听说你想画个月亮富集图？

听说你想画个月亮富集图？ by 老俊俊的生信笔记

引言

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尝试一下这个富集分析图形，由两种条件下的富集结果组成，由两个半圆形表示两组数据：

测试

先来个测试数据：

library(ggplot2)
library(org.Hs.eg.db)
library(gggibbous)
library(clusterProfiler)
library(dplyr)

# load test data
data(geneList, package="DOSE")

# check
head(geneList)
# 4312     8318    10874    55143    55388      991
# 4.572613 4.514594 4.418218 4.144075 3.876258 3.677857

然后两波富集分析，注意一定要同时设置 qvalueCutoff = 1 pvalueCutoff = 1 才能获取所有富集结果：

# enrichment for control
ego1 <- enrichGO(gene = names(geneList)[1:500],
                 OrgDb = org.Hs.eg.db,
                 keyType = "ENTREZID",
                 ont = "ALL",
                 qvalueCutoff = 1,
                 pvalueCutoff = 1,
                 readable = T)

# get top 6 terms for visualization
ego1_df <- data.frame(ego1) %>%
  group_by(ONTOLOGY) %>%
  arrange(pvalue) %>%
  slice_head(n = 6) %>%
  mutate(type = "control")

# enrichment for treat
ego2 <- enrichGO(gene = names(geneList)[501:1000],
                 OrgDb = org.Hs.eg.db,
                 keyType = "ENTREZID",
                 ont = "ALL",
                 qvalueCutoff = 1,
                 pvalueCutoff = 1,
                 readable = T)

ego2_df <- data.frame(ego2) %>%
  filter(Description %in% ego1_df$Description) %>%
  mutate(type = "treat")

合并一下结果：

# combine data
cb <- rbind(ego1_df,ego2_df) %>%
  rowwise() %>%
  mutate(fc = eval(parse(text = GeneRatio))/eval(parse(text = BgRatio)),
         side = ifelse(type == "control",TRUE,FALSE))

最后就是画图，学废了吗：

# PLOT
ggplot(cb) +
  geom_moon(aes(x = fc,y = Description,
                ratio = 0.5,
                right = side,
                size = Count,
                fill = type)) +
  facet_wrap(~ONTOLOGY,ncol = 1,
             strip.position = "right") +
  theme_bw() +
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.text = element_text(color = "black"),
        strip.text = element_text(face = "bold",size = rel(1))) +
  scale_fill_manual(values = c("#FF0033","#0066CC")) +
  ylab("") + xlab("Fold Enrichment")

结尾

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路漫漫其修远兮,吾将上下而求索。

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听说你想画个月亮富集图？ #5348

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