Closed ixxmu closed 2 hours ago
大量研究表明运动相关基因(exercise-related genes
)在肿瘤生物学过程发挥重要作用,包括调节新陈代谢、免疫反应和细胞应激等。接下来学习下大佬是如何切入并发表文章。
靶向运动相关基因和胎盘生长因子(PIGF)用于头颈部鳞状细胞癌治疗方案的开发
Targeting exercise-related genes and placental growth factor for therapeutic development in head and neck squamous cell carcinoma.(PMID:39431157)
Notes:
HNSCC, Head and neck squamous cell carcinoma头颈部鳞状细胞癌
exercise-related genes, 作者从GSEA收集整理212个基因。搜索GSEA
可找到4个条目。
作者收集整理excercise-related genes,与预后相关基因、肿瘤相关基因求交集,共获得7个基因。其中共有6个基因在多个数据集中表达,最终选定PIGF基因进行下一步分析。
首先作者将运动相关基因、肿瘤相关基因、预后相关基因求交集,对获得的基因进行富集分析,发现ssGSEAscore与预后相关,且PIGF基因在多个数据集中表达优秀。
下面针对PIGF进行表达分析,结果显示PIGF在HNSCC中差异表达。
该部分展示PIGF与临床特征的关系,结果表明其与多种临床特征密切相关。
上面分析表面PIGF很重要,该部分展示PIGF的ceRNA网络,及其与CD274的关系。
用GSEA/GSVA富集分析,该部分数据比较密集,咱们富集分析的时候可以借鉴。
该部分展示PIGF在单细胞数据集的表达情况,同时还有空间转录组数据。
最后作者在细胞水平验证PIGF的功能。
碎碎念:
作者针对exercie related genes
作为切入点,选定PIGF基因进行单基因分析并验证,非常适合练手学习。
声明:本文仅供交流学习,禁止用于商业用途,如有侵权,请联系删除。️
https://mp.weixin.qq.com/s/5S_M7xZEk36XkrxSx69wXA