ixxmu
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1 year ago 把基因在pancancer和GTEx中的表达量画成box plot，显著性标*** by 小丫画图
小伙伴问：感谢小丫带我们打开xena魔盒，有一个问题，FigureYa55pancancer_violin的图能不能画成box plot？
小丫答：可参考FigureYa12box的画法，能让R水平上一个台阶。
问：懒，能不能用它的输出文件easy_input.csv作为输入，直接画出boxplot？想要无缝对接。
答：能。感谢Chris Lou帮忙更新，今天分享ggpubr版，下次分享纯ggplot2的解决方案。
用ggpubr画带***的box plot
【优点】打包了，用法简单
【缺点】打包了，徒增学习成本，修改细节不便
library(ggpubr)# 读入FigureYa55pancancer_violin的输出文件easy_input.csv# 包含某一基因在TCGA的33种癌症和GTEx正常组织里的表达量tcga_gtex <- read.csv("easy_input.csv", row.names = 1, header = T, as.is = F)# 设置纵坐标titleylabname <- paste0("TP53", "expression")# 修改列名，更易理解，便于套用colnames(tcga_gtex) <- c("Tissues", "Groups", "Gene")# 开始画图p2 <- ggboxplot(tcga_gtex, x = "Tissues", y = "Gene", fill = 'Groups',ylab = ylabname, #纵坐标titlecolor = "Groups", #两组用不同颜色palette = "jco", #用JCO的配色方案#add = "jitter", #画散点#shape = "Groups", #两组散点用不同形状ggtheme = theme_minimal())# 计算p value# 方法可选"holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY", "fdr"anno_df <- compare_means(Gene ~ Groups, group.by = "Tissues", data = tcga_gtex,p.adjust.method = "holm")# 标注p valuep3 <- p2 + stat_pvalue_manual(anno_df, x = "Tissues", y.position = 15,label = "p.signif",position = position_dodge(0.8))p3# 保存到pdf文件，矢量图ggsave("pancancer_ggpubr.pdf", width = 14, height = 5)
画出的box plot
用add = "jitter"加散点的效果
图中p value 转 * 规则：
ns: p > 0.05*: p <= 0.05**: p <= 0.01***: p <= 0.001****: p <= 0.0001
怎样获得easy_input.csv文件？
点击左下角“阅读原文”，付款，留邮箱。
带你从xena下载数据开始，到提取基因在33种癌症中的表达量，不怕TCGA的normal太少，用GTEx的正常组织作为对照，输出easy_input.csv文件。
一个问题一种解法一篇推文，轻松更，如果你喜欢这种方式，就请点个“在看”鼓励小丫这样更新吧～
https://mp.weixin.qq.com/s/dZrjsVuHMcqOTFKWajeHQg