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发表在 Gastroenterology 2021; 的文章:《Immunogenomics of Colorectal Cancer Response to Checkpoint Blockade: Analysis of the KEYNOTE 177 Trial and Validation Cohorts》,其探索肿瘤异质性的实验设计值得学习,涉及到的组学及其它技术之多基本上是肿瘤异质性研究的天花板。
课题设计如下所示:
可以看到,每个CRC病人都是 formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) 样品,被切割成为了24个区块分别去做不同的实验:
值得注意的是这个研究里面的单细胞技术并不是我们通常提到的10x这样的单细胞转录组测序哦,是组织成像质谱流式(Imaging Mass Cytometry,IMC)技术,需要提前设计好不同标志物,通常是30~50个左右,有点类似于单细胞亚群的标记基因,足够分群,但是也仅限于次。
其分析方法接近于单细胞的降维聚类发和生物学命名,比如这个研究里面的:20,890 T cells in 38 regions from 16 CRCs of the discovery cohort.
其它免疫细胞亚群比如髓系里面的巨噬细胞,16,748 macrophages in 30 regions from 13 hypermutated CRCs in the discovery cohort. :
其预先设置好的标记物可以任意组合去筛选细胞进行分析。
可能是因为组织成像质谱流式(Imaging Mass Cytometry,IMC)技术过于前沿和热点, 这个文章绝大部分篇幅都是在描述它的结果,主要是细胞比例的差异。反而把传统的WES和RNA-seq的结果一笔带过:
强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI,多一点数据认知,让他们的科研上一个台阶:
https://mp.weixin.qq.com/s/AKHZ_8G9lhHHROA5x8NH-g