ixxmu
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1 year ago 跟学单细胞周更（二） by 单细胞天地
这个新专辑有以下几点希冀：
带着像我一样的单细胞小白，一步步利用我们生信技能树、生信菜鸟团、单细胞天地的资源，掌握基本的scRNAseq流程 在学习的过程中，探索出合适的学习路径，帮助大家更好地利用已有资源 对过往推文中出现的错误、更新的软件进行审查，推陈出新 在过去的基本内容上深入挖掘影响小白学习的障碍，提炼总结，拓宽深度宽度 和大家讨论我在从零开始学习过程中遇到的问题，老师们在评论区指出我的不足提出建议 而我在将自己的学习笔记排版成推文时也会遵循以下行文特点：
务必详实逐步复现，如展示原推文中没展示的过程结果，添加参考资料帮助理解 重点推陈出新，如果原推文足够详细且我没遇到其他问题，可能会直接带过这篇学习推文，只在推文中展示结果，但是仍会告诉大家我看了啥，以便梳理小白学习路径
跟学的第二篇推文：两样本原代乳腺癌细胞与肺部扩散癌细胞单细胞测序数据分析
流程和专辑前面学习的基本流程一致，所以我们这里只快速提一些要点
这个数据集是经过FACS分选的：前面介绍一文搞定基本cellranger定量
单细胞分离方法：包括有限稀释法（Limiting dilution technique）显微操作法（micromanipulation）、流式细胞分选(FACS)、激光捕获显微分离(LCM)、微孔（microwell）、微流控（microfluidics）和微滴（droplet）
在读取数据集时，直接用read.csv读取csv文件，可见CreateSeuratObject函数中counts参数得到表达矩阵列表就可以
基本流程还是：
数据质控 数据标准化 识别高变基因 数据归一化 降维 UMAP/tSNE可视化 Marker鉴定细胞 检查各分组内基因表达情况 重新降维和细分亚群
从上一期推文开始我们开始接触到”重新降维和细分亚群“
这里是上皮细胞的细分：
刚开始只找了一些基础marker分不太开
因此又多找了一些marker
除了上述情况我在找乳腺上皮细胞的marker的时候看到之前单细胞天地发的 ” 乳腺上皮细胞单细胞亚群“ 的推文乳腺上皮细胞单细胞亚群 (qq.com)
看图也能发现初步定义的epi混合了几种一开始的cluster
这是一个很自然从粗定义到细分的过程，后面我们会频繁遇到
需要提醒一下的是：
我这里的epi对应的并不是原推文中的c(0,1,2)而是c(0,1,4)
因为原推文没有提供很多过程图，这在进行复现学习的时候需要格外注意
除了基本流程外，原推文还顺带看了一下harmony去除批次效应前后对比：
可以发现harmony前lung和primary还不是很好地混在一起
harmony后混的就比较均匀
关于是否需要harmony，什么时候需要harmony，harmony对单细胞表达分布的影响，我们将在下一期学习【flag】
这里需要注意是，Seurat对象在使用harmony去除批次效应前后，相同分辨率下UMAP降维分组的组数可能会发生变化
所以我个人感觉，看harmony前后的变化情况，单单看细胞在不同分组的数量变化并不好看，还是要看最后定义好的细胞亚型的分布情况
如果你对单细胞转录组研究感兴趣，但又不知道如何入门，也许你可以关注一下下面的课程
看完记得顺手点个“在看”哦！
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https://mp.weixin.qq.com/s/QsJcwpM5ZhPy2PN7MYN2PQ