ixxmu
commented
1 year ago 【孟德尔随机化】森林图怎么画？ by 生信菜鸟团
本来想复现上周的那篇文献导读，但是找了很久都没找到他的原始数据，就……很绝望。。。所以给大家补一个森林图的画图方式~
我们常在MR文献中看到的森林图咋画呢？
今天简单来画一下：
假如原始表格长这样
View(outresult)
out_multi <- outresult
# out_multi[,2:ncol(out_multi)] <- as.numeric(unlist(out_multi[,2:ncol(out_multi)]))
hz <- paste(round(out_multi$HR,3),
"(",round(out_multi$L95CI,3),
"-",round(out_multi$H95CI,3),")",sep = "")
tabletext <- cbind(c(NA,"CELL",out_multi$CELL),
c(NA,"Coefficient",round(out_multi$coef,3)),
c(NA,"P value",ifelse(out_multi$pvalue<0.001,"P < 0.001",round(out_multi$pvalue,3))),
c(NA,"Hazard Ratio(95% CI)",hz))
png("../rawdata/based_unicox_Hazard_Ratio.png", width=1000, height=600)
pforest <- forestplot(labeltext=tabletext,
graph.pos=3, #为Pvalue箱线图所在的位置
col=fpColors(box="#D55E00", lines="#CC79A7", zero = "gray50"),
mean=c(NA,NA,out_multi$HR),
lower=c(NA,NA,out_multi$L95CI), #95%置信区间下限
upper=c(NA,NA,out_multi$H95CI), #95%置信区间上限
xlab="Unicox−analytic Hazard Ratio of immune cell population",
boxsize=0.3,lwd.ci=2, #箱子大小，线的宽度
ci.vertices.height = 0.08,ci.vertices=TRUE, #置信区间用线宽、高、型
zero=1,lwd.zero=1, #zero线宽 基准线的位置
colgap=unit(5,"mm"), #列间隙
xticks = c(0.5, 1,4), #横坐标刻度
lwd.xaxis=1, #X轴线宽
lineheight = unit(1,"cm"), #固定行高
graphwidth = unit(.3,"npc"), #图在表中的宽度比例
cex=0.9, fn.ci_norm = fpDrawCircleCI, #误差条显示方式
hrzl_lines=list("2" = gpar(lwd=2, col="black"),
"3" = gpar(lwd=2, col="black"), #第三行顶部加黑线，引号内数字标记行位置
"16" = gpar(lwd=2, col="black")),#最后一行底部加黑线,"29"中数字为nrow(tabletext)+1
mar=unit(rep(0.1, times = 4), "mm"),#图形页边距
# #fpTxtGp函数中的cex参数设置各个组件的大小
txt_gp=fpTxtGp(label=gpar(cex=1),
ticks=gpar(cex=1.5),
xlab=gpar(cex = 1.25),
title=gpar(cex = 1.2))
)
pforest
dev.copy(png, "../Hazard_Ratio.png")
dev.off()
大家可以根据自己的outresult进行调整，应该就能得到满意的森林图啦~
https://mp.weixin.qq.com/s/etSecuOet1ORKY_W64EsOw