Molecular Cell 文章 ribosome pausing 结果复现 (一)

Molecular Cell 文章 ribosome pausing 结果复现 (一) by 老俊俊的生信笔记

做自己的事,任别人评论去吧

1前言

老俊俊生信交流群已经有四个群了,四群还未满 200 人, 决定四群满 200 人以后对入群者收取 20 元入群费,特此通知!

2引言

这篇文章于 2021 年发表在 Molecular Cell 期刊上,讲述了关于外界压力刺激会造成核糖体在翻译起始处发生暂停,从而减少蛋白的翻译。

文章标题:

Adaptive translational pausing is a hallmark of thecellular response to severe environmental stress

复现图内容:

下面是需要复现的图:

主图 2E

主图 3A

主图 3B (待定)

主图 3C

附图 S4B and S4D

附图 S8B and S8C

工作量还是挺大的。

3文章方法部分

我们先看看文章方法部分是如何分析的。

数据上游处理:

数据是比对到 转录组上面, 保留至少 15nt 长度的 reads, 选取最长 CDS 的转录本来后续分析,使用 bowtie 进行比对。

Geo 数据方法处理描述:GSE157519

这里我只下载了 Riboseq(18 个样本) 的数据,对应的 RNA-seq 没有下载。这里作者在插入片段两端插入了UMI 序列来去重 PCR duplicate, 下载到原始 fastq 数据后,去除接头见推文:

将 UMI 添加到 read 名称里并去除 UMI 序列

数据下游分析:

Aggregation plot and ribosome occupancy:

Calculation of codon occupancy:

4去除接头序列

for i in SRR125942{01..18}
do
    cutadapt -j 10 -f fastq \
             -a CTGTAGGCACCATCAAT -O 6 -m 25 \
             --discard-untrimmed \
             -o 2.trim-data/${i}.trimmed.fq.gz \
             1.raw-data/${i}.fastq.gz
done

5去除 umi 序列

# sample
sample = ["SRR12594201","SRR12594202","SRR12594203","SRR12594204","SRR12594205","SRR12594206",
            "SRR12594207","SRR12594208","SRR12594209","SRR12594210","SRR12594211","SRR12594212",
            "SRR12594213","SRR12594214","SRR12594215","SRR12594216","SRR12594217","SRR12594218"]

for i in 1:length(sample)
    removeRandmerSequence(join(["2.trim-data/",sample[i],".trimmed.fq.gz"],""),
                            join(["2.trim-data/",sample[i],".clean.fastq"],""),
                            end5RandmerLength=6,cutEnd5=6,end3RandmerLength=3,cutEnd3=4)
end

6比对

这里我选择用 hisat2 软件直接 比对到基因组 上去:

for i in SRR125942{01..18}
do
    hisat2 -p 8 -x 0.index-data/grcm38/genome_tran \
           -k 1 --summary-file \
           3.map-data/${i}.mapinfo.txt \
           -U 2.trim-data/${i}.clean.fastq \
           -S 3.map-data/${i}.sam
done

展示前三个比对情况:

26477212 reads; of these:
  26477212 (100.00%) were unpaired; of these:
    8380007 (31.65%) aligned 0 times
    18097205 (68.35%) aligned exactly 1 time
    0 (0.00%) aligned >1 times
68.35% overall alignment rate
25077358 reads; of these:
  25077358 (100.00%) were unpaired; of these:
    9187363 (36.64%) aligned 0 times
    15889995 (63.36%) aligned exactly 1 time
    0 (0.00%) aligned >1 times
63.36% overall alignment rate
28066567 reads; of these:
  28066567 (100.00%) were unpaired; of these:
    10196310 (36.33%) aligned 0 times
    17870257 (63.67%) aligned exactly 1 time
    0 (0.00%) aligned >1 times
63.67% overall alignment rate