gene perturbation atlas 사이트 자료

[sugyun]

http://biocc.hrbmu.edu.cn/GPA/BrowseListAction https://www.nature.com/articles/srep10889

[sugyun]

사용 가능한 데이터와 cell line mouse

• skin
• Backskin
• mouse back skin
• dorsal skin
• whole skin excised from back
• primary skin cells
• dermal fibroblasts
• dermis
• embryonic fibroblast
• embryonic fibroblasts
• mouse embryonic fibroblast cells
• mouse embryo fibroblasts
• mouse embryonic fibroblast
• mouse embryonic fibroblasts
• cell type: Mouse embryonic fibroblasts (MEFs)
• fibroblast
• fibroblasts
• 3T3-L1 fibroblasts
• CH10T1/2 fibroblast cell line

Human

• A375: skin, malignant melanoma
• HaCaT: skin, normal epithelial keratinocyte (A673: muscle, Ewing's Sarcoma)

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• 여기서 low data는 control과 test sample의 RNA seq count data이고 (다운로드 가능)
• fold change 및 p, q value도 같이 제공해주고 있다. (다운로드 가능)
• 여기서는 log2 fold change가 2 이상이면 DEG로 정의하고 있다 (다운로드 가능)
• 이렇게 정의된 DEG의 GO, KEGG pathway enrichment test도 웹사이트에서 실시할 수 있다.
• 또한 DEG 간의 shortest path를 이용하여 subnetwork도 제공하고 (Mentha Database 기반)
• 비슷한 효과를 내는 perturbed gene도 알려준다. (pearson correlation test)

[sugyun]

데이터 정리가 필요함 필요한 cell line의 필요한 gene에 대해서

1. perturbed gene
2. GP manner
3. cell type
4. DEG by up & down rank

• 주의: 같은 context에서 perturbation에 대해서 다른 DEG를 나타내는 중복 실험들이 있음...
• 주의: 각 control과 test sample들의 값의 variance가 너무 큼. (avg의 log2FC를 비교하는 것이 타당한지...)

[sugyun]

browse -> matrix를 이용하면 다양한 cell line과 다양한 perturbed gene에 대해 볼 수 있음