ixxmu
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1 month ago 单细胞分析环境配置 by 生信菜鸟团
写在开头
在九月的某一天，登录服务器惊喜的发现服务器上面的R版本也已经更新到4.4.0
然后发现在月初的时候，咱们服务器的管理员，就已经提醒过大家会更新服务器上的R语言版本，并且整理R语言更新之后的帮助文档，整理了一些注意事项
刚开始登录更新完的服务器账号，看到R包还没有很多，还想着说有机会给大家整理一下如何配置服务器的单细胞分析环境。
结果就是拖延症小谢拖拖拖，拖到勤劳的同事把常用的R包都更新完了。。。
甚至贴心的安装好了SeuratData！以及celldex这些配套的包。只能说给咱们的离线管理员点个大大的赞！
关于服务器使用体会
去年的时候就给大家分享过网页版Rstudio安装与使用,那是当时刚开始从我的小破电脑转到服务器开始去分析。
后来熟悉之后，已经可以使用服务器从下载单细胞数据，到跑完全部分析流程了！——基于Rstudio-server下载并分析单细胞数据
服务器一直用的是生信技能树团队的共享服务器——2024的共享服务器交个朋友福利价仍然是800
有专门的服务器管理群以及管理员，会根据用户的需求酌情更新R语言版本以及关键R包的版本，比如我们的服务器里面也很早就在使用V5版本的seurat包！
单细胞分析环境配置
虽然没赶上热乎的服务器环境配置，但是之前更新自己本地电脑的R语言的时候，就整理了一下单细胞分析常用的R包。
如果大家需要配置自己本地的单细胞分析环境的话，可以去批量安装一下这些R包。（如果有遗漏掉，还请大家补充hhh）
#设置镜像
options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#安装BiocManager
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
#批量安装R包
cran_packages <- c('Matrix',
'tibble',
'dplyr',
'stringr',
'ggplot2',
'ggpubr',
"ggrepel",
"ggsci",
"gplots",
'factoextra',
'FactoMineR',
'devtools',
'cowplot',
'patchwork',
"pheatmap",
'basetheme',
'paletteer',
'AnnoProbe',
'ggthemes',
'VennDiagram',
'tinyarray')
Biocductor_packages <- c('ReactomePA',
'COSG',
"Seurat",
'EnhancedVolcano',
"Seurat",
"TENxPBMCData",
"GSEABase",
"GSVA",
"clusterProfiler",
"org.Hs.eg.db",
"UpSetR",
"clustree",
"conos",
"cowplot",
"dorothea",
"entropy",
"future",
"msigdbr",
"pagoda2",
"scRNAseq",
"scRNAstat",
"tidyverse",
"viper",
"progeny",
"preprocessCore",
"enrichplot")
for (pkg in cran_packages){
if (! require(pkg,character.only=T) ) {
install.packages(pkg,ask = F,update = F)
require(pkg,character.only=T)
}
}
for (pkg in Biocductor_packages){
if (! require(pkg,character.only=T) ) {
BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
require(pkg,character.only=T)
}
}
#安装COSG包
remotes::install_github("genecell/COSGR")
#Downloading GitHub repo genecell/COSGR@HEAD
#Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, :
# 无法打开URL'https://api.github.com/repos/genecell/COSGR/tarball/HEAD'
remotes::install_local("./genecell-COSGR-v0.9.0-1-gc8f3f53.tar.gz",upgrade = F,dependencies = T)
#前面的所有提示和报错都先不要管。主要看这里
for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){
require(pkg,character.only=T)
}
#没有任何提示就是成功了，如果有warning xx包不存在，用library检查一下。
#library报错，就单独安装。
COSGR包安装
在批量安装里面，COSG这个用来替代FindAllmarker的包比较特殊一些
因为它是Github上面的包，不一定能顺利下载到本地 调用的时候它的名字是COSG，但是在Github上它是COSGR，所以安装的时候需要输入正确的名字—— remotes::install_github("genecell/COSGR")使用命令下载不成功的话，根据报错信息提供的网址，将R包下载到本地之后，从本地导入即可
R包安装系列
之前就基于生信入门&数据挖掘线上直播课给大家整理了R包安装的系列推文：
大家如果在批量安装单细胞相关的R包遇到问题的时候，可以搜索解决一下。
https://mp.weixin.qq.com/s/sfILJFOo2YxJEajWHLS5hQ