ixxmu
commented
3 months ago Haley笔记单细胞部分 by 生信漫漫学
Hayley笔记
Hayley笔记就问还有谁不知道！
之前给大家整理单细胞学习规划，目前完成了四分之一左右hhh
然后准备跟着Hayley笔记把小姐姐整理的单细胞内容学习完，好像是以前咱们马拉松课程的优秀学员！非常优秀！
简书里面有这些文集，大家有需要也可以了解一下，我主要搜罗了一下单细胞的内容。
单细胞测序概念
单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics
CellRanger原理
单细胞数据分析流程和验证实验
单细胞3'文库和5'文库的区别
利用10x Genomics进行大规模CRISPR基因功能筛选
单细胞ATAC-seq原理介绍与报告解读
DNA文库构建和Illumina测序化学原理
CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序
LIBRA-seq：快速开发单克隆抗体的单细胞技术
液滴型单细胞测序技术的比较
CEL-Seq原理
ATACseq和ChIPseq
单细胞分析流程
Seurat重要命令汇总
Seurat绘图函数总结（更新版）
Seurat之细胞周期评分
Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化
Seurat整合scRNA-seq和scATAC-seq
Seurat的打分函数AddMouduleScore
scRNAseq灵活的点图绘制：FlexDotPlot
DoRothEA：scRNAseq转录因子活性预测工具
AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度
SCTransform：单细胞样本的标准化
PCA原理解读和绘制方法
单细胞RunPCA()结果解读+DimHeatmap的用法
DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图
数据降维的算法：PCA，CCA，LDA，ICA和DF的区别
单细胞实战1:两样本合并
单细胞实战2: Seurat+SingleR--从矩阵到细胞类型注释
单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程
多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony
多个单细胞数据集整合方法
单细胞SCENIC分析原理和流程介绍
单细胞CNV分析-copyKAT
单细胞数据处理小细节汇总
基因ID转换方法总结
WGCNA原理和分析流程
单细胞WGCNA分析方法+随机森林
hdWGCNA：单细胞WGCNA分析方法
不同单细胞群之间的相关性分析
ROGUE：计算单细胞数据中细胞群的纯度（异质性）
双细胞去除
scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder
scRNAseq双细胞去除-2: Scrublet
细胞亚群注释
单细胞分析之细胞注释-1：Azimuth
单细胞分析之细胞注释-2：Garnett
非负矩阵分解（NMF）应用于scRNAseq的细胞分群
细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正)
免疫细胞注释-1：T细胞
免疫细胞注释-2：髓系细胞
免疫细胞注释-3：B细胞
干细胞的分类和介绍
TREM2：髓系细胞免疫信号枢纽
趋化因子Chemokines家族
内皮间质转化EndMT
线粒体相关研究
线粒体氧化磷酸化
可视化
单细胞数据分辨率的确定
桑基图：不同分辨率下的细胞分群可视化
人，小鼠，大鼠组织免疫细胞比例
甜甜圈图展示细胞比例
单细胞数据分析中future包的使用
基因相关性的计算
双向条图的绘制（同时展示上调/下调差异基因数）
单细胞亚群差异基因火山图
单细胞密度散点图的绘制
棒棒糖图/哑铃图的绘制
ggplot2绘制单细胞经典火山图
细胞交互
单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB
单细胞分析之细胞交互-2：iTALK
单细胞分析之细胞交互-3：CellChat
单细胞分析之细胞交互-4：NicheNet
单细胞分析之细胞交互-5：NicheNet多组间互作比较
单细胞分析之细胞交互-6：NicheNet使用的常见问题汇总
单细胞分析之细胞交互-7：目标基因集的配体和靶基因活性预测分析
单细胞轨迹分析
单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操
单细胞之轨迹分析-3：monocle3
单细胞之轨迹分析-4：scVelo
单细胞之轨迹分析-5：slingshot
单细胞之轨迹分析-6：velocyto.R+Seurat
单细胞之轨迹分析-7：Seurat+scVelo
单细胞富集分析
基因功能富集方法和基因注释数据库介绍
单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程
单细胞之富集分析-2：批量GSEA和GSVA分析
单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图
单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA
单细胞之富集分析-5：一张图展示多组富集分析结果
单细胞之富集分析-6：PROGENy
单细胞之富集分析-7：Pseudobulk differential expression analysis
单细胞免疫组库
单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法
免疫组库数据分析1-scRepertoire
单细胞系列课程
单细胞系列课程-2 Quality control of scRNAseq data
单细胞系列课程-10 Trajectory inference analysis of scRNA-seq data
loom文件的生成
咱就是说如果这个链接点不了，没关系点击原文，我放了本地的链接！点击阅读原文即可！
https://mp.weixin.qq.com/s/sHd6iz5JenKJV64pbMDxaA