ixxmu
commented
1 year ago 推文：根据 RNA 测序数据进行T细胞受体库重建和分析 by 生信菜鸟团
文章在这里➡A Nextflow pipeline for T-cell receptor repertoire reconstruction and analysis from RNA sequencing data
为什么要做这个呢？作者是这样说的
Despite the available collection of TCR repertoire reconstruction tools, adetailed step-by-step pipeline for the processing of immune repertoiredata from standard bulk RNA-seq data is not readily available, representing a missed opportunity for complementing gene expression studies ofimmunological conditions with the analysis of the immune repertoire.
So,They present a Nextflow pipeline for T-cell receptor repertoire reconstruction and analysis from RNA sequencing data.
流程如下：
相关文档都在这里(https://github.com/ConesaLab/TCR_nextflow)。代码和帮助文档都整理得很整齐，每一步都非常详细。本文中下游的分析部分都是基于R实现的，但是上游需要一部分linux技能处理fastq文件，正好可以作为不错的入门教程~
最后浅看一下他们的图，从overlap、diversity、repertoire similarity、clonal architecture和Network single node (degree=0)distribution五个角度对免疫组库进行了分析。
单细胞如今颇得大家喜爱，不知道免疫组库还有没有人在看┭┮﹏┭┮，但或许这是一个不错的生信挖掘突破口哦！
感兴趣的同学还可以翻翻技能树以前的文章，使用MiXCR进行免疫组库分析作为参考~
https://mp.weixin.qq.com/s/qg01zt-MU9xo3bsnDHPTKg