/site-packages/physbo/gp/cov/gauss.py", line 4, in <module>
    from ._src.enhance_gauss import grad_width64
  File "physbo/gp/cov/_src/enhance_gauss.pyx", line 1, in init physbo.gp.cov._src.enhance_gauss
ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 88 from C header, got 80 from PyObject

実行環境

よろしくお願いいたします。

yomichi commented 1 year ago

（たぶん安定な）方法がわかったので修正しました。 なるべく早く修正版をリリースしますが、お急ぎの場合は develop ブランチのコードをご利用ください。

git clone --branch develop https://github.com/issp-center-dev/physbo
python3 -m pip install ./physbo
tyszw commented 1 year ago

ご返信ありがとうございます。

develop ブランチのコードで動作確認ができました。 迅速に対応してくださりありがとうございました。