8/14 meeting

[jehoons]

우리는 아모레 실험데이터를 가공하여 PKN을 구축하는 방법 및 절차들을 논의하였다. 논의 결과, 우리는 다음과 같이 두개의 단계를 통해서 PKN이 구축될 수 있을 것으로 생각된다.

단계1. 수범네트워크 필터링

수범네트워크란 기존에 수범이가 수작업으로 구축한 네트워크를 의미한다. 단계1에서는 수범네트워크의 노드들이 실제로 실험을 통해서 관찰되는 노화관련 중요노드인지를 확인한다. 확인방법은 개별 노드들의 실험데이터를 직접 확인하는 방법(method1)이며, 다음과 같이 몇개의 단계로 구성된다.

• 노드별 transient time range를 눈으로 확인하고, 이로부터 steady state에 도달하는 시간대를 임의로 설정하기
• steady state 시점을 기준으로 컨디션별 차이가 나는 유전자들을 선별하기

이때, 결정한 방식은 잘 정의되어야 있어야하고, 후에 재현할 수 있도록 기록해야 함. (method1)은 다음과 같은 과정들을 포함할 수 있다.

단계1을 수행하여 수범네트워크Rev1을 생성한다.

단계2. 수범네트워크Rev1 업데이트

단계2에서는 단계1보다 자동화된, 규칙기반의 방식을 이용하여 중요 단백질이 무엇인지 결정한다. 자동화된, 규칙기반의 방식을 (method2)라고 한다.

a. method2를 통해서 deg중에서 <수범네트워크Rev1>에 포함되지 않은 것이 있다면 포함한다. b. 모든 <수범네트워크Rev1> 노드들을 (method2)를 통해서 다시 한번 더 점검하고 (method1), (method2)의 결과가 상충되는 경우가 무엇인지 분석하고 이를 보완한다.

단계2를 통해서 수범네트워크Rev2를 생성한다.

단계3. PKN 구축

단계1, 2를 통해서 선별된 중요 노드(씨앗노드)들로 구성되는 PKN을 구축한다. 이때, PKN은 씨앗노드들만을 포함할 필요는 없으며 네트워크를 구축하는 과정에서 씨앗노드들의 상호관계를 설명하는 중간단계의 노드들이 추가로 포함될 수 있다. (사실상, 많은 노드들이 추가로 포함된다)

[jehoons]

수범: 실제로 네트워크를 점검해보니, 기존의 PKN은 노드이름에 포스포사이트가 명시되지 않은, 추상적 이름을 사용하는 문제가 있어서, 일단 비교자체가 어렵다는 문제... 그러므로 위의 단계1은 실제로 실행가능하지 않아보임...

[jehoons]

실험데이터상에서, igf1 입력. 잘 알려진 회로가 활성화안됨 - 실험이 잘못된 것인가?