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【收藏】生物数据库大合集 #258

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【收藏】生物数据库大合集 by 科研菌

一.信息类数据库

1.综合型数据库

NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

UCSC:http://genome.ucsc.edu/ (基因组浏览器)

Ensembl : http://asia.ensembl.org/index.html

Genecards : https://www.genecards.org/

BioGPS : http://biogps.org/#goto=welcome 大型综合数据库

MGD : http://www.informatics.jax.org/ 小鼠基因组

2.蛋白数据库

UniProt :https://www.uniprot.org/   蛋白信息

SMART : http://smart.embl-heidelberg.de/  信息/结构域/修饰/互作

CR2Cancer : http://cis.hku.hk/CR2Cancer/  信息/表达/甲基化/CNV/预后/...

COBALT : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/re_cobalt.cgi 保守性

Clustalo : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/  保守性

ClustalW : https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ 保守性

multalin : http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/ 保守性

InterPro : http://www.ebi.ac.uk/interpro/   motif分析

PROSITE : https://prosite.expasy.org/ motif分析

ELM : http://elm.eu.org/ motif分析

NLSdb : https://rostlab.org/services/nlsdb/ 核定位

iACP : http://lin-group.cn/server/iACP  预测抗癌肽

3.-miRNA数据库

miRBase : http://www.mirbase.org/ 信息

Tools4miRs : https://tools4mirs.org  整合型

mirPath :http://snf-515788.vm.okeanos.grnet.gr/   通路

miRPathDB : https://mpd.bioinf.uni-sb.de/ 通路

HMDD : http://www.cuilab.cn/hmdd   pub/疾病

MISIM : http://www.lirmed.com/misim/Home 预测/疾病

Oncomir : http://www.oncomir.org/ 肿瘤/表达预后

miRNACancerMap : http://cis.hku.hk/miRNACancerMAP/ 肿瘤/表达预后

DIANA Tools : http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=site/page&view=software 功能/机制

ENCORI : http://starbase.sysu.edu.cn/  ceRNA

4.lncRNA数据库

noncode : http://www.noncode.org/  信息

lncrnadb : http://www.lncrnadb.org/  信息

lncipedia : http://www.lncrnadb.org/  信息

LncBook : http://bigd.big.ac.cn/lncbook/index  信息

AnnoLnc :http://annolnc.cbi.pku.edu.cn    信息/表达/机制

Rsite2 : http://www.cuilab.cn/rsite2  结构

RNA-MoIP : http://rnamoip.cs.mcgill.ca/  结构

TANRIC : https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/tanric/ 肿瘤/表达

lnCAR :https://lncar.renlab.org  表达/结构

Lnc2Cancer : http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/  pub/表达/表型

lncRNADisease : http://www.rnanut.net/lncrnadisease/  pub/疾病

HDncRNA : http://hdncrna.cardiacdev.com/ pub/心血管

iLoc-LncRNA : http://lin-group.cn/server/iLoc-LncRNA/  定位/预测/Fasta

lncLocator : http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/#  定位/预测/Fasta

RNAlocate :http://www.rna-society.org/rnalocate/index.html   定位/检索

lncATLAS : http://lncatlas.crg.eu/定位/基于测序

Co-LncRNA : https://www.lncrnablog.com/tag/co-lncrna/ 功能/相关性

LncBase : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2/index-predicted  ceRNA

LncTar :  http://www.cuilab.cn/lnctar  lncRNA-RNA

LncTar: a tool for predicting the RNA targets of long noncoding RNAs

Lnc2Meth : http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Lnc2Meth/ 甲基化

LncRNASNP2 : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP#!/  SNP/CNV/突变

LncRNA2Target : http://www.lncrna2target.org   lncRNA-蛋白/miRNA

LNCediting : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/  A-to-I

5.circRNA数据库

circBase : http://www.circbase.org/ 信息

circbank : http://www.circbank.cn/help.html 信息/ceRNA

CIRCpedia : https://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/  信息/保守性

circAtlas : http://circatlas.biols.ac.cn/  信息/ceRNA/RBP

CircInteractome : https://circinteractome.nia.nih.gov  信息/ceRNA/RBP/siRNA

circRNADb : http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb 信息/编码蛋白

CircFunBase : http://bis.zju.edu.cn/CircFunBase/  信息/功能/蛋白/miRNA

TSCD : http://gb.whu.edu.cn/TSCD/  组织特异性分析

CSCD : http://gb.whu.edu.cn/CSCD/  肿瘤特异性分析

circRNADisease : http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ pub/疾病

TRCirc : http://www.licpathway.net/TRCirc/view/index  转录因子-circ

ENCORI : http://starbase.sysu.edu.cn/ ceRNA/RBP

6.外泌体数据库

EVmiRNA : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA#!/ miRNA

exoRBase : http://www.exorbase.org/ 血液/mRNA/lnc/circ

miRandola : http://mirandola.iit.cnr.it/ RNA/疾病-高通量

7.假基因数据库

dreamBase : http://rna.sysu.edu.cn/dreamBase/ 整合型/表达/组蛋白修饰/RNA修饰/蛋白结合/miRNA

8.融合基因数据库

ChimerDB : http://ercsb.ewha.ac.kr/fusiongene/整合型/pub+预测

COSMIC Fusion : https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/fusion pub

9.DNA修饰数据库

AWESOME :http://www.awesome-hust.com/   snp

Pancan-meQTL : http://gong_lab.hzau.edu.cn/Pancan-meQTL/    SNP/甲基化-生存/调控

iDNA6mA-PseKNC : http://lin-group.cn/server/iDNA6mA-PseKNC   N6甲基化/Fasta

MethBank : https://bigd.big.ac.cn/methbank/  甲基化/多物种/注释库

10 RNA修饰数据库

RMBase :http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/  RNA修饰/SNP

m6AVar : http://m6avar.renlab.org/ m6A

WHISTLE : http://180.208.58.19/whistle/index.html  m6A/预测

iRNA-3typeA :http://lin-group.cn/server/iRNA-3typeA.php   m1A/m6A/A-to-I/预测

LNCediting : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/ A-to-I

11.蛋白修饰数据库

PTMD : http://ptmd.biocuckoo.org/ 修饰-疾病

Phosphonet : http://www.phosphonet.ca/ 磷酸化

PhosphositePlus : https://www.phosphosite.org/homeAction.action 磷酸化

qPhos : http://qphos.cancerbio.info/ 磷酸化

GPS : http://gps.biocuckoo.cn/index.php   磷酸化

GPS-MSP : http://msp.biocuckoo.org/index.php 蛋白甲基化

12.药物数据库

DGIdb : http://www.dgidb.org/  药物-基因

Pubchem : https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ 化合物/信息/结构

CTD : http://ctdbase.org/   信息/化合物/互作

NRDTD :http://chengroup.cumt.edu.cn/NRDTD/    药物-ncRNA

ETCM : http://www.tcmip.cn/ETCM/ 中药/靶分子/功能/疾病

BATMAN-TCM : http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 中药/靶分子/功能/疾病

TCMSP : https://lsp.nwu.edu.cn/ 中药成分/靶分子/疾病

TCMID : http://119.3.41.228:8000/tcmid/  中药信息

SymMap : https://www.symmap.org/    整合型

VigiBase ：https://www.who-umc.org/vigibase/vigilyze/  药物不良数据库

13.疾病数据库

HMDD : http://www.cuilab.cn/hmdd (疾病/miRNA/靶分子)

lncRNADisease : http://www.rnanut.net/lncrnadisease/ (疾病/lncRNA)

circRNADisease : http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ (疾病/circRNA)

HDncRNA :http://hdncrna.cardiacdev.com (心血管疾病/ncRNA)

OsteoporosAtlas : http://biokb.ncpsb.org/osteoporosis/ (骨质疏松/基因/miRNA)

AlzBase :  http://alz.big.ac.cn/alzBase(阿尔茨海默症/GEO)

14.其他数据库

Autophagy：http://www.autophagy.lu/index.html 自噬数据库

eFORGE：https://eforge.altiusinstitute.org/ 表观遗传数据库

CellMarker：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/ 细胞标志物数据库

COSMIC：https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/ 癌症体细胞突变数据库


二.样本数据库

1.样本存储数据库

GEO : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ (2020)大型/众多疾病

TCGA : https://portal.gdc.cancer.gov/ (2020)肿瘤

ICGC : https://dcc.icgc.org (2020)肿瘤

CGGA : http://www.cgga.org.cn/download.jsp 胶质瘤

CPTAC : https://cptac-data-portal.georgetown.edu 肿瘤蛋白质组数据库

Treehouse : https://treehousegenomics.soe.ucsc.edu/public-data/#v9publicpolya 儿童肿瘤

CCEL : https://portals.broadinstitute.org/ccle 肿瘤细胞株

cbioportal : http://www.cbioportal.org/ 肿瘤

Protein Atlas : http://www.proteinatlas.org/ 免疫组化数据库/肿瘤

GTEx : https://www.gtexportal.org/home/index.html 正常样本

Cistrome : http://cistrome.org/db/#/ (2020)表观组数据

ReMap : http://tagc.univ-mrs.fr/remap/index.php ChIPseq数据

HMP : https://portal.hmpdacc.org/ 人类菌群数据

PanglaoDB : https://panglaodb.se/index.html 单细胞转录组/表达/亚群marker

2.分析平台

NetworkAnalyst : https://www.networkanalyst.ca /芯片/RNAseq

GREIN : www.ilincs.org/apps/grein/ GEO-array/RNAseq-预分析

BioJupies :https://amp.pharm.mssm.edu/biojupies/   RNAseq

IRIS-EDA : http://bmbl.sdstate.edu/IRIS/   RNAseq/scRNA-seq

iDEP.85 : http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/  芯片/RNAseq

Granatum : http://granatum.dcmb.med.umich.edu:8102/?_state_id_=c11e507cd31c35d0&tab=info 单细胞测序

MicrobiomeAnalyst : https://www.microbiomeanalyst.ca 微生物组学

Microbializer : https://microbializer.tau.ac.il 微生物组学

3.基于GEO/TCGA开发的数据库

GEO2R : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/ 差异分析/芯片编号

BART : http://igc1.salk.edu:3838/bart/ 差异分析/芯片编号/原始文件

ImaGEO : http://bioinfo.genyo.es/imageo/ meta/芯片编号

R2 : https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi 多种分析

CRN : http://syslab4.nchu.edu.tw/ 肿瘤相关

Lung cancer Explorer：http://lce.biohpc.swmed.edu/lungcancer/index.php#page-top 肺癌

GEPIA : http://gepia.cancer-pku.cn/ 表达/预后/相关性

Oncomine : https://www.oncomine.org/resource/login.html 表达/预后/相关性

UALCAN : http://ualcan.path.uab.edu/index.html 表达/预后/相关/甲基化

LinkedOmics : http://www.linkedomics.org/login.php 表达/相关/甲基化

TRGAted : https://nborcherding.shinyapps.io/TRGAted/ 预后/OS/DFS/DFI

KM plotter : http://kmplot.com/analysis/ 预后/mRNA/miRNA

MethSurv : https://biit.cs.ut.ee/methsurv/ 甲基化预后

MethHC : http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php 甲基化-表达

MEXPRESS : https://mexpress.be/ 甲基化

Lung cancer Explorer：http://lce.biohpc.swmed.edu/lungcancer/index.php#page-top 肺癌

HCMDB：http://hcmdb.i-sanger.com/index 人肿瘤转移数据


三.交互数据库

1.RNA-DNA数据库

LongTarget : http://lncrna.smu.edu.cn/   R-loop

R-loopDB : http://rloop.bii.a-star.edu.sg/ (R-loop)

2.(RNA-RNA) miRNA-RNA数据库

ENCORI : http://starbase.sysu.edu.cn/ (ceRNA)

TargetScan : http://www.targetscan.org/vert_72/ ceRNA

miRWalk : http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/ (整合型)

TarBase : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex  pub

miRTarBase : http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php (预测)

LncBase : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex 预测/lncRNA

LncACTdb 2.0 : http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html pub/预测/ceRNA

miRTissue : http://150.145.111.118:3838/mirTissue/ 交互的影响

3.蛋白-DNA) 转录因子数据库

JASPAR :http://jaspar.genereg.net/  (2020)

AnimalTFDB : http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/ 找TF

Unibind : https://unibind.uio.no 转录因子信息

iTIS-PseTNC : http://lin-group.cn/server/iTIS-PseTNC 预测TSS

dbtoolkit : http://dbtoolkit.cistrome.org/ TF预测

ChIPBase : http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/index.php (TF-ncRNA/蛋白/共表达)

ChIP-Atlas : http://chip-atlas.org/ TF找靶分子

TRRUST : www.grnpedia.org/trrust/ pub/预测？

miRGen : http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3%2Findex TF-miRNA

TransmiR : http://www.cuilab.cn/transmir TF-miRNA

mirTrans : https://mcube.nju.edu.cn/jwang/lab/soft/mirtrans/ TF-miRNA

4.(蛋白-DNA) 增强子数据库

EnhancerDB : http://lcbb.swjtu.edu.cn/EnhancerDB/ 增强子-TF-基因/miRNA

HACER : http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/ 增强子-TF-靶基因

EnhancerAtlas :http://www.enhanceratlas.org/CONTACT 增强子-基因

TiED : https://lcbb.swjtu.edu.cn/TiED 组织特异性/TF/靶分子/SNP

HEDD :http://zdzlab.einstein.yu.edu/1/hedd.php  (增强子-疾病)

5.蛋白-蛋白数据库

STRING : https://string-db.org/cgi/input.pl (蛋白-蛋白互作网络)

BioGRID : https://thebiogrid.org/  pub

APID :http://apid.dep.usal.es (pub/实验)

OLS:https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/mi

HDOCK :http://hdock.phys.hust.edu.cn/  (预测/蛋白-蛋白)

InterEvDock2 : https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/InterEvDock2/ 预测

6.药物-蛋白数据库

DGIdb :http://www.dgidb.org/  (药物-基因)

NRDTD : (药物-ncRNA)

ETCM : http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 中药/靶分子/功能/疾病

BATMAN-TCM : http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/ 中药/靶分子/功能/疾病

TCMSP : https://lsp.nwu.edu.cn/ 中药成分/靶分子/疾病

SEA:http://sea.bkslab.org/ 预测药物靶点

SuperPred：http://prediction.charite.de/   预测药物靶点

KINOME: https://kinome.dddc.ac.cn/en/  预测药物调控激酶

VARIDT：http://varidt.idrblab.net/ttd/ 药物转运体数据库

7.肿瘤微环境数据库

CIBERSORT : https://cibersort.stanford.edu/ 免疫浸润

TIMER : http://timer.cistrome.org/ 免疫浸润

TISIDB : http://cis.hku.hk/TISIDB/ 基因-免疫细胞

CancerSEA : http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/ 肿瘤单细胞


四.富集数据库

1.功能数据库

Metascape : https://metascape.org/gp/index.html 富集分析

DAVID : https://david.ncifcrf.gov/ 富集分析

WebGestalt : http://www.webgestalt.org/ ORA/GSEA/NTA

TAM : http://www.lirmed.com/tam2/ miRNA富集分析

GSEA : https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp GSEA

Enrichr : http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/ 富集

KOBAS : http://kobas.cbi.pku.edu.cn/index.php 聚类

g: Profiler : https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 聚类/ID转换

OmicsNet : www.omicsnet.ca 网络构建

FunRich：http://funrich.org/download

2.通路数据库

KEGG : https://www.kegg.jp 通路

Reactome : https://reactome.org/ 通路

Pathview : https://reactome.org/ 通路/可视化


五.实验数据库

1.试剂数据库

CiteAb : https://www.citeab.com/ 抗体

BenchSci : https://www.benchsci.com 抗体

Labome : https://www.labome.com/index.html 抗体/siRNA

Selleckchem : https://www.selleck.cn/ 抑制剂

CRISPRlnc : http://www.crisprlnc.org/  crispr/lncRNA

MRPrimerW2 : http://mrprimerw2.com/ qPCR引物

ChIPprimersDB : https://www.chipprimers.com ChIP-PCR引物

PrimerBank：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/ qPCR引物

Addgene：http://www.addgene.org/ 载体信息共享网站

2.实验protocol数据库

Jove : https://www.jove.com 视频/权限

bio-protocol : https://bio-protocol.org/cn/default.aspx   protocol

Current Protocols : https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/  protocol

Nature protocol : https://www.nature.com/nprot/  protocol

Springer Protocols : https://experiments.springernature.com/springer-protocols-closure protocol

Cold Spring Harbor Protocols : http://cshprotocols.cshlp.org/ protocol


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