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刷到了一个2022的巨噬细胞相关的单细胞综述文章:《Macrophage diversity in cancer revisited in the era of single-cell omics》,这篇综述文章深入探讨了肿瘤相关巨噬细胞(Tumor-Associated Macrophages, TAMs)的单细胞亚群,并根据其特征基因、富集通路及潜在功能,将TAMs分为7个不同的亚群。
如下所示:
但是大概率是可以拿到下面的3种:
以及干扰素特异性的,增殖性的,其实 不同单细胞转录组数据集的降维聚类分群其实都会有 热激蛋白的亚群,细胞增殖亚群,干扰素亚群,金属离子酶亚群,线粒体或者核糖体亚群,或者低质量亚群...
我们之前就分享过:【巨噬细胞新分类体系(放弃传统M1和M2)】,一切都是数据结果合理的挑选和解释而已。大家在自己的单细转录组数据降维聚类分群的时候也可以看到CXCL9 and SPP1的排他性,跟前面提到的TREM2联合SPP1去和FOLR2基因的排他性类似的。另外,我们通常是并不会选择提高分辨率这个手段来获取精细的单细胞亚群,而是取巨噬细胞子集后,继续进行降维聚类分群后再命名的策略。参考:取单细胞亚群子集细分的时候一定会出现干扰亚群(所以不要惊慌),,这样的话你就可以看到细胞亚群里面的混杂因素,而且可以手动删除到干扰因素。
之前我在生信技能树视频号直播一个文章的单细胞转录组数据(GSE208706)处理,文章是:《Amphiregulin from regulatory T cells promotes liver fibrosis and insulin resistance in non-alcoholic steatohepatitis》,就是基本的降维聚类分群而已,几分钟就搞定了,里面也有巨噬细胞的细分情况。
https://mp.weixin.qq.com/s/1RtQIbBrrl19iP5vpQYQLA