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biomaRt : ortholog. Bug avec le cache... #4

Open ZheFrench opened 2 years ago

ZheFrench commented 2 years ago

Ca c'est pour moi.... Ca marchait très bien jusqu'à hier soir 22H evidement.

ensembl <- useEnsembl(biomart = "ensembl") Je reproduis la même erreur avec ça :

biomartCacheInfo()

Marche sur mon linux avec 4.1.3, a marché sur la 4.03 ac linux de souvenir...

Erreur dans lock(.sql_lock_path(dbfile)) : 
  Cannot lock file: '/home/villemin/.cache/biomaRt/BiocFileCache.sqlite.LOCK': Aucun verrou disponible
Erreur dans h(simpleError(msg, call)) : 
  erreur d'�valuation de l'argument 'conn' lors de la s�lection d'une m�thode pour la fonction 'dbDisconnect' : objet 'info' introuvable

Ca vient de la. https://rdrr.io/github/Bioconductor/BiocFileCache/src/R/sql.R

ZheFrench commented 2 years ago

Ok ça ce base sur une fonction lock de filelock:

File locking needs support from the file system, and some non-standard file systems do not support it. For example on network file systems like NFS or CIFS, user mode file systems like sshfs or ftpfs, etc., support might vary. Recent Linux versions and recent NFS versions (from version 3) do support file locking, if enabled.

nfsstat -m

/data from bioinfo.ircm.local:/data
 Flags: rw,relatime,vers=3,rsize=1048576,wsize=1048576,namlen=255,hard,proto=tcp,timeo=900,retrans=5,sec=sys,mountaddr=10.34.37.18,mountvers=3,mountport=38243,mountproto=udp,local_lock=none,addr=10.34.37.18

local_lock=none

Ok ça marchera pas sur le serveur à cause de cette conf. arf.

ZheFrench commented 2 years ago

Ca devrait marcher si tu lui dis ou foutre le cache. Si tu fous sur data2 qui est une partition ext4 ca marche. Ca deconnera sur tout ce qui shared nfs.

Sys.setenv(BIOMART_CACHE="/data2/biomart_cache") 
biomartCacheInfo()
biomaRt cache uninitialized
Location: /data2/biomart_cache