Closed ixxmu closed 4 months ago
hello呀 各位bro and sis,看到这个开场白,你们就知道今天是我来share文献了,我还是我,又练肌肉又学科研的废柴儿科医生。从一个搞笑博主变成正经博主只需要一周一个班,以后例行每周一就是我的班了。
上次我们分享了一个纪念凯瑟琳癌症中心的文章,看起来确实是太复杂了,不愧是国际领先机构(真有钱)。本来是继续share安德森癌症中心的,不过前段时间听说这个单位某些导师pua,我还是算了吧,别share这个了。今天我们share一个2024年的吧:
整合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq构建肝细胞癌干细胞标签,以探索其对患者预后和治疗的影响
看这个文献之前,首先要知道下面的几个背景知识:
知道了这些那我们就好办了,用人话说:这篇文章详细阐述了肝细胞癌(LIHC)的严峻现状和癌症干细胞(CSCs)在肿瘤中的关键作用,特别是在肿瘤的复发、转移和治疗抗性中的作用。
肝细胞癌是全球范围内最常见的肝癌类型之一,是导致癌症相关死亡的第三大原因。尽管有多种治疗选项,如手术、化疗、免疫疗法和肝动脉栓塞,但由于LIHC的高度异质性,其治疗效果有限,很多患者的预后仍然不佳。这种异质性导致肿瘤对现有治疗方法具有不同的响应性,使得治疗成效受限。
癌症干细胞是指在肿瘤中占少数的干细胞样癌细胞,它们具有自我更新和分化为多种细胞类型的能力。CSCs被认为是导致肿瘤复发和转移的主要原因,并能增强肿瘤对治疗的抵抗力。研究显示,CSCs通过多种机制,包括表观遗传调控和细胞信号转导途径的改变,促进肿瘤生长和逃避免疫监视。
尽管CSCs在肿瘤中的重要性已经被认识到,但目前对它们的理解仍有限,特别是在肝细胞癌中,缺乏能够精确描述CSCs特性和功能的基因标记。此外,没有有效的CSCs相关的基因签名来预测肝细胞癌患者的预后或指导其治疗决策。这些问题限制了针对肝细胞癌的个性化医疗策略的发展。
由于肝细胞癌的治疗挑战和CSCs在疾病进程中的关键作用,开发新的诊断和治疗策略变得至关重要。特别是,通过理解和利用CSCs的基因表达特征,可能会开辟新的治疗肝细胞癌的途径,提高治疗的针对性和效果,从而改善患者的预后。
共鉴定了与干性评分(CytoTRACE评分和mRNAsi)相关的4个基因(包括STIP1、H2AFZ、BRIX1和TUBB),并构建了可预测LIHC患者预后的风险模型。据观察,高干细胞主要发生在LIHC的晚期,LIHC患者的总体生存率差也与高mRNAsi评分相关。此外,通路分析证实了两个风险组的生物学独特性。个性化治疗预测表明,低风险患者从免疫治疗中获益更多,而高风险人群可能有利于化疗药物。
建立了一种新的CSC相关基因的预后风险标记,为LIHC的诊断、预后和治疗提供了新的思路。
好了知道了这些知识,那我们开始分析一下具体的图吧:
为了探讨mRNAsi在LIHC中的作用,作者研究了mRNAsi对LIHC患者生存率和LIHC相关临床特征(包括分期和分级)的影响。
为了探索LIHC高风险组和低风险组患者之间肿瘤微环境(TME)的差异,我们首先使用ssGSEA算法评估了28种免疫细胞在风险组中的渗透程度差异。
这篇文章主要研究了肝细胞癌(LIHC)的风险评分系统,并探讨了其与患者的临床特征、免疫细胞浸润、基因表达模式、药物敏感性之间的关系。主要体现在下面的几个方面,当然这篇文章真的套路可以值得所有临床医生学习,因为简单实用:
今天的这个文章真的很有意思,单细胞+WGCNA+KEGG+一些小的通路筛选之类的,这个套路可以用于各种文章,只要你想做。
文章很好,我这个分析只是一个皮毛,原文很值得大家去细细研读,重点的是这个文章的书写的套路可以为我们数据挖掘文章提供一个很好的模版。好了,今天的文献解析就到这吧。如果喜欢这种风格,欢迎各位朋友们点点在看,点点赞。
如果你对单细胞转录组研究感兴趣,但又不知道如何入门,也许你可以关注一下下面的课程
看完记得顺手点个“在看”哦!
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