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3 years ago CIBERSORT评估肿瘤组织中免疫细胞浸润程度 by 医学僧的科研日记
CIBERSORT是基于线性支持向量回归的原理对免疫细胞亚型的表达矩阵进行去卷积的一个工具，可用RNA-Seq的数据来估计免疫细胞浸润情况。也是目前用于评估肿瘤组织中免疫细胞浸润程度比较常用的方法。
原文发表在2015年的nature method上，
原文链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25822800/
网站也可以直接分析转录数据，得到22中免疫细胞的浸润程度
网站链接：https://cibersort.stanford.edu/
第一部分: 前期文件准备
library(data.table)library(data.table)library(tibble)library(dplyr)library(GEOquery)setwd("设置工作目录")eset <- getGEO(filename = 'GSE103479_series_matrix.txt.gz',getGPL = F)expr <- exprs(eset) #exprs来提取表达矩阵信息，用pData来提取临床信息expr.anather <- read.delim('GSE103479_log2_RMA_annotated.txt.gz',h=T)ann <- expr.anather[,c(1,5)]ann$Gene.Symbol <- sapply(ann$Gene.Symbol,function(x)unlist(strsplit(x,'\\/\\/\\/'))[1])expr2 <- merge(ann,expr,by.x=1,by.y=0)[,-1]expr3 <- expr2%>%group_by(Gene.Symbol)%>%summarise_all(max)%>%filter(!Gene.Symbol%in%c('---',''))%>%column_to_rownames('Gene.Symbol')write.csv(expr3,"data.csv")
第二部分: cibersort分析
setwd("C:\\Users\\19433\\Desktop\\ciborsort\\run")source("CIBERSORT.R")results=CIBERSORT("ref.txt", "data.txt", perm=100, QN=TRUE)my_cibersort<-results[,1:22]colnames(my_cibersort)<-gsub("\\ ","\\_",colnames(my_cibersort))save(my_cibersort,file = "CIBEROSTR.Rdata")write.csv(my_cibersort,file = "CIBERSORT.csv",row.names = T,quote = F)
其中ref.txt文件可以在
https://cibersort.stanford.edu/网站中下载，22种免疫细胞的基因集文件，CIBERSORT.R源代码可以在文末得到。
我们得到了22种免疫细胞在每位结直肠癌该患者组织中的浸润程度的数据，接下来根据自己的分组比较两组免疫细胞浸润程度。
肿瘤中免疫细胞的浸润与临床结果密切相关，因此肿瘤中浸润的免疫细胞有可能作为药物靶点来提高患者的生存率。
回复cibersort得到相关文件
https://mp.weixin.qq.com/s/x3Q7XTWGxO7uPXP2G2hGcg