ixxmu
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1 year ago 学术交流一定要以SCI文章为前提吗?试试Octopus by 生信技能树
学术交流是研究人员与同行、学术界以及社会大众分享他们的研究成果、发现和观点的重要方式。然而，并不是所有的学术交流都必须通过SCI（Science Citation Index）期刊发表文章 ：
多元化的交流方式： 学术交流的方式多种多样，除了发表SCI文章外，还包括会议报告、演示、研讨会、书籍章节、科普文章、博客等。不同的交流方式可以满足不同层次和领域的交流需求。 开放获取期刊： 开放获取期刊也可以提供高质量的学术论文，但不一定都在SCI数据库中。这些期刊的文章同样可以在全球范围内获得广泛的关注和引用。 领域专业性： 有些学科领域的研究成果可能在特定领域的期刊中发表更为合适，而不一定在SCI期刊上。选择适合自己研究领域和目标受众的期刊是更重要的。 社会影响力： 有些研究人员可能更关注他们的研究对社会的影响，而不仅仅是SCI数据库中的引用次数。这可能会导致他们更倾向于通过科普文章、媒体采访等方式与公众进行交流。 跨学科交流： 一些跨学科研究成果可能更适合通过合适的跨学科期刊或其他交流渠道来分享，而不一定是SCI期刊。 语言和文化因素： 有些研究人员可能不以英语为母语，可能更倾向于选择在本国的期刊上发表，以便用母语进行交流。 交流目的： 学术交流的目的因人而异。有些人可能更关注在同行中获得认可，而有些人可能更关注将研究成果传达给非专业人士。
总之，学术交流的形式应根据个人研究领域、目标受众和交流目的来决定。发表SCI文章是一个受到高度认可的方式，但并不是唯一的方式，其他方式同样可以在学术界和社会中产生重要影响。
关于Octopus（章鱼）
JISC在2022的6月29日推出一项开创性的开放研究平台，名为Octopus（章鱼）。Octopus平台旨在通过将研究过程分解为八个部分，改变传统的学术交流方式，从而促进更加开放和透明的研究文化。
Octopus平台的创新之处在于将研究过程划分为八个模块，与学术工作流程相结合。这八个模块分别为问题、假设/理论依据、方法/方案、数据/结果、分析报告、解释、现实世界的应用和同行评审。研究人员可以选择性地发表这些模块中的某一部分，而不是传统的完整文章。这种方法类似于预印本服务器，允许即时发表，并在同行评审之后进行完整文章的补充。
通过Octopus平台，研究人员可以更快地将他们的研究成果公开，提高研究的可见性和影响力。每个模块都有独立的DOI，这意味着一篇完整的研究论文可能会有八个DOI，从而更好地追踪和引用各个部分的内容。
然而，Octopus平台也面临一些潜在的问题。首先，是否有资助者和机构愿意认可这种创新的发表模式，以及如何改变现有的科研评估体系，仍然需要深入探讨。其次，八个模块的发表方式可能并不适用于所有学科和文章类型，如人文及社会学科、文献综述或医学案例研究。此外，平台的可持续性也需要考虑，因为资金和运营模式对于长期发展至关重要。
总之，Octopus平台在重塑学术交流文化方面具有巨大的潜力，但同时也需要克服一些挑战，以确保其成功发展和持续影响力。这个开放的、由社区主导的平台有望为学术界带来积极的变革，并推动研究成果更广泛地传播和共享。
咱们生物信息学其实更喜欢代码海洋
很早之前我们介就绍过codeocean ，算是生物信息学数据分析者的一个福音，因为大量的好文章都是把绘图数据及代码一股脑的打包上去了，关键是都是可以重复出来的！
比如 chordDiagram 和 circos.trackPlotRegion两个函数，来自于circlize这个R包。就可以完成一个药物靶点以及其对应的通路关系的圈圈图，详见：《代码海洋-你想模仿的这里都有啊》
另外，我们《单细胞天地》公众号分享了一个文献：单细胞转录组揭示肺腺癌特有的肿瘤微环境，它并没有配套的gse数据集链接，如下所示：
文章题目：Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental patterns in lung adenocarcinoma
日期：2021-10-18
期刊：Oncogene
链接：https://www.nature.com/articles/s41388-021-02054-3
代码：https://doi.org/10.24433/CO.0121060.v1
本来以为这样的文献就没有意义了，没有数据公开，它的价值约等于0 ，不过我留意到它代码在codeocean，简直是太棒了！
这样的学术成果交流方式你不爱吗？
https://mp.weixin.qq.com/s/frVFzunP6yh_9DTL2kQWpg