More than 5% sites contain undefined states and will be masked

[SupermeCJ]

hello, i am finding a problem when i open a data. the software show that "More than 5% sites contain undefined states and will be masked". my seq is thatBegin Data; Dimensions ntax=70 nchar=120; Format datatype=DNA missing=N GAP=- ; Matrix Hap1 ----CGCGGCC-------CCCCCTCGCCCGCCCCTGCGCCCCCTGCACGCGTACCATCGGCCGGCCCCTTTAGCGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACAGA Hap2 CGCGCGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCGCCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTTGGTGACCCGACGGA Hap3 ----CGCGGCC-------CCCC---GCTCGCCCCTGCGCCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGACGGA Hap4 CGCGCGCGGCC-------CCGC---GCCCGCCCCTGCGCCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTTGGTGACCCGACGGA Hap5 CGCGCGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCGCCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGACGGA Hap6 ----CGCGGCC-------CCCC---GCTCGACCCTGCGCCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCATCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAGCGTGGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGACGGG Hap7 ----CGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCTCTGCGCCCCCCACACGCGTACCATCGGCCGGCCCCTTTAGCGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACAGA Hap8 ----CGCGGCC-------CCCC---GCTCGCCCCAGCGCCCTCTGCACGCGTACCATCGGCCGGCCCCTTTAGCGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACAGA Hap9 CGCGCGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCGTCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTTGGTGACCCGACGGA Hap10 ----CGCGGCCCCAAATCCCCC---GCCCGCCCCTGCGCCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTTGGTGACCCGACGGA Hap11 CGCGCGCGGCC-------CCCC---GCCCGACCCTGCGCCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTCTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGACGGA Hap12 ----CGCGGCC-------CCCC---GCTCGCCCCTGCGCCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTCTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGACGGA Hap13 CGCGCGCGACC-------CACC---GCCAGCCCCTGCGCCCTCTGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTTGGTGACCTGACGGA Hap14 ----CGCGGCC-------CCCC---GTCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGTTTACTATCGGCCGGCCCCTTTAGCGTTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACGGA Hap15 ----CGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGCTTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAGACGAAGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGACGGA Hap16 ----CGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCTTGCGCCCCCCGTACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGAGCCTAGACGAAGAAAAACC-CGTTAGGTGACCCGACGGA Hap17 ----CGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGTGCCCCCCGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGAGCCTAGACGAAGAGAAACC-CGTTAGGTGACCCGACGGA Hap18 ----CGCGGCC-------CCCC---GTCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGTTTACTATCGTCCAGCCCCTTTAGCGTTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACGGA Hap19 ----CGCGGCC-------CCCCCTCGCCCGCCCCTGCGCCATCTGCACGCGTACTATTGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTTAATGAAGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGACGGA Hap20 ----CGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAGCGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAGATGACCCGACGGA Hap21 CGCGCGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCTTGCGCCCCCCGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAGACGAAGAGAAACC-CGTTAGGTGACCCGACGGA Hap22 ----CGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCTTGCGCCCCCCGCACGCGTACTGTCGGCCAGCCCCTTTAACACTGAGTGCCTAAACGAAGCGAAATC-CATTAGGTGACCCAACGGA Hap23 CGCGCGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCTTGCGCCCCCCGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGAGCCTAGACGAAGAGAAACC-CGTTAGGTGACCCGACGGA Hap24 ----CGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGTTTACTATCGGCCGGCCCCTTTAGCGTTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACGGA Hap25 CGCGCGCGGCC-------CCCC---GCCCGCTCCTGCGCCCCCCGCACGTTTACTATCGGCCGGCCCCTTTAGCGTTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACGGA Hap26 --------GCC-------CCCC---GTCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGTTTACTATCGGCCGGCCGCTTTAGCGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACGGA Hap27 --CGCGCGGCC-------CCCC---GCCCACCCCTGCGCCCCCCGCACGTTTACCATCGGCCGGCCCCTTTAGCGTTGAGTGCCTAAACGAAGAGATACCTCGTTAGGTGACCCGACAGA Hap28 CGCGCGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCACCCCCCGCACGTTTACTATCGGCCGGCCCCTTTAGCGTTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACGGA Hap29 ----CGCGGCC-------CCCC---GTCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGCGTACCATCGGCCGGCCCCTTTAGCGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGACGGA Hap30 ----CGCGGCC-------CCCC---GTCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGTTTACTATCGGCCGGCCCCTTTAGCGTTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACGAA Hap31 ----CGCGGCC-------CCCC---GTCCGCCTTTGCGCCCCCCGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGTCGGA Hap32 --CGCGCGGTC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGCTTACTATCGGCCAGCCCCTTTAGCGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAGGTGACCCGACGGA Hap33 ----CGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCGCCCCCTGCACGCGTACCATCGGCCGGCCCCTTTAGCGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTCGTTAAGTGACCCGACAGA Hap34 CGCGCGCGGCC-------CCCC---GCCCGCCCCTGCGCCCCCCGCACGCGTACTATCGGCCAGCCCCTTTAACGCTGAGTGCCTAAACGAAGAGAAACCTTGTTAGGGGACCCGATGGA

[SupermeCJ]

i had tried to fix it , and finded if replace the gap info "-" to "A", can fix it successfully. but i want to keep the gap info in my seq.

so i need you help, thanks！！！