ixxmu
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1 year ago 单细胞天地需要你 by 生信技能树
算了算，我们的《单细胞天地》公众号已经是持续输出了5年多，但是我们团队毕竟不是科研服务公司，没有人付费支持着我们做技术或者产品研发。长期矛盾就是团队实成员在是时间和精力实在是有限，尤其是单细胞领域高速飞奔，CNS文章发表的速度远超我们能提供的详细解读速度！
急需新鲜血液的补充，我们一直在积极招募文献分享创作者啦，而且也确实遇到了很多优秀的小伙伴，在过去了一半的2023我们也有近百个文献阅读笔记：
scMethBank：单细胞全基因组 DNA 甲基化图谱在线数据库 CAF里也有好人-使用CD105明辨好坏CAF scRNA-seq 揭示UCOGCP的发生与异质性 先天性心内膜缺陷导致左心发育不良综合征 前列腺癌进展过程中单细胞分辨率下的细胞群体动力学研究 单细胞测序绘制正常与畸形的人脑血管图谱 不同人群冠脉中血管生理相关细胞分型的单细胞转录图谱 单细胞测序构建糖尿病足溃疡图谱 单细胞水平揭示CD8⁺ T-LGLL的免疫组特征 单细胞测序揭示 MDA5+ 皮肌炎的特有适应性免疫特征 hECA—人类单细胞表达图谱平台 scRNA-seq 鉴定上皮卵巢癌复发的启动子 单细胞转录组绘制肺癌图谱 IMMUcan—肿瘤微环境单细胞数据库 人类食管癌肿瘤微环境细胞亚群细分 单细胞DNA测序揭示肝细胞癌的克隆进化 基于单细胞转录组测序的肝细胞癌预后新模型 单细胞转录组揭示了胰腺癌肿瘤的中性粒细胞可被BHLHE40转录因子驱动 克罗恩肠炎疾病的大型单细胞图谱 单细胞水平揭示慢性血栓栓塞性肺动脉高压的机制 单细胞多组学揭示高浆卵巢癌的分子调控机制 单细胞转录组揭示癌症病痛相关的神经元巨噬细胞亚群 scRNA揭示MYC的 靶向基因MAD2L1与前列腺癌骨转移肿瘤休眠有关 单细胞测序揭示肝癌免疫微环境和中性粒细胞异质性 单细胞图谱细化结直肠癌的分类 人类性腺发育的单细胞图谱 小鼠肝纤维化过程中的肝星状细胞 衰老雌性小鼠下丘脑的单细胞分析 单细胞转录组揭示转移性卵巢癌的化疗耐药性 单细胞测序揭示胰腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞分化动态 cellDancer预测RNA Velocity和单细胞水平的RNA动力学速率 单细胞多组学揭示肾透明细胞癌中的关键调控机制 癌症的单细胞表观遗传学 单细胞分析揭示动脉粥样硬化内皮细胞的新型表型调节因子 采用单细胞转录组分析早期肺癌和肿瘤微环境 髓鞘脱失与再生模型小鼠snRNAseq数据分析 单细胞转录组揭示间充质干细胞的异质性 popsicleR——单细胞转录组数据预处理和质控的R包 单细胞多组学数据分析最佳实践(2023典藏版) 单细胞水平解析人类杜普征氏掌挛缩病的间充质细胞 MHA—男性泌尿生殖系统单细胞数据库 单细胞转录组测序揭示健康及恶性乳腺中的脂质处理和免疫调节内皮细胞 单细胞转录组和表面蛋白测序帮助识别人脑癫痫病灶中促炎症的信号 单细胞转录组揭示出生后肝脏发育和成熟过程 基于单细胞分析人心衰中炎症和纤维化的相互作用 bollito—单细胞转录组的流程化工具 单细胞转录组揭示静脉畸形和海绵体静脉畸形的细胞异质性和免疫微环境 单细胞转录组揭示局灶节段性肾小球硬化症的炎症特征 单细胞转录组揭示了Semaglutide对肥胖小鼠非心肌细胞的影响 母乳细胞的单细胞测序揭示了哺乳期乳腺变化 单细胞转录组联合脂质代谢提供肺癌的早筛新方法 手把手带你复现NC图表之Figure 4 rPanglaoDB—获取PanglaoDB单细胞转录组数据的R包 单细胞转录组揭示系统性红斑狼疮的特定细胞类型的基因表达变化 基于泛癌scRNAseq的T细胞图谱整合分析 单细胞转录组揭示了环境性肠病的上皮和免疫细胞特征 胃癌单细胞图谱揭示细胞谱系、肿瘤微环境和特异性转录组表达模式
但存稿告急！
走过路过，试试看，加入我们的文献阅读和讨论创作团队，给自己一个舞台，未必不能“逆天改命”，文献领读分享我们也规范好了最基础的标准，就是首先必须要有文章发表于年份，以及杂志，标题 这样的开头。。。。
然后是摘要
使用哪种单细胞转录组技术，测下多少个样品，多少个细胞重点发现是什么（细胞亚群，还是特殊通路）
正文5个重点
首先是样品，建库测序，RNA-seq上游分析概况
然后是质量控制情况，最后的表达矩阵是多少个基因多少个细胞
接着介绍作者是如何挑选重要的基因和降维
降维后的聚类以及对每个类的注释
类的下游分析(差异分析或者实验验证等)
最后总结一下
这个研究的发现了什么，意义是什么。点出它的特色。
优秀的小伙伴可以在线与10万读者b站或者腾讯会议分享
可以是文献阅读理解中的优缺点，以及每个文献背后的数据处理复现的困难求助或者讨论，我们会以最大的敬意反馈给每个分享者。我们一直在安排学徒和实习生做单细胞数据集图表复现的腾讯会议分享，其中2021的100次单细胞分享，仅仅是30个成功录屏，已经编辑上传到b站：
https://www.bilibili.com/video/BV14b4y177EJ 【生信技能树】单细胞文献分享计划11月 https://www.bilibili.com/video/BV1zY411L7Zg 【生信技能树】单细胞文献分享计划1月 https://www.bilibili.com/video/BV1734y117f7 【生信技能树】单细胞文献分享计划12月
我相信大家的加入，会让我们的知识整理之路大放异彩！大量的文献等你来读！！！！
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《单细胞天地》团队一直以来都是非常独立运行，从国内外优秀教程翻译，资源介绍，文献速递，图表复现，每次都能涌现出一些不俗的小伙伴。也非常值得我结交和认识，所以我都会亲自把关，大家可以直接添加我微信，发给我你的一些单细胞能力的体现的材料，加入我们。
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欢迎所有感兴趣单细胞技术的小伙伴
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