ixxmu
commented
8 months ago 思路清奇SCI|E2Fs基因家族-胃癌 by 学R时习之
打通底层逻辑一句话：不论干啥事，身体一定要好。
下面言归正传，分享一篇基因家族-单癌种+实验验证的文章。
1 文章信息
Expression patterns of E2Fs identify tumor microenvironment features in human gastric cancer.(PMID: 38371373)
2 结果解读
Part2.1 E2Fs的表达及突变
首先作者针对E2Fs基因家族的8个成员，分析其基因表达和突变情况，结果表明这8个基因均差异表达。
Part2.2 免疫及预后分析
接下来分析8个基因与免疫细胞的相关性，同时分析其预后价值，结果表明E2Fs基因家族与多种免疫细胞密切相关，且E2F2和E2F8与预后密切相关。
Part2.3 分子分型及临床特征
根据E2Fs家族的表达情况，可将样本分为两个亚型Cluster1-2，且亚型与预后等临床特征密切相关。
Notes:个人感觉Figure3C颜色挺好看。
Part2.4 免疫细胞浸润及基因改变
惊奇的发现作者用的套路竟然是Cluster→geneCluster（之前m6A最火的时候用的套路）。
Part2.5 构建预后模型
根据geneCluster的58个差异基因构建预后模型，并在其他数据集进行验证。
Part2.6 riskScore周边
针对构建的预后模型，进行富集分析、免疫细胞浸润分析，结果表明riskScore与免疫相关通路等密切相关。
Part2.7 药物和免疫反应
riskScore已构建，并得到验证，落到实际应用就是药物反应及免疫反应，接下来作者利用oncoPredict和IMvigor210CoreBiologies分析riskScore与多种药物及与PDL1药物间相关性。
Part2.8 细胞实验验证
最后作者选择E2F2和E2F8探索对细胞侵袭、增殖间的影响，结果表明E2F2、E2F8可调节胃癌细胞的增殖和迁移。
碎碎念：
本文的杂志影响因子虽然不高，但工作量挺大，相当于前几年发在
Molecular Cancer的水平，非常值得借鉴。
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