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jflucier / ILL_pipelines

Isabelle Laforest-Lapointe Laboratory code
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output folders #30

Closed jorondo1 closed 2 years ago

jorondo1 commented 2 years ago

Est-ce qu'on pourrait ajouter une variable au config file qui nous permet de choisir l'output folder name? Ça m'aiderait beaucoup à faire des tests de paramètres en simultané

ex. au lieu que ce soit toujours taxonomic_profile je pourrais choisir le nom taxonomy_16gbkraken et taxonomy_full, ou encore preprocess_test1 preprocess_test2 si je teste différents paramètres de trimmomatic

bref, user-defined output folder names serait super

et tant qu'à y être, encore pour tous les scripts, toujours envoyer tous les logs (slurm inclus) dans un subdir logs parce que je finis par le faire manuellement

thanks !

jorondo1 commented 2 years ago

en fait si ça te va, je pourrais essayer de le faire moi-même et par le fait même me pratiquer à clone/branch/push ...?

jflucier commented 2 years ago

implique quand meme bcp de changement aux scripts.

je vais faire et dire quand c fait

jflucier commented 2 years ago

done

https://github.com/jflucier/ILL_pipelines/commit/f3131f288c5b9d2479c6ef53ed5280c6b66b3f6c

to test!