ixxmu
commented
2 hours ago 好物推荐：UKB-RAP平台分析基因组数据 by YuYuFiSH
关于UKBiobank数据库，虽然数据分析起来比较难，但网上还是有很多教程的。学习多几遍，说不定就有思路了。想起去年还能下载数据，现在都统一在RAP平台处理了，多少有点不太方便呀！
网站：
https://github.com/UK-Biobank/UKB-RAP-Notebooks-Genomics/tree/main?tab=readme-ov-file
基因组学预处理工作流
G101 UKB 管道 pVCF 到 PLINK
G102 使用 PLINK 处理SNP
G103 获取 Hail GWAS 参与者数据
基因组学分析工作流
G201 人群结构（PCA）与族群
G202 GWAS 参与者身高
G203 GWAS 高血压
G204 参与者身高的多基因风险评分
G205 高血压的多基因风险评分
G206 从 dbSNP 注释 SNP 并描述本体
G207 变异类型的功能注释
G208 在 Hail 中进行 GWAS
https://mp.weixin.qq.com/s/5SxRH0xVH5cTTn862v-C_Q