跟着NC学绘图-R中轻松绘制多组雷达图

跟着NC学绘图-R中轻松绘制多组雷达图 by R语言数据分析指南

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本节分享nature communications论文中的雷达图绘制，论文提供了分析的数据及代码，但是经过测试存在代码报错，应该是R包版本的问题，小编在论文源代码的基础上做了修改后可以正常运行。根据个人对数据的理解来进行绘图与原文有所不同，仅供参考，具体的内容请参考论文。

论文

Prophage-encoded antibiotic resistance genes are enriched in human-impacted environments

论文数据代码

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https://zenodo.org/records/13301199 # transmission risk内含有源数据及源代码

论文原图

复现图

图形解读

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此图使用ggradar2包可轻松绘制，绘制过程非常的简单只要整理好数据即可。与原图相比，未设置分面背景色，此步骤可由ggh4x包完成。此外关于图例的设置也是非常考验基本功，最简便的方法大概单独绘制出图例在添加到图中。

代码部分

library(tidyverse)
#devtools::install_github("xl0418/ggradar2",dependencies=TRUE)
library(ggradar2)
library(ggplot2)
library(gridExtra)
data.Aquatic.organism <- read.delim('Aquatic organism pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.food <- read.delim('food pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.huamn <-read.delim('human pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.Insects <- read.delim('insects pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.animal.husbandry <- read.delim('livertock pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.Plant <- read.delim('plant pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.Seawater <- read.delim('seawater pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.Sediment <- read.delim('sediments pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.soil <- read.delim('Soil pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.Wild.animal <- read.delim('wildlife pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)
data.Surface.water <- read.delim('Fresh water pARG transmission risk.txt',header = T,row.names = 1)


facettest <- bind_rows(data.food,data.animal.husbandry,data.huamn,
          data.soil,data.Sediment,data.Wild.animal,
          data.Surface.water,data.Aquatic.organism,
          data.Insects,data.Seawater,data.Plant) %>% 
  mutate(facet1=c("food prophageARGs","animal.husbandry prophageARGs",
                  "human prophageARGs","soil prophageARGs","Sediment prophageARGs",
                  "Wild.animal prophageARGs","Surface.water prophageARGs",
                  "Aquatic.organism prophageARGs",
                  "Insects prophageARGs","Seawater prophageARGs",
                  "Plant prophageARGs")) %>% 
  mutate(id=c("food","animal.husbandry","human","soil","Sediment",
              "Wild.anima","Surface.water", "Aquatic.organism",
              "Insects","Seawater","Plant")) %>% 
  rownames_to_column(var="name") %>% select(-name) %>% 
  column_to_rownames(var="id")


ggradar2(facettest,multiplots = TRUE,
         base.size=10,
         axis.label.size=3.2,
         grid.label.size =3,
         group.line.width = 0.5,
         gridline.label = seq(0, 100,50),
         stripbackground = TRUE,
         plot.legend=F,
         group.point.size=2,
         background.circle.colour =("#C7E6F0"))+
         # group.colours=c("#78A8C6","#BEBADA","#8DD3C7",
         #                 "#F37D74","#BEE0BE","#F5C2D9",
         #                 "#A0CE3A","#9D9E98","#AA7CB6",
         #                 "#F2E27B","#FCB461"),
         # group.fill.colours=c("#78A8C6","#BEBADA","#8DD3C7",
         #                      "#F37D74","#BEE0BE","#F5C2D9",
         #                      "#A0CE3A","#9D9E98","#AA7CB6",
         #                      "#F2E27B","#FCB461"))+
  theme(strip.text = element_text(color="black",face="bold",size=8))

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