ixxmu
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8 months ago ggplot2优雅绘制多元素箱线图 by R语言数据分析指南
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❝最近在会员交流群看到大家分享一张图，簇状箱线图+p值；此图属于比较基础的一类图，但是也有不少细节需要调整，本节小编来稍微复现一下，数据为随意构建无实际意义仅供参考，希望对各位观众老爷能有所帮助。「数据代码已经整合上传到会员交流群」，购买过小编VIP的朋友可在所加的会员群内获取下载，有需要的朋友可关注文中介绍加入VIP交流群。
❞
案例图
仿图
绘图思路
❝此图归类于簇状箱线图，图中叠加元素主要有阴影背景条带、p值、显著性条带、图例文本颜色、图例位置等，细节繁多需要调整多个参数
❞
关于永久群内容的说明
❝给予长期支持我们的读者们一个特别待遇：购买小编VIP会员文档的读者，「将自动获得2024年及以后更新的绘图文档代码，无需额外付费」。目前会员文档(2023+2024)「已经更新上传了140+案例文档」，每个案例都附有相应的数据和代码，并配有对应的注释文档，方便大家学习和参考。
❞
加载R包
install.packages("ggplot2")
library(tidyverse)
library(rstatix)
library(GGally)
library(ggtext)
数据清洗
df <- read_tsv("diff_GeneExp.txt") %>%
pivot_longer(-ID) %>%
mutate(type=map_chr(name, ~str_split(.x, "_")[[1]][length(str_split(.x, "_")[[1]])]))
统计分析
df_pvalue <- df %>% group_by(ID) %>%
wilcox_test(value ~type) %>%
adjust_pvalue(p.col = "p", method = "bonferroni") %>%
add_significance(p.col = "p.adj") %>%
select(ID,p.adj)
数据整合
dff <- df %>% left_join(.,df_pvalue,by="ID") %>%
mutate(group=case_when(p.adj < 0.00001 ~ "Upregulated",
TRUE ~ "NS")) %>%
mutate(p.adj=paste("p=",p.adj,sep=""))
数据可视化
dff %>% ggplot(aes(value,ID))+
geom_stripped_rows(odd="grey90",xfrom =-0.5, xto =9.5)+
geom_boxplot(aes(color=type),position = position_dodge(0.5),
width=0.5,outliers = FALSE)+
geom_text(data=dff %>% select(1,p.adj) %>% distinct(),
aes(x=8.2,y=ID,label=p.adj),size=3,color="black")+
scale_x_continuous(limits = c(0,10),breaks = c(2,4,6,8))+
scale_y_discrete(expand =c(0,0.5))+
scale_fill_manual(values =c("Upregulated"="#7294D4","NS"="grey"))+
labs(x=NULL,y=NULL)+
theme_classic()+
theme(plot.margin=unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5),unit="cm"),
legend.justification.top = "left",
legend.text = element_markdown(),
legend.background = element_blank(),
axis.line.x.bottom = element_blank(),
axis.text=element_text(color="black"))
❝本节介绍到此结束，有需要学习数据可视化的朋友欢迎加入小编的VIP会员群，购买小编VIP会员文档的读者，「将自动获得2024年及以后更新的绘图文档代码，无需额外付费」。目前会员文档(2023+2024)「已经更新上传了140+案例文档」，每个案例都附有相应的数据和代码，并配有对应的注释文档，方便大家学习和参考。「有需要者欢迎店铺咨询购买」
❞
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https://mp.weixin.qq.com/s/LJAFYTAfvVKMKrWa85FJTw