ixxmu
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2 weeks ago 热点基因集——neuropeptide神经肽相关基因 by 学R时习之
研究表明神经肽受体与多种恶性肿瘤密切相关，如神经肽Y受体、食欲素受体1型(OX1R)、PTPN11等。下面看看学习下相关生信分析。
Part1. 文章信息
浸润性乳腺癌患者神经肽相关基因的生物信息学分析
Bioinformatic analysis of neuropeptide related genes in patients diagnosed with invasive breast carcinoma.(PMID: 39437604, 2024.10)
neuropeptide related genes, 神经肽相关基因，文中作者共纳入HCRTR1, HCRTR2, PPY, NPY4R, PTPN11进行分析。
Part2. 结果解读
技术路线图
Part2.1 突变分析
在乳腺癌病例中，HCRTR1、HCRTR2、PPY、NPY4R （PPYR1）和PTPN11 基因中共发现 19个核苷酸变化。
Part2.2 生存分析
接下来进行生存分析，包括OS和RFS。
Part2.3 甲基化分析
利用UALCAN分析基因的整体甲基化水平。
Part2.4 基因互作网络
该部分作者利用GeneMania分析基因间的互作关系。
Part2.5 mRNA表达分析
作者同时利用TIMER2.0网站对基因进行mRNA水平分析。
Part2.6 蛋白及细胞表达水平分析
上面分析了基因的mRNA水平，接下来作者HPA分析基因的免疫组化结果和细胞水平表达结果。
Part2.7 免疫浸润分析
考虑到神经肽和免疫关系密切，作者利用TIMER2.0网站展示基因与免疫细胞浸润间的关系。
Part2.8 诊断价值分析
考虑到神经肽基因的重要性，作者利用10折模型展示基因的诊断价值。
Part2.9 基因富集分析
最后作者对神经肽相关基因进行富集分析，结果表明他们与多种肿瘤相关通路密切相关。
碎碎念：
该篇从神经肽相关基因入手，非常新颖， 同样咱们可以利用这些基因进行更进一步的分析，如分子分型，预后模型，单细胞分析等，还是有很大前景的。
周末点的
黑夜南瓜星冰乐，甜的发腻，尝试一次就好，以后还是算了……现在的手机配置都好高，简直完爆电脑，小米15的入门款12G+256G，顶配16G+1T。我的小本本8G+256G，写写东西，看看视频够用的。仔细想想，家用都是够用的，建议遵循如无必要，勿增实体的原则。适合自己的就是最好的，没必要过分追求花里胡哨的参数。
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