ixxmu
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11 months ago 分享一个好用的单细胞图谱数据库 by SCIPainter
往期分享过一个人类单细胞景观图谱查询数据库HCL（Human Cell Landscape），具体可戳：《分享一个好用的单细胞景观图谱数据库》。
今天分享来自同实验室开发的另一个基于小鼠的细胞图谱数据库MCA（Mouse Cell Atlas），该数据库使用单细胞测序确定了小鼠主要器官的细胞类型组成，并构建了小鼠细胞图谱，我们可轻松调用数据进行探索与可视化。相关文献发表于Cell（2018）和Nature Genetics（2022）。
数据库链接：https://bis.zju.edu.cn/MCA/
整个门户主要分为Home、Atlas、Gallery、Search、Run-scMCA、FAQ和Contact七个版块，使用方法和与web页面与HCL基本相似。在Home页中（首页），描述了HCL网站的功能和更新，点击Mouse tissue info可查看小鼠每个组织部位的简要描述，点击Microwell-seq Protocol可查看Microwell-seq实验方案和对应视频。
Atlas为小鼠细胞图谱的全局展示，有1.1、2.0和3.0三个版本可选，具体信息可结合首页描述查看，点击版本进入对应图谱页。
在MCA 1.1的全局视图中，完整的小鼠组织数据集被划分为104个主要聚类。
MCA 2.0为小鼠细胞分化图谱，分析了从早期胚胎到成熟成年共七个生命阶段（E10.5、E12.5、E14.5、P0、P10、P21、adult）的来自10+小鼠组织（每个组织重复 2-4 次）的520,000+个单细胞。在全局视图中，完整的小鼠组织数据集被划分为95个主要聚类。
MCA 3.0为小鼠细胞发育和衰老图谱，分析了从早期胚胎到成熟成年10个生命阶段（E10.5、E12.5、E14.5、Neonatal、10d、3w、6~8w、12m、18m、24m）的来自10+小鼠组织的1,130,000+个单细胞（每个组织重复2-4次）。在全局视图中，完整的小鼠组织数据集分为177个主要聚类。
在左侧的选择栏中，我们可选择感兴趣的clsuter、组织或输入目标基因进行查看；切换到Marker list，可以查看感兴趣cluster的Marker标记基因列表。
点击Gallery，图片对应小鼠不同组织，右上角数值表示样本数量，这里我们点击Kidney为例。
可看到对应8个小鼠样本的信息，如细胞计数、生命阶段（年龄）、图谱版本。如我们想查看第一个，点击Details。
点击页面右上方Download可下载DGE矩阵，下方可交互式查看tSNE或UMAP的聚类分群结果。
页面下滑表格可查看每个亚群的top markers信息。
Search页分为组织检索和图谱检索（2个版本），如点击Search tissue，选择小鼠组织，输入目标基因：
结果会返回搜索基因在选定组织的基因表达量柱状图。
使用MCA 2.0或MCA 3.0进行图谱检索（在完整的MCA数据集中搜索基因），输入目标基因，结果会返回Top20细胞类型（MAIN CELL TYPE）、组织（TISSUE）、生命阶段（STAGE）、组织谱系（TISSUE-LINEAGE）的基因表达量条形图。
在该版块用户可上传自己的小鼠单细胞DGE矩阵或bulk-seq矩阵，scMCA可自动识别细胞类型。具体格式要求及测试数据都可在左侧栏目中查看。
这里我们以数据库自带测试数据为例，结果返回交互式热图和结果表格（点击下载）。
更多内容感兴趣可结合文献进一步了解。好啦，今日分享毕!
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参考文献
Fei L, Chen H, Ma L, et al. Systematic identification of cell-fate regulatory programs using a single-cell atlas of mouse development[J]. Nature Genetics, 2022, 54(7): 1051-1061.
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