公众号文章目录

[ixxmu]

https://mp.weixin.qq.com/s/bQ9wYUED3FEqualUKIZwmQ

[github-actions[bot]]

公众号文章目录 by 生物信息云

TCGA | GEO | 文献阅读 | 数据库 | 理论知识

R语言 | Bioconductor | 服务器与Linux

---

---

为了更好的阅读历史文章，我将重要的文章弄成了目录分享给大家，由于公众号文章是不断更新的，这个目录我会不定期更新，如果想收藏实时更新的目录，看文末阅读原文。以后每发一篇文章，就会添加到文末的语雀的知识库中。

一.科研工具

生物医学领域科研工作者的软件和工具清单-3.0版本

科研大牛都是这样使用PubMed的，你确定你会用吗？

Word天，这样操作可以让Sci-hub如影随形！

科研软件和在线工具使用教程：Endnote详细使用教程

科研软件和在线工具使用教程：GraphPad Prism 7 作图教程

一个论文写作语法更正的小工具grammarly，分享给大家 

二.生物基础知识

医学科研实验基础知识笔记（一）：细胞增殖

医学科研实验基础知识笔记（二）：细胞凋亡

医学科研实验基础知识笔记（三）：细胞周期

医学科研实验基础知识笔记（四）：细胞自噬

医学科研实验基础知识笔记（五）：血管新生

医学科研实验基础知识笔记（六）：细胞衰老

医学科研实验基础知识笔记（七）：肿瘤耐药

医学科研实验基础知识笔记（八）：磷酸化

医学科研实验基础知识笔记（九）：泛素化

医学科研实验基础知识笔记（十）：甲基化

医学科研实验基础知识笔记（十一）:非编码RNA

医学科研实验基础知识笔记（十二）：快速认识各种经典的细胞信号通路

三.R语言学习

第01章：R语言简介

第02章：R语言安装和下载

第02章：RStudio的使用教程

第03章：R中的数据

（1）：从存储角度划分

（2）：从结构角度划分(向量）

（3）：从结构角度划分(矩阵）

（4）：从结构角度划分(数组）

（5）：从结构角度划分(数据框）

（6）：从结构角度划分(列表）

（7）：从结构角度划分(因子）

（8）：数据之间的转换

第04章：字符串操作与正则表达式

第05章：判断语句

第06章：循环语句

第07章：操作系统文件

第08章：数据的输入与输出

第09章：数据的预处理与重构(1)

       数据的预处理与重构(2)

       数据的预处理与重构(3)

第10章：函数

第11章：R中的网络爬虫

第12章：面向对象编程(S3类与S4类）

---

更多R语言学习，阅读文章：R语言基础入门视频教程

四.生信基础知识

生物信息学入门必须了解的名词 

生物信息学初识篇——第一章：生物数据库

生物信息学初识篇——第二章：序列比对（1）

生物信息学初识篇——第二章：序列比对（2）

生物信息学初识篇——第二章：序列比对（3）

生物信息学初识篇——第二章：序列比对（4）

生物信息学初识篇——第二章：序列比对（5）

生物信息学初识篇——第三章：分子进化与系统发生

生物信息学初识篇——第四章:蛋白质结构分析和预测(1)

生物信息学初识篇——第四章:蛋白质结构分析和预测(2)

生物信息学初识篇——第四章:蛋白质结构分析和预测(3)

illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理

生信中常见的数据文件格式

常用生物信息 ID的介绍 

生信中各种ID转换 

RNA-seq的counts,RPM, RPKM, FPK值到底有什么区别？

RNA-Seq的Counts和FPKM数据如何转换成TPM？

超详细的DESeq2和edgeR包的基本原理和实战案例 

五.生信相关数据库

【收藏】生物信息学相关网站  

【收藏】生物数据库大合集

【收藏】23个circRNA数据库网址

基础科研不得不了解的实用数据库！

蛋白质互作数据库汇总

48个实用的生信在线工具强烈推荐，不看是你的损失！ 

生物数据库那么多，你知道几个？这个工具可以让你找到想要的数据库

六.生信在线分析工具

eFORGE v2.0：一个表观遗传研究的在线分析工具

生物信息学数据库使用教程：cBioPortal数据库使用教程 

这个网站提供了多种数据分析工具——增强子，非编码RNA转录信息等

肿瘤，药物，突变领域研究者的福音——HotSpot3D:一个用于蛋白质3D结构突变分析的工具 

不用编程，这个工具除了帮你绘制漂亮的图还提供Python和R代码以及统计分析

FunRich数据库：一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具 

不会编程的同学看过来：新的GEO数据在线分析工具——BART

alona：一个用于单细胞RNA-seq分析的web工具

UCSC数据库下载TCGA数据需要注意的细节

癌症研究不知道做什么？来关注这个数据库，或许可以给你一些思路

七.TCGA数据挖掘专题

R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据

TCGA数据挖掘（一）：TCGAbiolinks包介绍

TCGA数据挖掘（二）：数据下载与整理

TCGA数据挖掘（三）：表达差异分析

TCGA数据挖掘（四）：表达差异分析（2）

TCGA数据挖掘（四）：表达差异分析（3）

TCGA数据挖掘（五）：miRNA差异分析

TCGA数据挖掘(六):WGCNA（加权基因共表达网络分析）

TCGAbiolinks包下载TCGA数据进行表达差异分析-乳腺癌案例

TCGA数据库：GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析 

TCGA数据库：SNP数据的下载整理及其可视化 

TCGA数据库：临床数据下载与整理 

TCGA数据库：RNA-Seq数据的下载与处理 

TCGA数据库：ATAC-Seq数据的下载整理及其可视化 

TCGA数据库：miRNA数据下载与整理 

TCGA数据库33个Project的RNA-Seq转录组数据为你整理打包好了

一文就会TCGA数据库基因表达差异分析

TCGA数据库：生存分析 

肿瘤免疫细胞浸润与临床相关性分析 

一个R脚本解决某类功能基因(比如m6A甲基化)临床预后模型分析流程 

基因表达谱热图绘制 

GraphPad Prism绘制生存曲线和R语言批量绘制生存曲线

一文解决TCGA数据库临床数据下载与整理 

八.基因芯片与GEO数据库专题

基因芯片数据挖掘分析表达差异基因

GEO数据库使用教程及在线数据分析工具

基因芯片数据分析（一）：芯片数据初探

基因芯片数据分析（二）：读取芯片数据 

基因芯片数据分析（三）：数据质控 

基因芯片数据分析（四）：获取差异表达基因 

Bioconductor：GEOquery包 

GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析 

九.基础生信分析

clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析 

为什么选择GSEA分析？和KEGG和GO分析有什么区别？ 

NMF(非负矩阵分解)的算法原理

基于R语言利用NMF(非负矩阵分解)替代层次聚类进行肿瘤分型

R语言CMplot包绘制曼哈顿图

R语言Circlize包绘制和弦图

十.基于Linux系统的生信分析

Linux系统下Anaconda的安装和使用教程  

腾讯CentOS云服务器挂载云硬盘与硬盘分区

CentOS 7系统服务器搭建R和Rstudio运行环境

十一.文献阅读

医学生信文献第0期:零代码发了一篇5分纯生信的文章，值得借鉴学习

医学生信文献第1期：ER阳性乳腺癌患者中LLGL2通过促进亮氨酸摄取来缓解营养压力 

医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境

医学生物信息学文献第3期（综述）：PD-L1调节在癌症免疫治疗中的生化作用 

医学生物信息学文献第4期：挖掘TCGA数据库中对胶质母细胞瘤微环境预后有价值的基因 

医学生物信息学文献第5期：非小细胞肺癌靶向治疗应答的早期无创检测

医学生物信息学文献第6期：CXCR3趋化因子系统在肿瘤内的活性是抗PD-1治 疗有效性的必要条件 

医学生物信息学文献第7期-与侵袭性甲状腺癌进展相关的基因组和转录组特征综合分析 

医学生物信息学文献第8期：RAS P21蛋白激活因子3通过抑制Th2细胞偏向性程序特异性促进致病性Th17细胞的生成 

医学生物信息学文献第9期：mTOR信号和细胞代谢是癌症的共同决定因素

医学生信文献第10期：一篇肿瘤领域入门必读综述——新一代癌症标志物

Nature子刊|复旦大学肿瘤医院雷群英团队发现支链氨基酸分解代谢在胰腺导管癌发生发展中的新机制 

Cell：机器学习将如何改变生物医学 

Nature|癌症基因组学如何改变诊断和治疗 

靶向细胞代谢治疗癌症的前景和风险 

基因编辑新技术——忘记单个基因：CRISPR现在能切割和拼接整个染色体

十二.湿实验

研究Protein，这些技术不得不看

一文解决Western Blotting实验所有问题

基因克隆有这篇文章就够了

TRlzol法提取组织或细胞RNA

免疫组化实验

反转录PCR

基因过表达——融合基因过表达

史上最全生物学实验技术大全免费下载

实时更新版，可以扫描下面二维码收藏

---

---

---