ixxmu
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2 hours ago 热点基因集——exercise运动相关基因 by 学R时习之
大量研究表明运动相关基因(exercise-related genes)在肿瘤生物学过程发挥重要作用，包括调节新陈代谢、免疫反应和细胞应激等。接下来学习下大佬是如何切入并发表文章。
Part1. 文章信息
靶向运动相关基因和胎盘生长因子(PIGF)用于头颈部鳞状细胞癌治疗方案的开发
Targeting exercise-related genes and placental growth factor for therapeutic development in head and neck squamous cell carcinoma.(PMID:39431157)
Notes:
HNSCC, Head and neck squamous cell carcinoma头颈部鳞状细胞癌
exercise-related genes, 作者从GSEA收集整理212个基因。搜索
GSEA可找到4个条目。
Part2. 结果解读
作者收集整理excercise-related genes，与预后相关基因、肿瘤相关基因求交集，共获得7个基因。其中共有6个基因在多个数据集中表达，最终选定PIGF基因进行下一步分析。
Part2.1 运动相关基因筛选及分析
首先作者将运动相关基因、肿瘤相关基因、预后相关基因求交集，对获得的基因进行富集分析，发现ssGSEAscore与预后相关，且PIGF基因在多个数据集中表达优秀。
Part2.2 PIGF表达分析
下面针对PIGF进行表达分析，结果显示PIGF在HNSCC中差异表达。
Part2.3 PIGF临床特征分析
该部分展示PIGF与临床特征的关系，结果表明其与多种临床特征密切相关。
Part2.4 PIGF基因互作
上面分析表面PIGF很重要，该部分展示PIGF的ceRNA网络，及其与CD274的关系。
Part2.5 PIGF预后分析
Part2.6 PIGF富集分析
用GSEA/GSVA富集分析，该部分数据比较密集，咱们富集分析的时候可以借鉴。
Part2.7 PIGF单细胞分析
该部分展示PIGF在单细胞数据集的表达情况，同时还有空间转录组数据。
Part2.8 PIGF功能验证
最后作者在细胞水平验证PIGF的功能。
碎碎念：
作者针对
exercie related genes作为切入点，选定PIGF基因进行单基因分析并验证，非常适合练手学习。
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