ixxmu
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1 year ago 单细胞天地公众号2022的推文汇总 by 生信技能树
分享是一种态度
金虎辞旧岁，玉兔迎新春。值此辞旧迎新的美好时刻，单细胞天地汇总整理了2022一年来的推文，方便大家收藏、检索。同时在此向所有支持、信任单细胞天地的小伙伴表达由衷的感谢，恭祝大家新春快乐！
如果你认真看完这208篇笔记，起码可以很容易做到降维聚类分群后，看单细胞亚群比例变化，以及同一个单细胞亚群在两个分组的表达量差异分析上下调基因：
标记基因
肾上皮细胞单细胞亚群 胃上皮细胞单细胞亚群 结直肠上皮细胞单细胞亚群 肺上皮细胞单细胞亚群 乳腺上皮细胞单细胞亚群 肝上皮细胞单细胞亚群 B细胞细分亚群 髓系免疫细胞细分亚群 内皮细胞细分亚群 呼吸道上皮各个单细胞亚群的层级结构
单细胞&病理
scanpy 2022
scanpy官方教程2022|01-Preprocessing and clustering 3k PBMCs scanpy官方教程2022|02-细胞发育/分化轨迹推断 scanpy官方教程2022|03-scanpy包核心绘图功能 scanpy官方教程2022|04-数据整合：ingest and BBKNN scanpy官方教程2022|05-空间转录组数据分析 scanpy官方教程2022|06-scRNA-Seq与空间转录组整合分析：scanorama scanpy官方教程2022|07-anndata对象解析 scanpy官方教程2022|08-AnnLoader：使用anndata构建pytorch模型
单细胞分析教程
把单细胞表达量矩阵换一个单位（DoRothEA包） SCENIC转录因子分析结果的解读 单细胞转录因子分析之基于R语言的SCENIC流程 单细胞转录因子分析之基于Python语言的SCENIC流程（pyscenic需要Linux服务器） pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化 拟时序分析就是差异分析的细节剖析 拟时序分析的10个步骤 简单直接的拟时序分析方法，R包SCORPIUS推荐 把基因表达量画在拟时序结果图上 各个单细胞亚群特异性的转录因子热图 细胞通讯分析的背景知识 细胞通讯分析结果的解读 构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析） 8种方法可视化你的单细胞基因集打分 使用基于python的velocyto软件做RNA速率分析 R可视化之美化山脊图 单细胞分析1—monocle3分析概览 基于非负矩阵分解的单细胞降维聚类分群 2022空间转录组分析01-stLearn CCI分析教程数据说明 2022空间转录组分析02-stLearn 空间临近通讯 空间转录组分析工具速递1：stLearn 空间转录组分析工具速递2：Giotto 空间转录组2022||空间数据反卷积RTCD分析：细胞类型鉴定 空间转录组2022||空间数据反卷积RCTD分析：full mode on Visium hippocampus IMvigor210CoreBiologies中DESeq包安装体会 听说你还缺PBMC单细胞数据 深度解读：单细胞核转录组测序 单个样品测序了近2万个单细胞怎么办 单细胞转录组一条龙数据分析流程之popsicleR 单细胞数据分析之缺氧评分 单细胞数据清洗的这5个步骤你会做吗？ 只能下载bam文件的10x单细胞转录组项目数据处理 表达量矩阵差异分析决定上下调基因的阈值 动动手指的单细胞分析手动选点小工具：xSelectCells 抢救你破碎的测序数据 各个单细胞亚群独立在两个分组做差异分析 各个单细胞亚群的差异基因数量投射到umap图 单细胞集大成者的seurat包的可视化本质上是ggplot2语法 超百万个单细胞的数据集越来越多了 超百万个单细胞的数据分析解决方案 拆分大规模单细胞数据 MS4A基因家族在哪些单细胞亚群特异性高表达呢 空间转录组这么火，何不一起入个门 听说你的拟时序图跑的像蜈蚣 整个单细胞数据集进行拟时序分析合理吗？ 一个单细胞亚群里面的细胞数量太少就无需细分亚群了吗 cellranger的定量流程合辑 单细胞分群很勉强就对了 从单细胞博士论文开始了解数据分析常见图表 Chord: 识别双细胞的集成器 单细胞数据在ENA数据库和NCBI的SRA是有区别的 单细胞分析如何确定合适的resolution 听说你无法下载SeuratData的单细胞示例数据 projectLSI：将你的单细胞或bulk转录组数据映射到参考数据集中 simspec：基于细胞簇谱系相似性整合单细胞数据 都2023了你的普通单细胞转录组还想发高分就只能是稀有疾病了 单细胞转录组定量的时候需要修改参考基因组 关于如何用二代测序数据注释单细胞细胞群 CellKb Immune:轻松拿捏小鼠免疫细胞注释 单细胞免疫组库基础介绍 CellChat学习笔记【一】——通讯网络构建 CellChat分析结果可视化 DISCO单细胞表达数据库更新有感 在你的髓系里面加上中性粒吧 多组学单细胞数据库：HTCA 单细胞基因组测序看拷贝数变异就足够了 单细胞分析工具--Palantir轨迹分析
实战演示
SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（1）降维聚类分群 SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（2） 细分NK和CD8的T单细胞亚群 SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（3） 细分巨噬细胞的单细胞亚群 SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液单细胞转录组数据挖掘（4）巨噬细胞内部细分亚群的拟时序和RNA速率分析 PRJNA713302这个10x单细胞fastq实战 小鼠-单端测序转录组实战（PRJNA824605） Python图文复现2022|01-文献阅读：致命COVID-19分子单细胞肺图谱 Python图文复现2022|02-数据介绍与下载 Python图文复现2022|03-多样本整合分析 Python图文复现2022|04-绘制单细胞文献Figure 1 Python图文复现2022|05-绘制单细胞差异分析热图 Python图文复现2022|06-单细胞功能富集分析
文献速递
单细胞揭示B-ALL患者耗竭性T细胞亚群异质性 huARdb：单细胞水平克隆型-转录组分析的人类抗原受体数据库 人胸腺基质的单细胞转录谱揭示胸腺髓质中新的细胞异质性 联合单细胞与TCGA数据建立肝癌预后模型 癌症免疫研究的技术进步：从免疫基因组学到单细胞分析和人工智能 单细胞水平看骨髓瘤的细胞状态和基因调控 单细胞测序技术在循环肿瘤细胞检测中的应用 垂体神经内分泌肿瘤的单细胞转录组和基因组分析 单细胞 RNA 测序揭示胶质瘤细胞分化相关基因 单细胞 RNA 测序揭示动脉瘤性肾下腹主动脉的细胞异质性 单细胞多组学在解析癌细胞可塑性和肿瘤异质性中的应用 纳米免疫疗法通过促进先天和适应性免疫应答以增强恶性胸腔积液的PD-L1治疗 单细胞RNA分析揭示了器官特异性细胞类型易受 SARS-CoV-2 感染的潜在风险 单细胞测序揭示强直性脊柱炎患者 NK 细胞亚群的改变和细胞毒性分子水平的降低 心衰小鼠(LAD造模)心室非心肌细胞的单细胞图谱研究与靶点发现 单细胞分析揭示小鼠子宫胚胎着床部位的细胞间通讯 单细胞转录分析揭示纤维化过敏性肺炎的细胞异质性 单细胞转录组测序揭示了离子化辐射下的细胞异质性 综述-单细胞转录组学分析细胞通讯 单细胞 RNA 测序揭示瘢痕疙瘩中成纤维细胞和血管内皮细胞的谱系特异性调节变化 多发性骨髓瘤单细胞数据挖掘 scRNA-seq鉴定HIV-1-TB共感染的指标 渐冻症患者大脑单细胞图谱 质谱流式联合单细胞免疫分析鉴定胶质母细胞瘤的组合治疗靶点 scRNA-seq揭示STZ诱导的1型糖尿病小鼠骨髓与骨质疏松的关系 内皮来源的基质细胞参与造血骨髓微环境形成 单细胞分析pre-B 型急性淋巴细胞白血病的骨髓微环境 肿瘤异质性研究的天花板（立体空间，单细胞，多组学） AD星形胶质细胞与小胶质细胞的snRNA-seq数据分析 CLL中Ibrutinib应答的时间动力学 单细胞转录组揭示了人类角膜的异质性 单细胞多组学整合分析解析人类肿瘤浸润T淋巴细胞的细胞状态特异性增强子图谱 cytof能被称为单细胞蛋白质组学吗 解析食管鳞癌化疗病人的单细胞转录组 单细胞转录组揭示乳腺癌淋巴结转移的细胞异质性 TREM2(high)巨噬细胞和γδT细胞的基因表达特征预测免疫治疗反应 单细胞转录组揭示磷酸化相关基因在肝细胞癌干细胞中的作用 单细胞多组学揭示了进展性COVID-19中先天性和适应性免疫系统的非同步性 scRNA-seq揭示携带 EGFR 突变的早期肺腺癌中的异质肿瘤和免疫细胞群 单细胞揭示Cd9+Cd271+ 干/祖细胞群和 SHP2 通路有助于调节肌腱从新生到成熟的转换 scRNA-seq揭示胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境的动态变化 scRNA-seq解析肺腺癌的多细胞生态 肿瘤浸润骨髓细胞的泛癌单细胞转录图谱 scRNA-seq揭示牙源性角化囊肿内富含 CXCL 的成纤维细胞 组织 EVs蛋白组+scRNA-seq联合揭示EVs在炎症中驱动骨髓中性粒细胞募集 scRNA-seq揭示非病变性狼疮皮肤有助于骨髓细胞的炎症进展并引发皮肤炎症 基于基因调控网络的单细胞转录组解析三阴性乳腺癌的瘤内异质性 胃腺癌肿瘤微环境免疫细胞分析 单细胞转录组和表观组学图谱揭示效应、记忆和耗竭CD8 T细胞 在不同细胞命运分化中的共享生物学特征(上篇) 单细胞转录组和表观组学图谱揭示效应、记忆和耗竭CD8 T细胞 在不同细胞命运分化中的共享生物学特征（下篇） 复发性流产患者人体蜕膜免疫微环境的单细胞分析 空间转录组学和原位测序在阿尔茨海默病研究中的应用 单细胞测序为肿瘤免疫治疗带来的启示 单细胞测序技术在心脏疾病研究中的应用 人原发性前列腺癌的单细胞分析揭示了肿瘤相关上皮细胞状态的异质性 人类和小鼠白色脂肪组织的单细胞图谱 对抗T细胞耗竭的治疗可能会降低白血病的复发率 人类睾丸衰老与体重指数升高的相关性的单细胞分析 人类乳腺癌中的组织驻留FOLR2+巨噬细胞与CD8+T细胞浸润相关 人类淋巴结和淋巴瘤中非造血细胞的单细胞图谱揭示了基质重塑景观图谱 生物材料诱导软组织功能性再生过程的免疫图谱 三维和空间基因组学时代（上篇） 三维和空间基因组学时代（下篇） 单细胞RNA和染色质可及性研究揭示了d-flow对内皮细胞重编程的作用 单个病人的完善的多组学研究 人类黑色素瘤中的新抗原特异性CD4+T细胞具有不同的分化状态并与不同细胞的功能相关 乳腺癌细胞系单细胞转录组图谱 单细胞图谱：多维度解析人类衰老衰弱的免疫系统特征 健康人的呼吸道的单细胞图谱 单细胞RNA测序联合TCR分析T细胞大颗粒淋巴细胞白血病 单细胞+外泌体蛋白组学||T细胞来源外泌体蛋白ECP参与系统性红斑狼疮发病过程 肝细胞癌中抗PD-1免疫治疗响应和不良事件的解偶联免疫轨迹 自体反应性先天性T细胞介导的癌症免疫程序 使用scRNA-seq 解码 Diamond-Blackfan 贫血的发病机制 黑色素瘤免疫治疗新进展：单细胞多组学测序揭示免疫逃逸机制 胚胎期造血的特异性骨髓微环境 为什么一个资源型的文章，还能发到Nature 单细胞探秘 || CAR-T疗法治疗实体瘤的效果不好的潜在原因 你是我的眼 || 单细胞测序在眼科中的应用大观览 单细胞测序揭示了六种母乳细胞亚型 人阴茎海绵体单细胞测序图谱 scRAN-seq揭示经典霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中的疾病定义性T细胞亚群 单细胞转录组揭示肝内胆管癌的两种分子亚型 单细胞RNA测序揭示胶质母细胞瘤进展过程中的免疫景观演变 氯胺酮通过细胞类型特异性调控Kcnq2发挥长效抗抑郁作用 单细胞空间转录组解析乳腺癌图谱 肾细胞癌免疫细胞的动态染色质单细胞景观 调节亲和力后的CD47/PDL1双特异性抗体提高抗肿瘤免疫力 细节来啦! 樊荣教授团队揭示CAR T治疗的急性淋巴白血病复发机制 单细胞测序揭示人动脉粥样硬化血管中的免疫细胞异质性 肝细胞癌胚内皮细胞重编程促进免疫抑制性巨噬细胞的产生 单细胞解析新表位CAR记忆样NK细胞对NPM1突变的急性髓系白血病治疗机制 单细胞测序显示心肌梗塞后内皮细胞的可塑性与短暂呈现间质特征 研究发现TDO2+肿瘤相关成纤维细胞在口腔鳞状上皮癌变过程中的免疫抑制作用 scRNA-Seq揭示了抗间皮素 CAR-T细胞疗法对人体不同器官毒性的潜在风险 snRNA-seq联合scATAC-seq揭示结直肠息肉恶性转化过程中细胞状态变化 一个转录开关调控心脏疾病中成纤维细胞的激活 “羊角风”为什么难治愈？单细胞技术有话说 心肌梗塞期间动态间质细胞反应预示着遗传多样性小鼠对损伤的适应性 单细胞核测序揭开阿尔兹海默症的神秘面纱 共表达CD39、CD103和PD-1的肿瘤浸润性淋巴细胞在卵巢癌中的单细胞特征及其对预后的影响 scRNA-seq揭示了正常和高脂饮食喂养小鼠升主动脉的细胞异质性 人—心肌梗塞的空间多组学图谱 转录组和单细胞测序的综合分析揭示了PKP1与肿瘤浸润B细胞的相互作用及其对鼻咽癌的治疗潜力 单细胞识别健康和恶性乳腺中的脂质加工和免疫调节性内皮细胞 原发性肝癌空间转录组综合分析 单细胞测序与空间组学揭示黑色素瘤脑转移的免疫微环境 单细胞转录组鉴定ICI肺炎中的致病性T-helper 17.1细胞和促炎单核细胞 不知道为什么偶尔能看到T淋巴细胞跟肿瘤细胞在umap临近 单细胞图谱展示慢性鼻窦炎中炎症异质性机制 免疫双子星 | 单细胞解析动脉粥样硬化血管外膜中B-T细胞相互作用 单细胞测序技术揭示类风湿性关节炎免疫微环境 单细胞分析揭示了ZNF683在多发性骨髓瘤的NK细胞耗竭中的关键作用 这个science杂志刚刚发表的文章说肥大细胞是淋巴系免疫细胞 单细胞技术发现肺成纤维细胞促进肿瘤转移前微环境形成的秘密 人类B细胞通过与TNF超家族配体介导抗癌细胞毒性 单细胞+外泌体||10X单细胞RNA测序研究单个细胞单个EVs的转录组学特征 (Research)泛癌单细胞分析揭示肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞的异质性和可塑性 肿瘤内浆细胞预测非小细胞肺癌PD-L1阻断的结果 M2-TAM细胞相关biomarker构建新的预后signature揭示免疫景观并在肝癌中筛选药物 急性髓系白血病单细胞层次的研究 压力超载心衰小鼠心脏免疫浸润的单细胞测序揭示了免疫激活程度 (Research)高分辨率单细胞图谱揭示非小细胞肺癌组织驻留中性粒细胞的多样性和可塑性 结直肠癌中的B细胞单细胞图谱及临床情况 单细胞和WGCNA联合分析揭示影响CEP稳态的关键MSCs生态位和致病基因 接受抗原驱动的过敏性小鼠皮炎的的单细胞转录组对于特应性皮炎的研究 成脂谱系前体细胞通过瞬时扩增和肌成纤维细胞转化介导骨髓放射修复 免疫浸润显示CD103CD39 T细胞与结直肠癌预后和免疫治疗反应相关 小鼠同种异体胰岛移植和同源胰岛移植的单细胞景观 scRNA-seq 揭示小鼠缺血性中风的转录景观 单细胞转录组绘制人与小鼠白色脂肪组织的细胞图谱 人类远端肺部气道细胞图谱绘制 单细胞meta分析揭示肿瘤反应性CXCL13+T细胞对免疫检查点阻断的反应 单细胞RNA-seq分析小鼠肺动脉高压内皮细胞 scMethBank：单细胞全基因组 DNA 甲基化图谱在线数据库 CAF里也有好人-使用CD105明辨好坏CAF 复杂组织中单细胞表观基因组的空间分辨方法 scRNA-seq 揭示UCOGCP的发生与异质性 先天性心内膜缺陷导致左心发育不良综合征 前列腺癌进展过程中单细胞分辨率下的细胞群体动力学研究 单细胞测序绘制正常与畸形的人脑血管图谱 不同人群冠脉中血管生理相关细胞分型的单细胞转录图谱
数据挖掘教程
使用RcisTarget包进行转录因子富集分析 为什么是AUC值而不是GSEA来挑选转录因子呢 常规转录差异建议都加上一个转录因子数据 没想到自己会放弃conda（docker镜像的pyscenic做单细胞转录因子分析） 万里挑一的重要突变会是什么呢？ 基于GATK4标准找变异方法的自动化工作流程oVarFlow的使用 gget，一个能高效进行各式各样网络数据库查询的工具 一定要阳性吗 或许怎么做都对呢？ 癌基因一定在肿瘤部位高表达吗 替代付费生信工程师的在线可视化工具箱Hiplot
纵横捭阖
十二生肖中还有哪个没做过单细胞测序？ 超越图谱| 谈谈细胞生态学雏形 对t-SNE的一些不成熟思考 2022诺贝尔奖的点击化学或可作为单细胞多组学开发的有力工具 期待新书《细胞之歌》 重新认识中性粒细胞 2022单细胞关键意见领袖的关键文章
系列转载
单细胞转录组填补算法: DCA 单细胞转录组填补算法: mcImpute 单细胞转录组聚类算法: scDeepCluster 单细胞转录组聚类算法: scGMAI 单细胞转录组聚类算法: scDSC 单细胞转录组整合算法：iMAP 关于 iMAP 的一些补充 单细胞转录组整合算法：DESC与CarDEC 单细胞多组学整合算法：GLUE 单细胞转录组整合算法：MNN 当单细胞转录组遇见变分自编码器（一）：VAE 当单细胞转录组遇见变分自编码器（二）：scVI 当单细胞转录组遇见变分自编码器（三）：Cell BLAST CeleScope 教程 || 软件安装 CeleScope 教程 || 单细胞转录组数据分析 CeleScope 教程 || 单细胞免疫组库数据分析 CeleScope 教程 || DynaSCOPE™单细胞转录动态监测数据分析 CeleScope 教程 || 单细胞多样同测CLindex™ 数据分析 CeleScope 教程 || FocuSCOPE™单细胞肺癌靶向基因突变数据分析 CeleScope 教程 || FocuSCOPE™单细胞EB病毒基因检测数据分析 SingCellaR：一站式解决单细胞数据功能分析 SingCellaR代码实操（一）：PBMCs的标准流程 SingCellaR代码实操（二）：单个骨髓纤维化患者的分析流程 SingCellaR代码实操（三）：多样本单细胞数据整合上游分析 SingCellaR代码实操（四）：多样本单细胞数据整合下游分析 SingCellaR代码实操（五）：基于TARGET-Seq测序数据的分析流程
其他
6分专刊火热征稿 | 免疫在癌症药物耐受中的作用与影响 难走的路，从不拥挤 单细胞数据科学2022会议通知 2022单细胞产品经理邀请函 2022可以开始跟我学单细胞了吧？ 一次曲折且昂贵的单细胞公共数据获取与上游处理 毛遂自荐成为你的单细胞顾问 Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告 难者不会，会者不难 单细胞多组学上下游全打通 技能树六周年福利来袭 国产单细胞技术大比拼（数据分析测评） 天地直播| 单细胞降落伞的颜色 服务器选购浅析及分析环境配置 一个10x单细胞样品费用拿下你的专属64线程200G内存服务器 96线程384G内存服务器共享一年仅700（每月一批，循环开通账号） 打通转录组测序数据分析的最后一公里 2款最适合单细胞数据分析的服务器配置
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