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【推荐】生信动态 | Nature Communications| 基于scRNA-Seq数据的细胞通讯推断的不同方法和资源比较 · Issue #761 · ShixiangWang/weekly · GitHub by

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【推荐】生信动态 | Nature Communications| 基于scRNA-Seq数据的细胞通讯推断的不同方法和资源比较#761

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huang-sh opened this issueJun 10, 2022· 0 comments

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huang-shcommentedJun 10, 2022

推荐分类 封面 话题 生信动态 文章 工具 资源推荐 推荐内容 标题：Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data 摘要/简介：当前有许多计算工具用于细胞通讯推断，每个都有其相应的细胞间相互作用先验知识资源和预测潜在细胞通讯事件方法。然而，细胞通讯资源和推断方法的选择对结果预测的影响，在很大程度上尚不清楚。为了阐明这一点，作者团队系统地比较了16个细胞通讯推断资源和7种方法，以及不同方法预测的一致结果。在这些资源中，仅发现较少的特有相互作用，存在不同程度的重叠，以及在特定途径和组织富的蛋白质的不均一覆盖度。作者团队测试了不同方法和资源的所有可能组合，提出两者都能很大程度影响着细胞间相互作用结果的预测。为了方便使用该工作中描述的方法和资源，作者团队提供LIANA（LIgand-receptor ANalysis frAmework）R包供用户使用。 链接：https://www.nature.com/articles/s41467-022-30755-0

huang-shaddedthe推荐labelJun 10, 2022

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• 标题：Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data
• 摘要/简介：当前有许多计算工具用于细胞通讯推断，每个都有其相应的细胞间相互作用先验知识资源和预测潜在细胞通讯事件方法。然而，细胞通讯资源和推断方法的选择对结果预测的影响，在很大程度上尚不清楚。为了阐明这一点，作者团队系统地比较了16个细胞通讯推断资源和7种方法，以及不同方法预测的一致结果。在这些资源中，仅发现较少的特有相互作用，存在不同程度的重叠，以及在特定途径和组织富的蛋白质的不均一覆盖度。作者团队测试了不同方法和资源的所有可能组合，提出两者都能很大程度影响着细胞间相互作用结果的预测。为了方便使用该工作中描述的方法和资源，作者团队提供LIANA（LIgand-receptor ANalysis frAmework）R包供用户使用。
• 链接：https://www.nature.com/articles/s41467-022-30755-0

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<Octokit::UnprocessableEntity: PATCH https://api.github.com/repos/ixxmu/mp_duty/issues/2316: 422 - Invalid request.

For 'items', nil is not a string or object. // See: https://docs.github.com/rest/reference/issues#update-an-issue>