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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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functional profile #25

Closed jorondo1 closed 2 years ago

jorondo1 commented 2 years ago

peux-tu voir qu'est-ce qui cause l'erreur dans ma run fonctional?

voir le log /nfs3_ib/ip29-ib/ip29/ilafores_group/projet_PROVID19/functionnal_profile/functionnal_profile-24868_23.slurm.out

jorondo1 commented 2 years ago

follow up : selon le log, le script semble faire en sorte que humann cherche un index avec le nom

/nfs3_ib/ip29-ib/ssdpool/shared/ilafores_group/humann_dbs/provid19/provid19-bugs_list.1.bt2l

alors que le nom de l'index en réalité est seulement provid19.1.bt2l

jorondo1 commented 2 years ago

Aussi, j'arrive pas à figure out cette erreur, j'ai revérifié le path dans le config et dans le script humann et ça semble mener au bon endroit...

cat: '${FUNCPROFILING_SAMPLES_LIST_TSV}': No such file or directory
basename: missing operand

Pour mon autre commentaire,

follow up : selon le log, le script semble faire en sorte que humann cherche un index avec le nom

/nfs3_ib/ip29-ib/ssdpool/shared/ilafores_group/humann_dbs/provid19/provid19-bugs_list.1.bt2l

alors que le nom de l'index en réalité est seulement provid19.1.bt2l

l'erreur est dans le config, faut enlever -bugs_list ici

jflucier commented 2 years ago

je check ca demain

jflucier commented 2 years ago

je viens corrige l'erreur et parti l'analyse