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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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kick off kraken #21

Closed jorondo1 closed 2 years ago

jorondo1 commented 2 years ago

j'essaie de partir kraken avec la commande suivante

cd /nfs3_ib/ip29-ib/ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/

sh /project/def-ilafores/common/ILL_pipelines/generateslurm_taxonomic_profile.sample.sh $PWD/my.example.config

mais j'ai une erreur comme quoi la db kraken n'est pas accessible : 

##**** KRAKEN2 database index not found. ****
## Please verify. An index file with the following name should be found: /nfs3_ib/ip29-ib/ssdpool/shared/ilafores_group/kraken2_dbs/k2_pluspfp_16gb_20210517/hash.k2d

QUand j'essaie de vérifier le path /nfs3_ib/ip29-ib/ssdpool/shared/ilafores_group/kraken2_dbs/k2_pluspfp_16gb_20210517/

j'ai access denied (mais j'ai accès au dir parent)

jorondo1 commented 2 years ago

fyi j'ai réussi à le partir avec la grosse db, donc y'aurait juste les permissions de la 16gb à changer je crois

jflucier commented 2 years ago

done