DepMap数据库介绍1：更具生物学意义的数据！

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DepMap数据库介绍1：更具生物学意义的数据！ by 生信小课堂

DepMap是一个在功能机制探究和生物信息学分析中极具价值的资源库。原先独立的细胞多组学资源CCLE现已整合进DepMap。该库收录了细胞系的起源资料、多维度组学数据、RNA功能干预（通过RNAi或CRISPR技术）以及细胞对药物反应的敏感度等详细信息。

DepMap 当中主要使用了三个方面的数据：

CCLE数据库 ：可以下载一千多个细胞系的各种信息

Achilles项目：个肿瘤细胞系进行基因组 CRISPR 研究的组织，利用 RNAi和CRISPR-Cas9技术筛选各种基因对肿瘤的必要

PRISM ：一个研究小分子物质对细胞系影响的组织

DepMap的网址是https://depmap.org/portal/。
首页如下

在DepMap数据库的搜索栏中，可以通过输入基因名、细胞系名或药物名来进行查询。例如，如果输入基因名“LDHA”，首先会显示该基因的概览信息。这个概览部分提供了关于该基因的基本信息，包括不同细胞系对它的依赖性评分、基因拷贝数以及在各个细胞系中的表达水平分布等数据。这些信息有助于快速了解基因在不同细胞系中的作用和影响。

在DepMap数据库中，继基因概览信息之后，可以看到基因扰动数据，这些数据通常来源于CRISPR敲除或RNAi干扰实验。在这些数据的图表中，展示了不同癌症类型的细胞系在基因被扰动后的影响分数。这些分数反映了基因对细胞系的重要性：分数越低，意味着该基因对相应细胞系的生存和功能越关键，因此可以认为该细胞系对这一基因的依赖性越高。这样的数据对于理解基因在不同癌症细胞系中的作用及其潜在的治疗靶点价值具有重要意义

在DepMap数据库中，基因扰动数据之后，紧接着的是基因在细胞系中的表达数据。第三部分“Characterization”详细展示了基因在不同组学层面的数据 。这一部分包括了基因在各种组织和部位的表达情况 。在相关图表中，每个点代表一个细胞系，位置越靠左表示基因表达水平较低，而越靠右则表示基因表达水平较高 。这样的数据展示有助于研究者理解基因在不同细胞系中的表达模式，以及这些模式如何与基因的功能和细胞系的特性相关联 。

DepMap数据库的第四部分“Predictability”专注于分析细胞对特定基因扰动的响应，并探索这些响应与多组学数据之间的相关性。在这一节中，通过构建多组学随机森林（RF）模型来预测基因扰动分值，从而揭示不同基因和组学数据之间的相互作用和影响。例如，对于LDHA基因的扰动，模型会展示与LDHA扰动分值相关性最高的基因，并提供这些基因的组学数据和相关性分析。
在这种情况下，发现LDHB基因的表达值与LDHA的扰动分值呈现显著的正相关，这意味着在LDHB表达较低的细胞中，LDHA的扰动分值也较低，表明LDHA的敲除对这些细胞的影响更大。这种相关性分析不仅有助于理解基因之间的相互作用，还可以为未来的研究提供新的课题和方向。通过这种方式，DepMap数据库的“Predictability”部分为研究者提供了一个强大的工具，用于预测和解释基因扰动对细胞系的影响，进而推动对疾病机制的深入理解和新疗法的开发。

除此之外，搜索栏还可以搜索药品的名称，也可以去看药物和基因分子的相关性，还可以把数据库中的数据统统下载下来为我们所用，潜力无限！

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