农业领域的R包介绍

农业领域的R包介绍 by 育种数据分析之放飞自我

大家好，我是邓飞，今天介绍一下农业领域的R语言包，以及我自己的使用体验。

开具一张图：

介绍链接：https://agstats.io/events/presentations/agstats-conference-2022/

连锁分析和QTL定位：

飞哥注：只用过QTL这一个R包

农业数据集合包：

飞哥注：agridat这个包不错，很多数据。

农业田间试验包：

飞哥注：agricolae这个包不错，另外asreml以及asremlPlus包很不错，经常用，desplot可视化也很赞。

GWAS分析

飞哥注：rMVP这个包不错，另外ASRgwas这个包也不错，但是里面没有推荐，GAPIT这么牛的包也没有。。。

农业数据库：

飞哥注：这个就是盲区了，数据库这一块接触的较少。

基因与环境互作：

飞哥注：AMMI模型和GGE模型，两个分析GbyE的流行模型，另外有FW模型，值得推荐。

土壤科学：

飞哥注：空间分析也不错。

植物科学：

飞哥注：这个接触得少

种子科学：

飞哥：这个接触的少

作物模型：

飞哥：建模这一块也接触得少。

基因组选择（GS）

飞哥：经常用的有：BGLR，AGHmatrix，rrBLUP，sommer，另外asreml是最常用的。

通用性分析：

飞哥：缺失数据，元分析，生存分析接触一些。

相关媒体跟踪推荐：

飞哥的Flag，这些包既然都列出来了，不学习一下不行呀，那就看一下相关函数，感觉不错的，写篇博客介绍一下。

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分割线

大家好，我是邓飞，一个持续分享的农业数据分析师，这里我将自己公众号的干货内容挑重点罗列一下，方便大家阅读和使用。

1，GWAS学习教程（快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程更新啦），这个pdf是我将公众号的内容进行了汇总，更方便从头学习GWAS分析，里面配套了数据、代码和讲解，属于干货推荐的Number 1。

2，农学人如何入门数据分析资料汇总（飞哥汇总 | 入门数据分析资源推荐），里面推荐了免费的教程，包括编程、统计和专业书籍。

4，R语言电子书线上书籍推荐（学习R语言这几本电子书就够了！）