韦恩图工具大比拼

韦恩图工具大比拼 by 生信人

五一小长假快到了，要不要去人挤人呢？洱海的浪花已经在脑海里炸开了，西湖畔的许仙。。。额，不对，还没放假！定心把今天的分享文章看完就可以放假啦！

今天跟大家介绍一篇工具类文章，题为“Venn diagrams in bioinformatics”的Briefings in bioinformatics (IF: 8.9)杂志文章，一篇将几乎所有韦恩图工具一网打进的测评文章（包括32个能绘制韦恩图的工具），看了这篇文章，再也不担心用什么工具画韦恩图了。

摘要

韦恩图是广泛用于图形化描述多个数据集之间的交集，并集和差异的图形，目前已经开发了大量的程序来生成文氏图，但是没有研究对这些工具进行比较和评述。该研究收集了32个文氏图生成器（即，仅用文氏图用于可视化几个数据集之间的关系）和13个维恩图应用程序工具（即，输入生物数据在文氏图中进行可视化）并比较功能如下：生成高质量图表的能力；每个程序能处理的最大数据集；输入数据格式；输出图片样式和导出图像的格式。还根据图形布局来评估文氏图生成器的图片美化参数，并简要概述了最流行的文氏图应用工具的功能特性。最后，该论文还讨论了文氏图应用程序工具所面临的挑战，并对文氏图在生物信息学中的应用提供了新视角。目标是协助用户选择合适的工具来分析和可视化他们自定义的数据集。

韦恩图生成器

从这张图我们可以看出韦恩图可以分为6种：（1）经典韦恩图；（2）欧拉图；（3）爱德华兹韦恩图；（5）其它韦恩图；（4）聚合和矩阵技术图；（6）其它技术图。该图包括了几乎所有能画韦恩图的工具，交集代表这些工具能画好几种图形。六种图形如下：

（1）经典韦恩图

（2）爱德华兹韦恩图

（3）欧拉图

（4）其它样式韦恩图

（5）聚合和矩阵技术图

（6）其它技术图

韦恩图应用工具

此外，作者还统计了韦恩图应用工具，比如说：直接输入多个基因列表，就能展示每个列表基因的互作关系，并用韦恩图展示核心基因或网络；输入多个物种的蛋白序列就能直接用韦恩图展示不同物种间的直系同源簇；或者输入其它格式的生物数据，后台运行可视化在文氏图中，具体如下表：

好了，不多说了，直接上重点…

文章总结如下：用在线版的网页版工具EVenn（http://www.ehbio.com/test/venn/#/）能画各种各样的韦恩图（亲测，确实很好用，很齐全）。用InteractiVenn (网页版工具)，VennDiagram (R包 )和VennDIS (本地界面工具)工具画2–5个数据集的经典文氏图。用jvenn (网页版工具)和VennPainter (本地界面工具)可以分别画2–6和2–8个数据集的韦恩图。欧拉图用nVenn和VennDiagramWeb (网页版工具)工具绘制。用工具UpSetR（R包）绘制2-30个数据集的矩阵和聚合图形。

再啰嗦一两句，小编很好奇为啥那种经典的韦恩图不能画很多个数据集？如作者文中所述，n个数据集就有2n−1个共有或特有的子集区域需要布局，相当于10个数据集就有1023个子集区域要展示，原本如此，太复杂了。因此，推荐画2-6个数据集用经典文氏图，超过6个就用矩阵和聚合技术图吧。

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韦恩图工具大比拼 #815

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