包教包会，表观必备技能cistrome

包教包会，表观必备技能cistrome by 嘉因生物

Cistrome DB是目前最全面的研究ChIP-seq和DNase-seq的数据库，用于人和小鼠转录和表观遗传基因调控数据的收录。截止目前为止，总共收录了30451人和26013小鼠的转录因子、组蛋白修饰和染色质可及性样本，并且还在不断的维护和纳入新数据。

可以说，学会使用cistrome，是每个表观遗传学者必备的技能，下面就来学习具体的使用方法。

1. 搜索你感兴趣的实验，细胞或组织

Cistrome DB包含两种搜索数据的方法，一个是选择实验、物种或者生物来源；另一种是通过关键词高级搜索。

2. 每个数据集的结果展示

每个ChIP-seq和DNase-seq样本都有唯一的数据集ID，Cistrome DB对每个数据集进行统一分析，给出物种、因子、生物来源、发表时间和处理过程的注释结果。单击感兴趣的数据集，结果页面包含详细的数据注释、质控报告、分析结果和下载选项。此外，也可以发送数据到Cistrome分析页面进行分析。

UCSC浏览结果

WashU浏览结果

质控报告

质控结果包括uniquely mapped reads、peaks总数、FRiP、启动子区/外显子区/内含子区/基因间区peaks占比、TSS分布图等。

motif分析

可以单击每个motif编号，查看详细motif logo。

3. 批量样本基因组展示

CistromeDB还提供批量数据查看功能。选择感兴趣的数据集，单击WashU Browser或UCSC Browser进行关联研究，比如研究辅因子、染色质调控子和组蛋白之间的关系。

4. 获得ChIP-seq预测靶基因和搜索感兴趣的靶基因

Cistrome DB提供两种靶基因选择的方式，一种是直接查看BETA分析的预测靶基因列表“get top putative targets”；另一种是直接在“Check a putative target”中搜索关注的靶基因，并进行可视化。

此外，cistrome还有两个其他功能，分别是CistromeDB Toolkit和Cistrome-GO。

1. CistromeDB Toolkit用于检索哪个因子调控了用户感兴趣的基因，哪个因子结合在用户的基因组区域或者和用户的peak有显著重叠。

①输入关注的基因BRCA1，查找因子的结果

横坐标表示调控潜势（RP），纵坐标表示不同的因子

纵坐标表示调控潜势（RP），横坐标表示不同的因子

②输入基因组区间：chr7:27,066,839-27,266,927，查找因子的结果

X轴表示输入区间的重叠peak比率，Y轴表示不同的因子，y轴上的点表示相同的因子

只展示前20（或更少）因子，Y轴表示样品中总peak的重叠峰比，X轴表示不同的因子，x轴上的点表示相同的因子

③输入bed文件，查找因子的结果

X轴表示 giggle score（与输入peak集的相似性），Y轴表示不同的因子，y轴上的点表示相同的因子

只展示前20（或更少）因子，Y轴表示 giggle score（与输入peak集的相似性），X轴表示不同的因子，x轴上的点表示相同的因子

2.Cistrome-GO用于转录因子ChIP-seq peak或者TF干扰表达的差异表达的功能富集分析（此部分应用较少，就不废话啦）。

往期干货链接

Plos Pathogen 嘉因一作| ATAC-seq揭示病毒侵染影响宿主染色质可及性变化

嘉因生物ATAC-seq & RNA-seq助力阿尔兹海默症发病机制的研究

上海嘉因生物科技有限公司致力于表观遗传学在科学研究和临床检测上的应用，是上海市高新技术企业，博士后创新实践基地。在科研服务领域，团队主要产品线有CUT&Tag/ChIP-seq，ATAC-seq，1微克MeRIP-seq，eccDNA测序，单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq；在临床检测领域，团队开发了一整套针对cfDNA甲基化的实验检测技术和数据分析技术，相关应用产品正在临床实验阶段。
嘉因生物的ChIP-seq技术协助客户发表论文十余篇，近一年所发表的杂志包括Nature Communications，PNAS和Theranostics等；2018年8月1日嘉因生物发布了十万样本ATAC-seq测序计划；2019年1月，嘉因生物的ATAC-seq实验技术协助客户于The Journal of Clinical Investigation发表论文Chromatin remodeling ATPase BRG1 and PTEN are synthetic lethal in prostate cancer，影响因子12.282分；2019年3月，嘉因生物通过了美国10X Genomics 公司的单细胞ATAC-seq产品线的CSP认证，成为国际上首家获得该产品官方认证的企业。此外，2018年9月，嘉因生物于Plos Biology杂志发表1微克RNA的MeRIP-seq实验文章 Refined RIP-seq protocol for epitranscriptome analysis with low input materials，开启了MeRIP-seq技术进入临床医学研究的序幕。

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