Salut!
J'ai réglé quelques problèmes dans le preprocessing. Pourrais-tu:
enlever cette ligne
modifier cette option par défaut pour ceci:
export PREPROCESS_KNEADDATA_TRIMMOMATIC="ILLUMINACLIP:/cvmfs/soft.mugqic/CentOS6/software/trimmomatic/Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:4:30 MINLEN:100"
et l'option par défaut de bowtie pour --very-sensitive-local
sorry j'ai pas encore commencé à essayer le git clone, ça aurait été une belle occasion..!
jflucier
commented
2 years ago
Salut! J'ai réglé quelques problèmes dans le preprocessing. Pourrais-tu:
enlever cette ligne modifier cette option par défaut pour ceci:
export PREPROCESS_KNEADDATA_TRIMMOMATIC="ILLUMINACLIP:/cvmfs/soft.mugqic/CentOS6/software/trimmomatic/Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:4:30 MINLEN:100"et l'option par défaut de bowtie pour--very-sensitive-localsorry j'ai pas encore commencé à essayer le git clone, ça aurait été une belle occasion..!
merci !