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9 months ago 保存2023，打开2024|单细胞天地年度推文回顾 by 单细胞天地
1一些思考
2013-2023年度技术十年 | 单细胞的群星闪耀时 细胞互作中的“avoidance ”是什么？ 被忽视的真相 | 细胞亚群内互作 生信分析里面的思路错误和代码错误哪个更可怕 使用单细胞技术发文章不要纠结于样品数量 敢答 | 单细胞生物学路在何方？ 单细胞数据挖掘的内卷时代 单细胞亚群的关键基因背诵不下来肿么办
2python单细胞分析教程
Python 单细胞分析教程（一）：质量控制 单细胞最好的教程（二）：归一化 单细胞最好的教程（三）：特征基因选择 单细胞最好的教程（四）：降维 单细胞测序最好的教程（五）：聚类 单细胞测序最好的教程（六）：细胞类型注释 单细胞测序最好的教程（七）: 数据整合与批次效应校正 单细胞测序最好的教程（八）: 基于marker的自动注释 单细胞测序最好的教程（九）: 发表在Science的细胞注释算法 单细胞测序最好的教程（十）：万能的Transformer与细胞注释 单细胞测序最好的教程（十一）：差异表达基因分析｜或许比pseudobulk更优 单细胞测序最好的教程（十二）：你真的做对了细胞比例分析吗？ 单细胞测序最好的教程（十三）：你真的做对过干预后细胞分析吗？
3单细胞入门笔记
今年暑假一起学单细胞吧（附上游数据下载tips） 一文搞定基本cellranger定量 cellranger定量结果详解 duplicated是重复的reads，那deduplicated又是什么？ 初探单细胞下游 Seurat对象内部结构 上下游，合体！ 跟学单细胞周更(一) 跟学单细胞周更（二） harmony、不harmony，这是个问题 多分组单细胞测序数据第一层次未整合和整合分析对B细胞细分的分群有何影响？ 单细胞DEGs、markers、celltypes | 专辑完结篇 一些辅助划分单细胞亚型的工具
4分析教程
单细胞多组学数据分析最佳实践(2023典藏版) 聊聊改名——哪个更优雅？ 数据分析小技巧 | 提取cellranger质控信息需仔细 标准的单细胞降维聚类分群和命名 单细胞亚群合并和拆分都是一句代码的事情 计算各单细胞亚群比例并且显示在图例 活用PlantPhoneDB构建植物细胞通讯网络 来源于多个物种的单细胞转录组表达量矩阵如何处理 10x单细胞的3个文件如果仅仅是提供了mtx呢 多个10x单细胞转录组每个样品的3个文件如何归纳到同一个文件夹里面 10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析 表达矩阵逆转为10X的标准输出3个文件 初试Seurat的V5版本 使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵 NK细胞的单细胞层面细分亚群 如何比较两次单细胞分群结果呢 纯粹靠单细胞转录组数据是很难区分CD4和CD8阳性T细胞 肿瘤病人的单细胞转录组数据不做整合就能体现出来恶性癌细胞的病人异质性吗 CellphoneDB及可视化 这近100种单细胞亚群的2348个标记基因好用吗 单细胞水平的肿瘤拷贝数分析新方法 为什么绝大部分单细胞转录组教程都是Read10X读取3个文件 单细胞还能拉上转录因子？？？ 哪怕是在Linux服务器也可以解决monocle2的orderCells报错 发表在GB的科研想法我只能写公众号推文 单细胞亚群比例变化和表达量差异分析 CellPhoneDB 更新4.0 版速度更快 CytoTRACE推测细胞分化状态 单细胞转录组高级分析一网打尽 CellChat 细胞通讯分析（预处理） CellChat 细胞通讯分析（可视化） 读取不同格式的单细胞转录组数据及遇到问题的解决办法 处理单细胞转录组下游数据遇到的问题及解决办法 tsne及umap图美化 Featureplot美化 GGplot绘制个性化热图 双坐标分别绘制条形图和折线图 Dotplot美化 Violin plot 美化 Complexheatmap 美化单细胞亚群热图 假如审稿人让你把单细胞数据挖掘代码上传到github 是的，不同版本的cellranger软件对10x技术单细胞定量结果可以相差5倍以上 单细胞数据处理的基因名字转换 单细胞——从降维聚类分群、细胞命名、到批量富集分析，一文打通GSE104154博来霉素小鼠模型单细胞数据 9步骤完成单细胞数据挖掘文章全部图表复现 系统性学习——生信入门正确姿势 单细胞多组学数据分析不会分析 单细胞不同格式数据转换——sceasy包 学徒作业完成！多个单细胞亚群各自差异分析后如何汇总可视化 使用自定义基因集对单细胞数据打分，应该用什么函数或者R包呢？ 100个单细胞转录组数据降维聚类分群图表复现 肿瘤单细胞转录组拷贝数分析结果解读和应用 换一个分析策略会导致文章的全部论点都得推倒重来吗 BD平台单细胞的优点都被你弄丢了 假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念 肿瘤相关成纤维单细胞亚群的iCAF和myCAF迷思 单细胞亚群的命名策略决定了不同的研究很难统一（都是癌症成纤维吗） 癌症研究几百年了难道连疾病进展过程的细胞比例变化都搞不清楚吗 这两个疾病的患者的PBMC跟正常人的在单细胞转录组水平差异很大吗 学正宗的空间单细胞就得跟着10x官网 单细胞空间转录组就只能说做这么一点分析吗 认识Seurat的空间单细胞对象结构 10x的空间单细胞文件格式详解 各种单细胞表达量矩阵和空间信息的导入 空间单细胞转录组数据分析教程当然是看10x官网啊 什么样的单细胞数据分析结果是坚不可摧的呢？ 单细胞水平这样的细胞比例变化可靠吗 如何优雅的修改Seurat流程里面的单细胞样品名字 用V5版本Seurat做单细胞数据文献复现 如何让Seurat_v4和Seurat_v5在R中共存及Seurat_v4转换为Seurat_v5对象 python的scanpy库读取几种常见格式的单细胞数据文件汇总 探索AnnData数据对象，揭开它的 聚类分群如何在保持坐标轴和配色不变的情况下标定特定亚群 内分泌器官胰岛的细分单细胞亚群 多元化Featureplot，总有一款适合你 "读取文件时的""大坑""(python的scanpy库)"
5文献解读
单细胞水平揭示CD8⁺ T-LGLL的免疫组特征 单细胞文献第一站：甲状腺癌 单细胞测序揭示 MDA5+ 皮肌炎的特有适应性免疫特征 史上最大子宫内膜异位症单细胞图谱 单细胞转录组绘制肺癌图谱 scRNA-seq 鉴定上皮卵巢癌复发的启动子 人类食管癌肿瘤微环境细胞亚群细分 单细胞DNA测序揭示肝细胞癌的克隆进化 基于单细胞转录组测序的肝细胞癌预后新模型 单细胞转录组揭示了胰腺癌肿瘤的中性粒细胞可被BHLHE40转录因子驱动 克罗恩肠炎疾病的大型单细胞图谱 单细胞水平揭示慢性血栓栓塞性肺动脉高压的机制 单细胞多组学揭示高浆卵巢癌的分子调控机制 单细胞文献第二站：回肠-肛管袋的免疫细胞 单细胞转录组揭示癌症病痛相关的神经元巨噬细胞亚群 scRNA揭示MYC的 靶向基因MAD2L1与前列腺癌骨转移肿瘤休眠有关 |喉癌| 于是看了篇博士论文P1 |喉癌| 于是看了篇博士论文P2 单细胞测序揭示肝癌免疫微环境和中性粒细胞异质性 单细胞正面临某种危机！ 你想要的单细胞亚群和标记基因这里都有 单细胞图谱细化结直肠癌的分类 人类性腺发育的单细胞图谱 小鼠肝纤维化过程中的肝星状细胞 衰老雌性小鼠下丘脑的单细胞分析 单细胞转录组揭示转移性卵巢癌的化疗耐药性 单细胞测序揭示胰腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞分化动态 常规转录组与单细胞转录组的整合分析揭示了肝癌的细胞异质性与免疫浸润 单细胞多组学揭示肾透明细胞癌中的关键调控机制 癌症的单细胞表观遗传学 单细胞分析揭示动脉粥样硬化内皮细胞的新型表型调节因子 胆管癌并不是发病率靠前的癌症 单细胞水平解析人类杜普征氏掌挛缩病的间充质细胞 采用单细胞转录组分析早期肺癌和肿瘤微环境 髓鞘脱失与再生模型小鼠snRNAseq数据分析 单细胞转录组揭示间充质干细胞的异质性 单细胞转录组测序揭示健康及恶性乳腺中的脂质处理和免疫调节内皮细胞 单细胞转录组和表面蛋白测序帮助识别人脑癫痫病灶中促炎症的信号 单细胞转录组揭示出生后肝脏发育和成熟过程 基于单细胞分析人心衰中炎症和纤维化的相互作用 单细胞转录组揭示静脉畸形和海绵体静脉畸形的细胞异质性和免疫微环境 单细胞转录组揭示局灶节段性肾小球硬化症的炎症特征 单细胞转录组揭示了Semaglutide对肥胖小鼠非心肌细胞的影响 母乳细胞的单细胞测序揭示了哺乳期乳腺变化 单细胞转录组联合脂质代谢提供肺癌的早筛新方法 单细胞转录组揭示了人类新生儿和成人椎间盘的细胞异质性 单细胞转录组揭示系统性红斑狼疮的特定细胞类型的基因表达变化 基于泛癌scRNAseq的T细胞图谱整合分析 单细胞转录组揭示了环境性肠病的上皮和免疫细胞特征 胃癌单细胞图谱揭示细胞谱系、肿瘤微环境和特异性转录组表达模式 浆细胞在膀胱癌中的预后分析 单细胞转录组揭示FAP +成纤维细胞和SPP1 +巨噬细胞在结直肠癌中的相互作用 Bulk和scRNA-seq的综合分析揭示与心力衰竭相关的细胞类型 胎儿视网膜和干细胞来源的视网膜类器官的scATAC-seq发现细胞命运改变过程中的染色质变化 单细胞多组学刻画EGCs特征 单细胞分辨率下鉴定中胚层诱导的 ESC 中的转录组学、调控网络和增强子 糖尿病早期的病人和正常人的肾脏单细胞水平差异 单细胞测序揭示多能干细胞在分化成内皮细胞过程中的转录变化 囊胚滋养外胚层初步分化的单细胞测序：对胚胎植入的新见解 单细胞水平上解析人肝硬化的纤维化生态位 单细胞分析揭示了葡萄膜黑色素瘤新的进化复杂性 心脏在心力衰竭和恢复过程中的单细胞分析 肺癌转移中的再生谱系和免疫介导的修剪 单细胞水平分析红斑狼疮异质性 scRNA揭示了五种人类自身免疫性疾病的免疫细胞异质性 单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了小肠神经内分泌癌患者肝转移瘤特异性的治疗靶点 晚期骨肉瘤中肿瘤内异质性和免疫抑制微环境的单细胞RNA景观 单细胞基因组学揭示平滑肌细胞表型转换过程中的一种新的细胞状态 单细胞RNA测序探究炎症性癌相关成纤维细胞在膀胱尿路上皮癌中的作用 原发性和转移性肝细胞癌多细胞生态系统的单细胞图谱 进展性高级别浆液性卵巢癌核心原型表型的演变 肾细胞癌的单细胞分析 HCC微环境中肿瘤免疫屏障的鉴定及其对免疫治疗效果的决定作用 颈动脉粥样硬化进展的重要标志—脂相关蛋白NECTIN2 单细胞转录组学分析食管鳞状细胞癌生态系统 复发/难治性骨髓瘤骨髓瘤的亚克隆特异性微环境单细胞分析 人类乳腺癌单细胞及空间分辨率图谱 单细胞转录组学揭示未经治疗的骨肉瘤肿瘤微环境的复杂性 单细胞转录和染色质可及性分析重新定义成人肾脏的细胞异质性 宫颈癌中内皮细胞的异质性和转录活性分析 单细胞转录组揭示结肠类器官中的巨噬细胞生发与功能 乳腺癌淋巴结转移的细胞异质性和转录组特征 单细胞结合转录组数据揭示脂质代谢相关基因和细胞免疫浸润在先兆子痫中的作用 应用单细胞测序技术对左侧和右侧结直肠癌进行特征分析 单细胞转录组学揭示了与鼻咽癌预后相关的免疫细胞多样性及免疫亚型的调控因子 人类外周血的多维单细胞分析揭示了衰老和虚弱的免疫系统的特征 牙周炎骨免疫学微环境的单细胞RNA图谱 除了GEO ;还可以去哪里挖掘单细胞数据 单细胞RNA测序揭示胶质瘤相关脑巨噬细胞功能异质性 单细胞RNA测序揭示了转移性肺腺癌的分子和细胞重编程 心肌梗死后心脏成纤维细胞中胶原三螺旋重复序列(CTHRC1)的重要作用 单细胞和空间分析揭示在结直肠癌中FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞的相互作用 外周血单细胞RNA测序揭示阿尔茨海默病的免疫细胞特征 晚期胆道癌微环境中不同免疫群体的单细胞图谱 健康大脑衰老和认知障碍期间的脑脊液免疫失调单细胞数据分析 单细胞RNA测序分析人高级别浆液性卵巢癌的组织结构 异常伤口愈合小鼠模型中单核细胞对异位骨化的调控 高表达TREM2的驻留巨噬细胞通过维持心肌细胞稳态来保护败血症状态下的心脏 单细胞分析支持人类前列腺癌研究中腺泡-神经内分泌的转分化的观点 20种小鼠器官的单细胞转录组学研究构建了一个Tabula Muris 小鼠急性肾损伤AKI模型的单细胞分析 单细胞转录组测序揭示了透明细胞肾细胞癌发展过程中异常激活的肿瘤间细胞信号通路 单细胞RNA测序揭示了人膀胱癌上皮细胞异质性和侵袭性亚群 NK细胞泛癌单细胞图谱 胰腺导管腺癌中两种不同的肿瘤相关巨噬细胞 单细胞水平解析免疫性血小板减少症患者骨髓造血过程中的转录组变化 尤文氏肉瘤和骨肉瘤具有不同的免疫特征和细胞间通讯网络 胶质瘤免疫微环境单细胞分析揭示S100A4可作为一个潜在的免疫治疗靶标
6工具、资讯分享
PRIMUS，一个专门针对肿瘤单细胞转录组数据整合的算法 PRIMUS续集：如何使用BIC确定 k 值 hECA—人类单细胞表达图谱平台 单细胞分析工具--ECAUGT提取hECA数据 IMMUcan—肿瘤微环境单细胞数据库 新鲜出炉的单细胞bioconductor包 空间单细胞多组学技术知多少 这几个单细胞转录组数据分析流程工具差异大吗？ 单细胞分析工具--MAST差异基因分析 单细胞分析工具-scCustomize包改进Seurat可视化 popsicleR——单细胞转录组数据预处理和质控的R包 Seurat v5抢先看 MuSiC包简介—根据scRNAseq预测Bulk细胞组成 一个高质量的手工管理的单细胞注释数据库——singleCellBase SCTK-QC——网页版单细胞数据分析工具 Seurat V5 | 构建单细胞多模态数据整合的统一场论 TIMEDB——肿瘤免疫微环境细胞组成数据库 ImmCluster—用于正常和癌变组织中免疫细胞类型聚类和注释的集成资源 单细胞工具MARVEL—单细胞可变剪切分析(一) 单细胞工具MARVEL—单细胞可变剪切分析(二) cellDancer预测RNA Velocity和单细胞水平的RNA动力学速率 MHA—男性泌尿生殖系统单细胞数据库 单细胞分析工具—scCODA 与scCODE bollito—单细胞转录组的流程化工具 用GPT 注释细胞类型，而不是chat 基于Seurat的单细胞对象使用ShinyCell自动化生成网页 史上最大肺部相关单细胞转录组数据集合辑 史上最强的脑瘤单细胞转录组数据集合 rPanglaoDB—获取PanglaoDB单细胞转录组数据的R包 单细胞多组学技术知多少 单细胞可变剪切技术谁与争锋，SMART-seq2的短读长测序呢还是pacbio或者ont的三代长reads呢？ 癌症单细胞表达量地图更新啦 迄今为止最大的乳腺癌单细胞图谱发布啦 842个单细胞数据集，超5000万个单细胞的数量 单细胞分析工具||COSG鉴定marker基因 细胞类型和细胞状态如何区分？ 癌症相关成纤维的多个单细胞亚群肯定是细胞状态而不是细胞类型 转录组测序数据分析的基础和进阶 单细胞分析工具||ShinyCell交互式展示单细胞数据 我问汤神的第一个单细胞问题，他的问答竟然是_______ Libra：单细胞差异分析算法的全家桶 香港中文大学开发的单细胞分析流程——ScRNAPip 把单细胞技术应用到药物研发需要会这么多高级分析技巧吗？ 我们是 从哪里得到这么多最新单细胞软件工具和研究进展的呢？ 国产单细胞转录组数据分析流程 5000万数量的单细胞工作里程碑 常规单细胞与空间单细胞多组学的技术方法 单细胞数据与语言模型的强强联合——Cell2Sentence 跟着最新综述简单整理了一下宫颈癌相关单细胞转录组文章 一起来翻译整理新鲜出炉的空间单细胞转录组数据处理在线书籍吧！ 诺奖力量 | 单细胞测序释放mRNA疫苗的澎湃潜力 开放获取3TB单细胞数据——CuratedAtlasQuery 从测序数据到单细胞转录组高级分析全流程指南 这种级别的单细胞数据公开了也很难有人使用 8款能在单细胞水平推断药物反应情况的算法软件工具 空间单细胞转录组必读综述之一 空间单细胞转录组必读综述之二（华大基因）
7NC 图表复现
手把手带你复现NC图表之Figure 1 手把手带你复现NC图表之Figure 2 手把手带你复现NC图表之Figure 3 手把手带你复现NC图表之Figure 4 手把手带你复现NC图表之Figure5 手把手带你复现NC图表之Figure6 手把手带你复现NC之Figure7 全套代码和数据的NC单细胞文章图表复现交流群
8端到端的单细胞管道SCP
SCP—为单细胞分析设计的端到端解决方案 端到端的单细胞管道SCP-安装 端到端的单细胞管道SCP-快速开始 端到端的单细胞管道SCP-标准流程 端到端的单细胞管道SCP-细胞质控 端到端的单细胞管道SCP-整合流程
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