ixxmu
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2 weeks ago 热点基因集——B-cell-specific-genes细胞相关基因 by 学R时习之
肿瘤的免疫治疗主要集中在T细胞介导的适应性免疫上。而其他组织成分(尤其是B细胞)作为肿瘤中的丰富组成部分，在肿瘤的激活状态及生物学功能却研究的比较少。因此非常有必要全面分析B细胞等在不同肿瘤中的特定作用，以及它们与其他关键细胞的相互作用。下面学习下这篇B细胞相关基因的分析过程。
Part1. 文章信息
本文基于TISCH2鉴定B细胞相关基因( B-cell-related genes, BRGs)，并对这些基因进行筛选，构建预后模型并进行验证。
B-cell-specific signatures reveal novel immunophenotyping and therapeutic targets for hepatocellular carcinoma.(2024.09, PMID: 39350784)
2 结果解读
技术路线图
Part2.1 BRGs筛选
首先作者在TISCH2数据库探索GSE140228单细胞数据，并针对B细胞亚群进行挖掘。最终获得74上调和171下调BRGs。
Part2.2 BRGs富集分析
随后作者基于TISCH2的GSEA模块针对BRGs进行基因富集分析。
Part2.3 构建预后模型
上面说明BRGs的重要性，下面基于BRGs构建预后模型。
Part2.4 预后模型周边
针对构建的预后模型进行验证，同时分析临床特征、突变情况、功能富集、免疫微环境等。
Part2.5 模型基因分子分型
最后为了突出模型基因的重要性，根据模型基因进行分子分型。共获得3个亚型，且亚型和预后及免疫通路密切相关。
碎碎念：
归根结底，基因集就是一个概念，只要言之合理即可。例如铁死亡、铜死亡、细胞焦亡等等，他们之间有好多重复基因，但是考虑的角度不一样，结果也就有不同的意义。所以大佬们可根据不同的需求、状态等制定个性化的基因集。
在《人民警察》中学到一个新名词
关公战秦琼，听了半天没弄明白。一查才知道原来是讽刺不懂装懂，不切合实际，盲目指挥的人。看来以后还是要多加强文化学习，别吃了没文化的亏。其实是有个歇后语的关公战秦琼——乱了朝代。
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