学习一个R包——免疫浸润ABIS

学习一个R包——免疫浸润ABIS by 生信菜鸟团

最近读到了Gianni团队最新发表于Cell Reports的文章，介绍了反卷积化计算免疫浸润工具——ABIS-seq (absolute immune signature for RNA-seq)。

原文题目为：RNA-Seq Signatures Normalized by mRNA Abundance Allow Absolute Deconvolution of Human Immune Cell Types

流程图如下：

使用反卷积方法计算免疫浸润的R包有很多，如CIBERSORT、TIMER、EPIC等。我们之前的推文介绍过使用ssGSEA计算免疫细胞的方法。

纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度

该ABIS使用反卷积方法可以计算外周血29种免疫细胞类型。输入数据类型：RNA-seq和Microarray均可。

下面我们来介绍下它的用法。

作者将Shiny工具使用方法上传到了github，网址为：https://github.com/giannimonaco/ABIS

我们读一下说明书，作者介绍了3种使用方法，我们依次来看一下：

1.在网页上使用

网址为：https://giannimonaco.shinyapps.io/ABIS/

不需要R，直接在网页上分析，但是数据大小不能超过5M，作者建议在网页上进行测试用。

我们打开ABIS网页，很简单的页面，依次browse submit download即可完成分析。

网页还提供了对单个基因进行分析的功能，输入gene symbol, Ensembl ID or Entrez ID 3种格式均可，得出29种免疫细胞的平均表达量。

2.在R中使用（随用随安装）

第二种方法是在R中进行，随时用随时下载，关闭R后，下次使用需要重新下载。

代码如下：

 install.packages(c("shiny", "MASS", "preprocessCore"), dependencies = TRUE)
 library(shiny)
 library(MASS)
 library(preprocessCore)
 shiny::runGitHub("ABIS", user="giannimonaco")

可以看到正在从github中下载源文件

在R中运行，出现了和网页中相同的shiny页面。

我们再看一下说明书，上传的数据格式为制表符分隔，gene symbol形式的基因名（无重复），可以参考源文件中的TPMPBMC.txt文件

我们上传RNA-seq数据进行分析，可以看到得出了数十种的免疫细胞评分。下载即可。

3.在R中使用（无需反复安装）

每次都下载源文件太麻烦了，我们可以直接把源文件respository下载到本地。

打开ui.R文件，直接library即可。

 library(shiny)

这时我在想，网页分析限制文件5M大小，那本地呢？

经过反复验证，在本地分析ABIS限制大小约为30M，更大的文件只能拆开来分析了...

以上就是我学习该包的全部过程，如果你也有好的idea，欢迎分享~

号外：生信技能树全国巡讲11月在福州和上海，点击了解报名哈：（福州、上海见！）全国巡讲第19-20站（生信入门课加量不加价）

ixxmu / mp_duty

学习一个R包——免疫浸润ABIS #305

学习一个R包——免疫浸润ABIS by 生信菜鸟团