Human ageing genomic resources (HAGR, meta-database)

[jehoons]

paper에서 노화표현형을 어떻게 정의하였고 무엇을 노화에 의한 변화로 생각하는지를 살펴볼 필요가 있다. HAGR 응용사례 또한 언급되어있음.

좋아 보임

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• [x] 관련응용사례 살펴보기
• [ ] 데이터베이스테스트
• [ ] 응용방안 생각해보기

[ghost]

Step 1. 논문 내용정리

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Abstract

• Human Ageing Genomic Resources(HAGR) : 다양한 생명체의 노화현상과 관련된 genomic database, research tool들을 모아둔 meta-database
• 2004년에 launching, 1st data release
• 2013년 1월 현재, 크게 3가지 database가 존재 (1) GenAge : genomic database, human과 model organism들의 ageing-related gene을 정리함 (2) AnAge : non-genomic database, 4000종 이상 동물들의 장수에 관련된 기록, 표현형 특징 등을 정리함 (3) GenDR : Dietary-restriction(DR) related gene을 정리함
• 노화관련 연구분야에서는 가장 신뢰받는 데이터베이스 : especially in genetic & evolutionary studies of longevity and ageing
• 본 논문에서는 3가지 주요 데이터베이스의 발전상과, 주요 업데이트 사항에 대해 설명하였음

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More details

1. GenAge database

• 목적 : providing high-quality curated gene-centric information, which is relevant to human aging
• 2013년 1월 현재 3개의 section으로 나누어질 수 있음 (1) Ageing-associated genes of human : 인간의 노화에 직접적으로 관여하거나, 관여할 것으로 생각되는 288개의 gene set을 제공 (2) Ageing-associated genes of model organisms : 효모부터 생쥐에 이르기까지, 어떤 genetic perturbation이 lifespan에 영향을 주는지를 조사함 : 1700개 가량의 gene set을 제공, homolog gene 포함 (3) Microarray results during mammalian ageing process : 노화 과정에서 expression이 변화하는(증가/감소) gene set들에 대한 정보를 제공

2. AnAge database

• 목적 : 다양한 생물종들의 장수에 관련된 non-genetic data를 수집하여 제공
• 4000종 이상의 척추동물들, 특히 포유류에 대한 데이터를 위주로 정리됨 : ageing-related observation, longevity records, developmental, reproductive traits, etc.
• 척추동물들이 아니긴 하지만, 앞으로는 model organism에 대한 데이터도 추가할 예정 : ageing phenotype, age-related changes and pathologies 정보를 정의하여 반영할 계획

3. GenDR database

• 목적 : the first database of DR-associated genes
• DR이 어떻게 수명을 연장시키는지에 대한 정확한 메커니즘은 아직 모르지만, 정리해 보았음 (DR network 연구사례 참고 → http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.1002834)
• DR-essential gene에 대한 연구논문들을 complie하여 정리하였고, 이를 바탕으로 GenDR을 구성함
• 2013년 1월 현재 158개의 DR-essential gene + 173개의 potential DR gene 정보를 제공

4. Miscellaneous information

• Informational repository of ageing science, "Senesence.info" : http://www.senescence.info
• Providing information of ageing researchers and companies, "Who's Who in Gerontology" : http://whoswho.senescnece.info
• Software programs for data analysis : http://genomics.senescence.info/software/

[ghost]

Step 2. HAGR에서 파생된 응용사례들 조사

1. NetAge database : http://netage-project.org, http://dx.doi.org/10.1007/s10522-010-9265-8
2. GenAge data hosting by JenaLib : macro-biomolecule database, http://jenalib.leibniz-fli.de/ : hosted by Leibniz Institute for Age Research (FLI, http://www.leibniz-fli.de/)
3. Biology of Ageing portal : http://biologyofaging.org
4. Comparative Cellular and Molecular Biology of Longevity Database : http://genomics.brocku.ca/ccmbl/, http://dx.doi.org/10.1007/s11357-012-9458-y
5. Mitoage database : http://www.mitoage.info/, https://doi.org/10.1093/nar/gkv1187

[ghost]

HAGR is also highlighted in

• Science (307:187)
• Nature Reviews Genetics (5:1362)
• BioTechniques (39:21)

HAGR's scientific strategies in

• http://genomics.senescence.info/science.html

[ghost]

본 논문이 인용하고 있는, 34개의 reference들을 간략하게 살펴보는것도 도움이 될 것으로 생각합니다.

[ghost]

Scientific strategy of HAGR.pdf

[jehoons]

최근의 동향을 보면 노화가 진화의 산물이거나 부산물로써 보고, 비교생물학적 방법을 통해서 노화와 관련한 생체의 하위구조(또는 메커니즘)을 식별하려는 것 같구나.

On 15 February 2017 at 08:14, urkang notifications@github.com wrote:

Scientific strategy of HAGR.pdf https://github.com/jehoons/sbie_aging/files/775547/Scientific.strategy.of.HAGR.pdf

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/jehoons/sbie_aging/issues/4#issuecomment-279867320, or mute the thread https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AKRcOWvs2H7zln8Ea42e4RL3RzCPG5HSks5rcjVmgaJpZM4L4_1M .