2024最新代谢组经典客户文章集锦

2024最新代谢组经典客户文章集锦 by SCIPainter

最近，我们为大家分享了很多组学项目文章集锦专题，比如《分享15篇基迪奥合作客户高分转录组文章！》、《硕果累累！2024单细胞高分客户文章集锦》、《单细胞研究进展如何？分享10篇高分综述文章》等等，只需点击标题即可查看。

代谢物位于遗传信息传递的末端，通过代谢组可研究生物体在受到各种内外环境扰动后所做出的最终应答。特别是使用代谢组进行多组学关联分析时，能够与不同的组学相互印证取得更丰富的结果。基迪奥的代谢组服务口碑在线，文章产出更是硕果累累。特别是在“代谢组+转录组”、“代谢组+宏基因组”、“代谢组+单细胞转录组”等联合分析方案的加持下，高分文章更是产出不断！

下面我们分享一些基迪奥代谢组项目文章案例，希望可以给大家提供一些参考。

案例1：代谢组、转录组、DNA甲基化组研究早期运动诱导免疫代谢表观遗传修饰

英文标题：Early-life exercise induces immunometabolic epigenetic modification enhancing anti-inflammatory immunity in middle-aged male mice

发表期刊：Nature Communications

发表时间：2024.04.10

产品服务：代谢组, RNA-seq, 全基因组甲基化测序（BS）

合作单位：中国人民解放军空军军医大学

影响因子：16.6

物种样本：人血清和肝脏

DOI：10.1038/s41467-024-47458-3

运动通常被认为对免疫健康有短期的有益作用。本研究表明，早期有规律的运动对炎症免疫有长期的有益影响。代谢组分析发现细果酸，是对早期定期锻炼做出反应的关键代谢物。细果酸可降低骨髓源性巨噬细胞中的炎症细胞因子，并通过抑制mTOR复合物1信号通路减轻脓毒症。早期运动可以增加肝脏中Crym启动子的组蛋白3赖氨酸4三甲基化，这是一种催化细果酸产生的酶。总之，早期有规律的运动可以通过表观遗传免疫代谢调节增强雄性小鼠在中年阶段的抗炎免疫，其中肝细果酸的产生具有关键作用。

图1. 早期运动训练诱导小鼠循环哌啶酸持续升高

案例2：代谢组、16s分析沼气浆回流通过减轻脂肪酸的积累提高厌氧消化的有机负荷率

英文标题：Biogas slurry reflux enhances the organic loading rate of high-solid anaerobic digestion of kitchen waste by alleviating fatty acids accumulation

发表期刊：Chemical Engineering Journal

发表时间：2024.01.26

产品服务：代谢组，16s

合作单位：中国科学院城市环境研究所

影响因子：15.1

物种样本：细菌

DOI：10.1016/j.cej.2024.149072

为了探讨生物沼渣回流(BSR)对高固体厌氧消化系统有机负荷率(OLR)提升及调节脂肪酸代谢的机制，采集不同OLR阶段的样品进行测序。结果表明，实施BSR可以进一步提高OLR至7.5 g·VS/L·d，且BSR有利于维持系统稳定性和提高甲烷产量。BSR在相同OLR条件下有利于丙酸和丁酸的降解，增强了甲烷产量。BSR促进了丝状产酸菌的富集，从而促进了共氧化产甲烷过程。OLR提升明显改变了细菌和古菌群落结构。BSR有利于丝状产酸菌和甲烷菌的富集，从而促进了脂肪酸降解和甲烷生成。BSR促进了中长链脂肪酸的降解，为甲烷生成提供了基质。BSR调节了与脂肪酸代谢相关酶的相对丰度，促进了脂肪酸代谢。BSR增强了丝状氧化菌的丰度，从而促进了共氧化产甲烷过程。

图2. 脂肪酸代谢和甲烷生成示意图

案例3：多组学分析揭示慢性缺氧条件下黄颡鱼性别特异性肝脏蛋白质代谢网络

英文标题：Multi-omics analysis identifies sex-specific hepatic protein-metabolite networks in yellow catfish (Pelteobagrus fulvidraco) exposed to chronic hypoxia

发表期刊：International Journal of Biological Macromolecules

发表时间：2024.04.25

产品服务：代谢组，RNA-seq

合作单位：南京师范大学

影响因子：8.2

物种样本：黄颡鱼

DOI：10.1016/j.ijbiomac.2024.131892

为了探究黄颡鱼在长期低氧环境下肝组织的性别特异性响应，并从多组学层面分析其潜在的不同响应机制。分别从正常氧和低氧处理组的两个重复水箱中随机收集雌雄黄颡鱼肝脏组织进行转录组、蛋白组、代谢组上机检测。通过Pearson相关分析，确定代谢物与转录组/蛋白质组数据中共同差异表达基因/蛋白对。确定糖酵解/糖异生、类固醇生物合成和HIF-1信号通路在雌雄黄颡鱼肝组织中均受到低氧的影响；原发性胆汁酸生物合成、脂质代谢和卵黄蛋白原水平受到低氧的调节，内质网功能也受到影响；三羧酸循环、氧化磷酸化和与线粒体功能相关的通路在雄性黄颡鱼肝组织中受到低氧的显著影响；性别特异性标记基因/蛋白SLC2A5、CD209、LGMN和NEDD8可能作为雌雄黄颡鱼在长期低氧环境下的性别特异性标记基因/蛋白。

图3. 长期缺氧对雌雄黄颡鱼肝脏代谢的影响

案例4：转录组与代谢组学揭示了青藏高原川贝母对镉毒性的分子反应

英文标题：Physiological, cytological and multi-omics analysis revealed the molecular response of Fritillaria cirrhosa to Cd toxicity in Qinghai-Tibet Plateau

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

发表时间：2024.05.14

产品服务：RNA-seq,代谢组

合作单位：中国中医科学院

影响因子：13.6

物种样本：川贝母

DOI：10.1016/j.jhazmat.2024.134611

本研究采用生理、细胞学和多组学技术，研究了镉胁迫对肝硬化的毒性作用和解毒机制。结果表明，镉对细胞膜和细胞器造成严重损伤，导致显著的氧化损伤，降低光合作用、生物碱和核苷含量以及生物量。综合多组学分析表明，谷胱甘肽代谢和细胞壁生物合成途径共同构成了肝硬化对镉胁迫的解毒机制。本研究为进一步筛选耐镉新品种和制定适当的栽培策略以减轻镉毒性提供了理论依据。

图4. 代谢组学数据的质量控制和DEMs表达的变化

案例5：代谢组和转录组揭示纳米塑料毒性诱导美洲杨的代谢变化

英文标题：Nanoplastic toxicity induces metabolic shifts in Populus × euramericana cv.

发表期刊：Journal of Hazardous Materials

发表时间：2024.03.30

产品服务：RNA-seq,代谢组

合作单位：河北农业大学

影响因子：13.6

物种样本：杨树叶片

DOI：10.1016/j.jhazmat.2024.134148

本研究通过表型、微观解剖、生理、转录组学和代谢组学方法研究纳米塑料毒性。通过UPLC-MS/MS技术，在对照组与各PS-NPs处理组之间共鉴定出318个差异积累代谢物 (DAMs)，其中上调DAMs数量远多于下调DAMs。KEGG富集分析：400NP组 vs. 对照组：DAMs主要与初级代谢过程相关。800NP组 vs. 对照组：上调DAMs主要与次级代谢（尤其是黄酮类生物合成）相关，下调DAMs主要与初级代谢相关。400NP组 vs. 800NP组：上调DAMs主要与次级代谢相关，下调DAMs主要与有机酸及其衍生物相关。三组共有的DAMs：上调DAMs主要与脂肪酸降解和黄酮类生物合成相关，下调DAMs主要与碳固定和氨基酸生物合成相关。

图5. 转录组和代谢组数据的相关性分析

案例6：转录组、代谢组揭示低温胁迫下黑鲷组织生理、转录组和代谢组耐受机制的综合分析

英文标题：Comprehensive analysis of histophysiology, transcriptome and metabolome tolerance mechanisms in black porgy (Acanthopagrus schlegelii) under low temperature stress

发表期刊：Science of The Total Environment

发表时间：2024.04.10

产品服务：RNA-seq,代谢组

合作单位：上海海洋大学

影响因子：9.8

物种样本：黑鲷

DOI：10.1016/j.scitotenv.2024.172318

低温胁迫对鱼类的生长和繁殖产生不利影响，给养殖业造成巨大的经济损失。特别是长江以北地区的黑鲷养殖业长期以来受到低温的严重影响。为探讨黑鲷对低温胁迫的耐受机制，设计了黑鲷耐低温胁迫的实验。分别收集在15℃（CG）、2.8℃（CT）、3.8℃（CS）水温培养下的黑鲷肝脏组织来进行转录组和代谢组检测。DEMs分析结果显示，下调的代谢产物数量高于上调的代谢产物，与转录组的结果一致。代谢组学联合分析显示，CS组个体主要通过脂质代谢和氨基酸代谢为机体提供能量，同时细胞凋亡途径被激活。而CT组的个体主要通过葡萄糖代谢和类固醇激素生物合成为身体提供能量。总之，这些结果为黑鲷适应气候变化和遗传选择提供了分子信息。

图6. 三个对照组的正交偏最小二乘判别分析评分图和载荷图

案例7：代谢组和16S联合分析揭示 Di-(2-ethylhexyl) phthalate对小鼠肠道炎症的AhR/NF-κB通路的影响机制

英文标题：Disrupting the gut microbiota/metabolites axis by Di-(2-ethylhexyl) phthalate drives intestinal inflammation via AhR/NF-κB pathway in mice

发表期刊：Environmental Pollution

发表时间：2024.01.01

产品服务：Meta 16s,代谢组

合作单位：江西农业大学

影响因子：8.9

物种样本：小鼠粪便

DOI：10.1016/j.envpol.2023.123232

DEHP是一种广泛使用的塑料添加剂，已被证明与肠道炎症相关。然而，DEHP对肠道菌群和代谢物之间相互作用的影响以及其通过哪些信号通路介导肠道炎症的机制尚不清楚。16S分析结果显示 DEHP处理导致小鼠肠道菌群的改变，包括丰度和多样性的减少。代谢组分析结果显示DEHP处理引起多种代谢物的异常积累，包括炎症相关代谢物的增加。DEHP显著激活了AhR/NF-κB通路，增加了肠道炎症标志物的表达。抑制AhR/NF-κB通路可以减轻DEHP引起的肠道炎症。

图7. DEHP暴露改变了C57BL/6小鼠的肠道代谢物谱

案例8：代谢组和转录组分析揭示了木瓜具有生物活性的化合物调控网络

英文标题：Widely metabolomic combined with transcriptome analysis to build a bioactive compound regulatory network for the fruit growth cycle in Pseudocydonia sinensis

发表期刊：Food Chemistry

发表时间：2024.05.31

产品服务：RNA-seq,代谢组

合作单位：西北农林科技大学

影响因子：8.8

物种样本：木瓜

DOI：10.1016/j.foodchem.2024.139933

本研究通过转录组和代谢组联合分析揭示了木瓜在整个果实发育过程中生物活性化合物和相关基因的变化。代谢组学分析结果获得不同果实发育过程的主要代谢物变化，转录组学分析鉴定与黄酮类倍半萜类途径有关化合物及其相关基因，以及差异基因与top20差异代谢物的互作网络，筛选出bHLH25可能调节糖和酸、生物碱和倍半萜。

图8. 可溶性糖和不同有机酸及其相关基因的鉴定

案例9：代谢组和转录组研究氮、磷的相互作用对坛紫菜的食物品质调节作用

英文标题：Interactions between nitrogen and phosphorus modulate the food quality of the marine crop Pyropia haitanensis (T. J. Chang & B. F. Zheng) N. Kikuchi & M. Miyata (Porphyra haitanensis)

发表期刊：Food Chemistry

发表时间：2024.03.11

产品服务：RNA-seq,代谢组

合作单位：集美大学

影响因子：8.8

物种样本：坛紫菜

DOI：10.1016/j.foodchem.2024.138973

本研究通过生理和多组学分析，揭示了氮、磷对海檀品质的综合影响。在高氮条件下，色素因氮代谢和卟啉代谢的增加而积累，最终导致菌体呈强烈的颜色。高氮还促进了氨基酸代谢和肌苷5′-单核苷酸(IMP)的合成，抑制了碳水化合物的积累。增加了氨基酸、IMP，降低了琼脂-卡拉胶和纤维素含量，从而提高了营养价值和口感。此外，高磷促进了碳代谢和氨基酸代谢。本研究为阐明氮磷调控海藻品质的机制提供了依据。

图9. 高氮条件下磷有效性对坛紫菜代谢活动的影响

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2024最新代谢组经典客户文章集锦 #5290

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