ixxmu
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1 week ago Nature Communications同款 | 桑基图 by 在生信的坑里挖呀挖呀挖
Nature Communications同款 | 桑基图
今天复现发在Nature Communications上的一篇微生物研究文章中的桑基图，也算一类累积柱状图，如下所示。
数据准备
文件test.txt，三列即可。我这3列分别为sample、type、percentage（注意：和脚本里是对应的），对应的是图的x轴、y轴和y轴的绘图数值。
脚本实现
library(ggplot2)library(gtools)library(ggalluvial)#读取数据df <- read.delim("test.txt", header = T, sep = '\t', check.names=F)##转成因子类型，使得图中x轴和y轴的数据都按照我们输入数据的顺序出图df$type = factor(df$type, levels = unique(df$type))df$sample = factor(df$sample, levels = unique(df$sample))##绘图p <- ggplot(as.data.frame(df), aes(x = sample, y = percentage, fill = type, stratum = type, alluvium = type)) +geom_flow(width = 0.5, alpha = 0.3, knot.pos=0, color = 'white') +geom_col(width = 0.5, color = 'white') +scale_y_continuous(expand = c(0, 0)) +scale_fill_manual(values = c("#dbdbdb","#ffe699","#a9d18e","#8faadc")) + #自定义颜色xlab("") + ylab("Explained variation (%)") + #设置x轴标题和y轴标题theme_classic() +theme(axis.text.x = element_text(size = 18), #设置x轴标签字体大小axis.text.y = element_text(size = 18), #设置y轴标签字体大小axis.title.y = element_text(size = 18), #设置x轴标题字体大小legend.text=element_text(size=18), #设置图例标签字体大小legend.title = element_blank(), #不展示图例标题legend.key.spacing.y = unit(20, "pt"), #调整图例标签的间距plot.margin = unit(c(10, 10, 10, 10), "pt") #调整图形到画布边缘的距离)#保存图片ggsave("test.pdf", p, width = 8, height = 5)
有数位小伙伴询问过，我再次说下，我写的那30多篇文献Figure复现的推文都是用R语言绘制的。其实真心希望搞科研的年轻人们，会点R或者Python。现在数据一大把，还是靠自己最靠谱！工具书得有，当然网上课程一堆，只要想学，就能学会！
结果展示
参考文献
文献Figure用R画
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不做生信小迷糊
我曾踏月而来，只因你在山中
https://mp.weixin.qq.com/s/mjW6lJoiIVJaCV3hNizoxA