如何轻松绘制文章所需的不同类型气泡图？

如何轻松绘制文章所需的不同类型气泡图？ by SCIPainter

气泡图（Bubble Charts），数据可视化必备图表之一，通过气泡的位置、大小和颜色，可同步展示多个变量之间的关系。在组学类文章中也应用广泛，如展示特定基因或代谢物在不同生物学功能或通路中的富集情况、展示不同细胞亚群/样本/分组间的表达分布，又或是展示配受体对在不同细胞对间的表达等。

针对不同应用情景，如何高效绘制各类气泡图？推荐OmicShare云工具（引用4500+的交互式在线数据分析可视化工具平台），集成了6大气泡图类工具，无需任何编程基础或软件学习，输入数据即可完成发表级出图，适配所有科研人！

OmicShare云工具官网：

https://www.omicshare.com/tools/

不同气泡图工具，不知如何选择？看下面就知道了！

富集气泡图

富集气泡图工具主要用于KEGG、GO富集分析结果表的可视化。

横轴和纵轴分别代表两个变量，而气泡的大小可以代表第三个变量（如富集基因的数量），气泡的颜色可以代表第四个变量（如富集显著性，即P值或Q值的大小）。

OmicShare富集气泡图工具绘制示例

富集气泡图（支持动态交互）：

https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_enrich_bubble.html

适配的输入数据也跟富集分析结果表相关，对于基迪奥测序客户，可直接使用结题报告中的富集结果文件；其它用户可准备含以下四列绘图所需数据的富集数据：

1）通路名称；

2）（差异基因中）属于这个通路的基因数；

3）所有基因中属于这个通路的基因数；

4）富集分析的P值（或Q值）；

各大参数、配色都可按需自由、反复多次调整：

如果展示top20或更多pathway/go terms时图表显得太高，可以在图片尺寸中增加宽度。

富集差异气泡图

富集差异气泡图同样用于展示富集分析结果，支持GO/KEGG/DO/Reactome富集分析结果。

纵坐标为-log10(Q/Pvalue)，横坐标为up-down normalization值（上调基因数目与下调基因数目的差值占总差异基因的比例）；气泡大小表示当前term（pathway）富集到的目的基因数；黄线代表Q/Pvalue=0.05的阈值；右边为Q/P值前20的term/Pathway列表，不同的颜色代表不同的Ontology/A class。

OmicShare动态富集差异气泡图绘制示例

富集差异气泡图（直接输出图表）：

https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/enrich_diff_bubble

动态富集差异气泡图（支持动态交互）：

https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_enrich_diff_bubble.html

同样，使用动态富集差异气泡图工具，后期参数都支持反复自行调整，如果想让气泡图更加好看，可以在颜色中降低不透明度，显得更加通透。

丰度气泡图

丰度气泡图工具主要用于丰度类数据的多维度可视化，特别是在单细胞研究中应用广泛，如不同细胞亚群/样本/分组间的表达分布，配受体对在不同细胞对间的表达等。

OmicShare动态丰度气泡图绘制示例

丰度气泡图（直接输出图表）：

https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/scatter_bubble

动态丰度气泡图（支持动态交互）：

https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_scatter_bubble.html

使用动态丰度气泡图工具，同样可实现参数的无痛自由调整：

个性化气泡图案例复现

最后，再分享几类文章进阶个性化气泡图案例与复现教程：

1) 多形状分组气泡图（R语言）

原本我们使用的丰度气泡图一般是通过颜色和气泡大小的映射展示两个维度数据，而新型气泡图在原本的基础上可以增加到同时展示3-4个维度数据，如左侧分组颜色条区分RNA和蛋白，用不同形状的气泡区分不同的顺反式调控元件：

《大佬高分文章都在炫的新表达分布气泡图怎么画?四维度数据展示》

2) 热图+差异气泡组合图（OS在线工具）

热图与差异气泡图的组合图表，不仅清晰展现了不同分组中目标基因的表达水平，同时还能直观呈现log2FC和pvalue值：

《如何绘制Nat Commun同款热图+差异气泡组合图表？》

3) 桑基图+气泡图组合（R语言）

常规富集气泡图最多可以展示四个维度的信息，桑基图则常用于展示关联数据间的流动。在气泡图左侧通过添加桑基图，可将每个pathway中count对应的基因（或代谢物等）信息直观展示，从而实现五个维度富集信息的可视化：

《如何绘制桑基气泡组合图？富集结果五维度全新展示！》

好啦，今日分享毕！更多科研干货、绘图技能关注SCIPainter不迷路！

OmicShare是基迪奥生物旗下，以交互式生信工具、原创组学书籍、生信论坛以及视频教程于一体的生信平台，现140000+科研人注册使用，超4500+篇SCI引用。即刻注册，轻松开启NCS绘图之旅！

OmicShare Tools最新方法学文章已发表iMeta：

发表期刊：iMeta

发表时间：202408

影响因子：23.7

如果您在数据处理过程中使用了OmicShare Tools完成了分析，我们期望您在论文发表时，在方法学部分或致谢部分引用或提及OmicShare平台。

引用OmicShare Tools的参考文献为：

Mu, Hongyan, Jianzhou Chen, Wenjie Huang, Gui Huang, Meiying Deng, Shimiao Hong, Peng Ai, Chuan Gao, and Huangkai Zhou. 2024. “OmicShare tools: a Zero‐Code Interactive Online Platform for Biological Data Analysis and Visualization.” iMeta e228. https://doi.org/10.1002/imt2.228

*海量工具使用无门槛：161+工具覆盖99%生命科学期刊发表所需，无需任何编程基础，提交数据即可完成绘图；

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如何轻松绘制文章所需的不同类型气泡图？ #5680

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