ixxmu
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8 months ago 热点基因集|antigen processing and presentation machinery抗原处理和呈递 by 学R时习之
分享个小众的基因集，antigen processing and presentation machinery(APM)抗原处理和呈递。
主要包括3个部分：①抗原呈递细胞：包括单核-巨噬细胞、树突状细胞、内皮细胞和B细胞；②MHC I分子途径；③MHC II分子途径。
文章分享1-PMID38240708
本文作者从既往文献中收集整理18个APM基因，通过ssGSEA计算APM Score，WGCNA计算核心模块，获得1665 APM related genes，并根据这1665genes可将样本分为C1和C2。其中186 genes和预后相关，基于186个预后相关基因构建预后模型、免疫预测模型，并在临床样本中验证。
福利：
18个 APM genes在文中直接展示(
B2M, CALR, CANX, ERAP1, ERAP2, HLA-A, HLA-B, HLA-C, PDIA3, PSMB5, PSMB6, PSMB7, PSMB8, PSMB9, PSMB10, TAP1, TAP2,TAPBP)可直接拿来复用。作者向我们展示了如何结合
TISCH2丰富内容。（特别实用）
简单复现下Figure2J-K:
①②③打开TISCH2官网，找到Dataset模块，选中BRCA-GSE176078基因集。
④⑤下方找到Gene模块，在Individual gene exploraton中输入目标基因；然后就看到了见证奇迹的时刻。
Integration of bioinformatics and machine learning strategies identifies APM-related gene signatures to predict clinical outcomes and therapeutic responses for breast cancer patients.(2023.11, PMID: 37839160)
Supplementary Table 1. Histone acetylation modulator proteins.(73 genes.)
文章分享2-PMID36389327
基于18个APM genes，作者进行分子分型，同时构建预后模型，有意思的是作者同时在细胞水平验证目标基因对巨噬细胞的作用。(实验部分非常值得准备做湿实验的小伙伴借鉴/复现)
福利：
18个APM基因在文中的Results中
Figure8作者用
Open Targets Platform、STRING、TISMO和TIDE数据库展示，让文中内容瞬间丰富不少。(Open Targets Ploatform在之前的文献中介绍过)
Antigen Presentation Machinery Signature-Derived CALR Mediates Migration, Polarization of Macrophages in Glioma and Predicts Immunotherapy Response.(2022.03, PMID: 35418980)
文章分享3-PMID37484809
基于既往文献收集整理17个APM基因，构建APMScore，发现APMScore较炎症评分能够很好的预测非小细胞肺癌和黑色素瘤对免疫抑制剂的反应情况。
福利：
17个基因在
Materials and methods中有展示，可直接使用27个炎症相关基因可在
PMID: 31683225的Supplemental Table 1中找到。
Gene signature of antigen processing and presentation machinery predicts response to checkpoint blockade in non-small cell lung cancer (NSCLC) and melanoma.(PMID: 33028693)
碎碎念：
APM-related genes的文献目前还不是很多，这么多肿瘤，还是可以继续再挖掘挖掘哈。
TISCH2用起来，既往不会单细胞测序，同样bi格满满。
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