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jcchan23 / SAIL

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老哥是用dca.m生成.di文件的吗 #2

Closed kekehatui closed 2 years ago

kekehatui commented 2 years ago

得到的是哪种di文件呢 1646791533(1) 1646791551(1)

jcchan23 commented 2 years ago

第二种

kekehatui commented 2 years ago

老哥用的是这个版本的dca.m吗，没看着有版本号👀 1646792472(1)

jcchan23 commented 2 years ago

没看着这个，当时我用的是SPOT-Contact软件去生成Predicted Contact Map，但是它的前置输入有太多个了，所以我是把它全部剥离出来然后并行生成所需特征，最后再一并输入到SPOT-Contact当中，所以我直接用的是它给的二进制可执行文件。

kekehatui commented 2 years ago

用的SPOT-Contact包里自带了CCMpred和DCA吗，老哥并行生成得怎么操作呢 1646793316(1)

jcchan23 commented 2 years ago

CCMpred和DCA的输入是由前面HH-Suite3软件附带生成的a3m文件，然后DCA是用里面的main可执行脚本，CCMpred使用bin下的CCMpred可执行脚本，我记得Spot-Contact里面有一个run.sh有命令说明怎么调用DCA和CCMpred。再然后把这些命令单独抽离出来，利用bash写多进程运行这些命令就好，直接上网查就行，比如可以用bash创建管道，再申请多个进程。

jcchan23 commented 2 years ago

就如果你不是执着于一定要用SPOT-Contact生成Predicted Contact Map的话，我推荐你先生成前面3个特征，即PSSM，HMM和SPIDER3，然后邻接矩阵直接输入一个对角矩阵+2阶副对角矩阵（即paper里提到的α=0的邻接矩阵），先测试下这样子的输入在你的数据集上的效果，再考虑Predicted Contact Map，后者只是能够做到一点性能提升，但却需要耗费大量的计算时间去生成di,mat和spotcon特征。

kekehatui commented 2 years ago

好的好的感谢感谢，我先做起来