肿瘤外显子也可以看病理性遗传性突变

肿瘤外显子也可以看病理性遗传性突变 by 生信技能树

测序成本虽然是在年年走低，但是WGS仍然是没有WES划算，而且绝大部分科学家对突变的认知仍然是对基因功能的影响，所以仅仅是几十上百个明星基因组成的panel就符合临床实际需求了。

肿瘤测序的特点就是需要取恶性肿瘤组织以及该病人的正常对照（癌旁或者血液）组织一起测序，这样成本就高很多了。而正常对照（癌旁或者血液）组织的左右仅仅是过滤该病人的germline突变，让我们更准确的识别恶性肿瘤组织的somatic突变。

有了恶性肿瘤组织的somatic突变，后续可以看突变全景图，SNV和CNV角度都可以看，突变还有特征频谱等各式各样的分析方法，基本上就一个maftools绰绰有余啦，如果你的实验设计是多位点，还有很多其它花样。

但是正常对照（癌旁或者血液）组织的germline突变就没有其它作用吗，其实里面还有一个概念是病理性遗传性突变（ pathogenic germline variants），也是值得探索讨论的。

比如2019的文章：《High frequency of pathogenic germline variants within homologous recombination repair in patients with advanced cancer》，就花大量的篇幅讨论了肿瘤病人的病理性遗传性突变，如下所示的流程：

病理性遗传性突变流程

whole-exome sequencing (WES) data from 636 patients were used for variant calling with GATK bioinformatic pipeline, followed by filtering using a prespecified gene list (Supplementary Table 1).

突变分成了3类：

Group 1 includes likely causal variants, representing genes known to be associated with an increased risk of the given cancer type
Group 2, constituting about 20% of the variants, represents interesting findings that show new possible associations between a gene and a given cancer type but with limited or no previously known predisposition.
Group 3, represent- ing about half of the cases, includes genes known to be associated to a cancer predisposition syndrome but unlikely to be causative for the observed phenotype,

如果你对germline突变和somatic突变还没有很好的区分，可以自己去搜索补充一些基本概念哈，如下所示可以看到他们的突变频率分布是不一样的。

somatic突变。

当然，如果你仅仅是看文献的方法学，往往是学不到分析细节，文章最多就是罗列一下使用的软件和版本，如下所示：

罗列一下使用的软件和版本

你仍然是需要学会Linux操作，在上面使用conda或者源代码自己安装流程所需要的全部软件，一步步摸索流程。也可以参考我们的B站免费NGS数据处理视频课程，已经组建了微信交流群的有下面这些：

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肿瘤外显子也可以看病理性遗传性突变 #2056

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