为啥我一直找不到做空间基因组测序的啊，看来要借助这种算法推断了

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为啥我一直找不到做空间基因组测序的啊，看来要借助这种算法推断了 by 生信钱同学

一直想做空间层面的全外显子组测序（WES），特别是FFPE样本的。看了很多文章中都是激光捕获显微切割(LCM)来实现，但是问了一圈公司，愣是没有人能做到，后面的微量建库是个难点，大家有没有人知道哪里能实现FFPE样本做LCM的WES的欢迎留言。

今天介绍的是上述挑战的替代技术，既然难实现，那咱们就算法推测。

在《Nature Communications》近期发表的一项研究中，Shafighi等人提出了一种名为“Tumoroscope”的新型概率模型，用于揭示肿瘤的空间和基因组异质性。该模型创新性地结合了病理图像、全外显子组测序（WES）和空间转录组学（ST）数据，能够在接近单细胞的分辨率下准确推断癌症克隆的位置及其基因表达特征。

研究背景显示，肿瘤的异质性在癌症进展和治疗反应中扮演着重要角色。然而，目前现有技术在空间层面上精确定位癌症克隆仍存困难。传统的肿瘤异质性研究多依赖于bulk的DNA测序（如bulk DNA-seq），而这些方法难以捕获肿瘤组织内部的精细空间分布信息。Tumoroscope通过结合空间转录组学与基因突变数据，成功地弥补了这一空白。

在研究中，研究团队首先通过Tumoroscope分析前列腺癌和乳腺癌数据集，发现肿瘤内部不同克隆之间存在显著的共存或互斥模式。例如，在乳腺癌组织样本中，克隆2、4和6在某些区域共存，而克隆4和7则互相排斥。这些空间模式反映了肿瘤的内部组织和演化动态。通过该模型的回归分析，研究团队进一步推断出每个克隆的特定基因表达特征，为癌症克隆的功能性异质性提供了新的见解

该研究中的关键发现包括以下几点：

1. 克隆特异性基因表达：Tumoroscope不仅能够精确推测出不同克隆的分布，还可以识别每个克隆的高度表达基因。例如，在乳腺癌分析中，克隆2、6和7中的MT-CO1和MT-CO3基因高表达，这些基因与肿瘤的侵袭性密切相关。此发现表明，特定克隆可能在肿瘤进展中起着不同的作用

2. 克隆共现与互斥的空间模式：Tumoroscope揭示了肿瘤内部克隆的分布特征。在乳腺癌组织中，进化树中相距较远的克隆（如克隆2和6）经常在相邻区域共存，而克隆4和7则趋向于分布在不同区域。这种分布模式反映了肿瘤组织内的克隆间相互作用，暗示了克隆之间的协同或竞争关系

3. 空间异质性的临床意义：Tumoroscope还可以帮助评估肿瘤组织中基因表达与肿瘤位置的关联性，从而更深入地了解肿瘤进展的空间特征。这种方法可用于识别肿瘤中潜在的高增殖区域以及肿瘤扩散的可能路径，对癌症治疗具有潜在的临床应用价值

想了解生信的，跟班的，可以看下面👇这个文章

单细胞、空转、生信基础手把手教学系列

这次主要强调的是空间组学的学习——空间组学都是学哪些内容？

关键词：单细胞测序，生信分析，生物信息学，空间基因组学

引文，原文

Shafighi, S., Geras, A., Jurzysta, B. et al. Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with Tumoroscope. Nat Commun 15, 9343 (2024).

后苔↩️之前贴子的岸号即可霍得之前的代码，今日关键词：241031